У четвертому своєму романі, «Бавдоліно» (Baudolino, 2000) Умберто Еко повертається до середньовіччя, але цього разу це XII століття. Тут автор ховається за особою головного героя, Бавдоліно, легендарного засновника міста Алессандрія. У сповненій пригод історії свого альтер-еґо автор дає вираз ігровому, блазенському аспектові своєї особистості. Як і Еко, Бавдоліно володіє багатьма мовами, має пристрасть до історії та політики, кохається в оповідях, уміє тішитися доброю трапезою і свій ідеалізм вгамовує фантастичним почуттям гумору. У романі панує атмосфера фантазійних веселощів, які передаються читачеві, попри те, що книжка кишить кривавими сценами, описами воєнних кампаній, крадіжок, пожеж та інших сумних видовищ. Бавдоліно — невиправний фантазер і брехун з гострим язиком і золотим серцем. «Світ засуджує брехунів, які брешуть про речі низькі, і прославляє поетів, які обманюють лише про речі високі», — каже один із персонажів.
Названий на честь «єдиного святого, який не вчинив жодного чуда», Бавдоліно обдарований багатою уявою, йому часто ввижаються то єдинороги, то святі, то німецькі імператори. З дитячого віку Бавдоліно відкриває, що ці його візи дивовижно впливають на людей — і на забобонних селян, і на великих мужів, які шукають підтвердження своїх вірувань. Якось він випадково зустрічає Фрідріха І Барбароссу, імператора Священної Римської імперії, і завдяки вигаданій на місці побрехеньці входить до нього в ласку. Покинувши батька, молодий Бавдоліно стає названим сином і радником імператора. Раз за разом його сміливі вигадки стають імператорові в пригоді, і невдовзі він стає довіреним придворним, здобуває освіту в Парижі. Снуючи між Парижем та різними місцями перебування імператора, Бавдоліно бере участь у цілій низці політичних та церковних дебатів, імперських церемоній та воєнних кампаній.
«Бавдоліно» — це ще одна історія, яку можна прочитувати різноманітними способами. Спершу читач з недовірою ставиться до побрехеньок Бавдоліно, одначе потім розуміє, що, даючи волю фантазії, ми провіщаємо краще майбутнє. А якщо воно не поспішає настати, то що ж — почекаймо ще більшого вигадника, сподіваючись, що він не забариться.
У 2004 році видавництво Бомпіані опублікувало п'ятий, і поки що останній роман Умберто Еко — «Таємничий пломінь королеви Лоани» (La misteriosa fiamma delta regina Loana), з підзаголовком «Ілюстрований роман». Головний його герой, міланський букініст Джамбаттіста Бодоні на прізвисько «Ямбо» внаслідок нещасливого випадку втрачає пам'ять. Але він не пам'ятає тільки свого особистого життя — не пригадує свого імені, не впізнає дружину та доньок. А вся «книжна» його пам'ять залишається — він чудово пам'ятає все, прочитане колись в книжках. Невипадково ім'я і прізвище його збігається з іменем відомого італійського друкаря XVIII століття. У пошуках утраченого часу Ямбо їде в будинок, де провів дитинство. Комікси, щоденники, газети й афіші розповідають йому і читачам про те, що означало зростати за режиму Муссоліні. Через кілька днів з ним трапляється ще одне нещастя — він впадає в кому, сповнену дедалі дивовижніших галюцинацій. Цей напівбіографічний роман сповнений ностальгією за юністю.
З початком нового тисячоліття з'являються друком кілька збірок есеїстики Умберто Еко, серед яких варто згадати книжку есеїв «Сказати майже те ж саме: досвід перекладу» (Dire quasi la stessa cosa: esperienze di traduzione, 2003). Це воістину унікальна книжка, адже її автор виступає тут водночас у багатьох ролях — філософа, семіотика, теоретика перекладу, перекладача-практика і автора, твори якого широко перекладаються і який тісно співпрацює зі своїми перекладачами. Остання на цей час його книжка — «Кроком рака» (A passo di gambero, 2006) — це збірка статтей та есеїв на актуальні політичні теми, які з'явилися в періодичних виданнях за останні роки.
Умберто Еко далі займає посаду професора в Болонському університеті і веде рубрику La bustina di Minerva в тижневику «Еспрессо». Він далі випалює за день кілька пачок сигарет, працює допізна, звик розважати гостей і досліджувати будь-яку околицю, в яку потрапляє. Йому властиві бурхливі жести, він часто вигукує під час дискусій. Сам Еко описує себе як багатобарвну особистість, яка «розпочинає багато речей водночас, а потім об'єднує їх, творячи між ними безперервні пов'язання… Коли я не займаюся багатьма речами нараз, я розгублююсь».