Дія в романі розгортається на тлі, характерному для жанру Готичного роману. Неприступний монастир, понура махиня Вежі, недоступна і таємнича бібліотека у вигляді лабіринту, моторошні смерті монахів, жаска подорож через оссарій, оповідь про привид Адельма, що з'являється на цвинтарі, — усе це сприяє створенню атмосфери напруженого очікування, тривоги і страху, типової для готичного роману. Чимало ключових подій стаються вночі або в густому тумані, посеред монахів, які затято оберігають свої похмурі секрети. Ще однією вказівкою на готичний жанр є ім'я першого загиблого ченця, Адельма з Отранто, в якому вчувається алюзія на один із перших готичних романів, «Замок Отранто» Гораса Волпола.
На початку оповіді Вільям і його відданий учень прибувають в бенедиктинський монастир на півночі Італії. Тут має відбутися важлива зустріч, і Вільямовим завданням є приготувати умови для безперешкодного її проведення. Та на заваді стає трагічна подія, що сталася в монастирі, — смерть одного з молодих ченців. З'ясувати її причини абат доручає Вільямові. Розслідуючи гіпотетичне вбивство, Вільям з Адсом занурюються у заплутаний лабіринт підступних інтриг, політичних махінацій, затаєного невдоволення, напружених конфліктів, потаємних пороків та абсурдних забобонів, якими сповнене життя монахів. У міру розгортання історії напруження наростає, гине ще один монах, потім ще, і ще. Отже, перед нами — детективний роман з елементами готики.
Однак у міру розгортання сюжету виявляється, що ця детективна історія трохи дивна — попри блискучий розум і бездоганну логіку, Вільям завжди приходить запізно, таємнича книга вислизає йому з-перед самого носа, запобігти новим смертям йому не вдається, і навіть хід загадкових подій він відтворює лише завдяки помилці — хибному припущенню про те, що низка смертей повторює ритм книги Одкровення Йоана Богослова. Ба більше — врятувати книгу Арістотеля він теж неспроможний, і разом з нею гине вся чудова бібліотека і старовинне абатство. Автор немов іронізує над нашим сподіванням торжества розуму і справедливості, спонукаючи шукати пояснення на інших інтерпретативних рівнях роману.
Нишпорячи всюди, Вільям натрапляє на слід якоїсь таємничої Книги, і відчуває, що все крутиться саме навколо неї. Наприкінці виявляється, що це втрачена напівміфічна книга Арістотеля, друга частина його «Поетики», де він утверджує сміх як важливий спосіб ставлення до дійсності. Дехто, мабуть, здивується — чому стільки пристрастей навколо якоїсь книги?
Це переносить нас у філософський пласт роману. Річ у тім, що твори Арістотеля відіграли вирішальну роль в ту переломну добу. Впродовж раннього середньовіччя християнське богослов'я черпало переважно з платонізму, а Арістотель з його логікою і натурфілософією здавався надто приземленим і матеріалістичним для тлумачення основ християнської віри. Середньовічний світогляд великою мірою ґрунтувався на вченні Августина, який твердив що першорядним об'єктом пізнання є лише Бог, і лише через Нього можна пізнавати все інше. Арістотель же пропонував вивчати світ незалежно від Бога, не визнавав створення світу в часі та особистого безсмертя і твердив, що філософ повинен змагати до щастя в земному житті. Не заперечуючи загалом існування Бога, він вказував інший, кружний шлях до Нього, через пізнання навколишнього світу. Тому Церква з недовірою ставилася до його вчення. Одначе починаючи з XII століття арістотелізм в західноєвропейській думці починає поступово витісняти платонізм. Це зумовлене не лише дедалі ширшим ознайомленням західноєвропейських інтелектуалів зі спадщиною Арістотеля, переважно через їх арабські переклади, а й насамперед внутрішнім імпульсом до глибшого вивчення природи і навколишнього світу. Вивчення спадщини Арістотеля помалу ставало основою університетської освіти. Щоб мінімалізувати негативні наслідки арістотелізму для християнського богослов'я і використати натомість позитивні його аспекти, видатний представник схоластики і систематизатор богослов'я Тома з Аквіна проводить розмежування між цариною віри і цариною вивчення природи, що відтак привело до відокремлення філософії від богослов'я.
Цей світоглядний перелом означав кардинальну зміну вектора ціннісних орієнтацій — «з небес на землю», за влучним висловом Жака Ле Ґоффа. Дві системи цінностей, які змагалися між собою в ту добу, символічно показані на початку «Ім'я рози»: наближаючись до абатства, середньовічна людина Адсо задирає голову догори, зачудовано милуючись обрисами Вежі і символічно тлумачачи її пропорції, тоді як людина нового часу Вільям дивиться собі під ноги, помічаючи сліди коня, зламані галузки і волосини з кінської гриви в кущах, чим допомагає ближнім в цілком земній і буденній справі — знайти коня. Середньовічні люди були настільки заглиблені у споглядання божества, кожен у доступний йому спосіб, що цілком нехтували земним світом, а це, як не парадоксально, висушувало корені християнської віри, в основі якої лежить любов не лише до Бога, а й до ближнього і до створеного Богом світу. Утвердження нового світогляду, який переносив людську увагу на навколишній світ, відбулося і завдяки святому Францискові, який проповідував радісну прославу Бога у його створіннях. Тому не дивно, що нова людина Вільям — не лише філософ-арістотелік, а й чернець-францисканець.