Ще одним важливим філософським питанням тієї доби був так званий спір про універсали. Чи універсали, тобто ідеї, існують об'єктивно, а чи є лиш плодом людського ума? Дві крайні течії, реалізм і номіналізм, відповідали на це питання по-різному. З погляду реалізму ідеї — єдина об'єктивна реальність, тому предметом вивчення може бути лише загальне в об'єкті, адже воно становить його субстанцію, натомість випадковими, акцидентальними ознаками можна цілковито знехтувати. Пізнати загальне означає пізнати все. Номіналізм же захищає часткове, індивідуальне, твердячи, що загальне — це лише абстракція, штучний конструкт, створений людським умом, який не охоплює всієї повноти природи в об'єкті. Крайній вияв реалізму, авторитарний ультрареалізм, характерний для Августина та Ансельма, твердить, що людський розум неспроможний пізнати ці ідеї, виходячи з досвіду. Істину наперед дано нам через одкровення і традиційні авторитети, тому пізнання полягає не в дослідженні навколишнього світу, а у вивченні авторитетних джерел, в яких вже все давно сказано.
Цей погляд виражений у постаті ідеологічного супротивника Вільяма, Хорхе з Бургоса: він вболіває через те, що нова доба «щосили шукає — словом і ділом, у містах і в замках, у величавих університетах і в кафедральних церквах — нових дописок до слів істини, перекручуючи смисл цієї істини, яка вже й так багата всіма можливими схоліями і потребує лиш відважного захисту, а не глупого помноження». Хорхе, який уособлює середньовічний світогляд, так завзято ховає книгу Арістотеля від інших, бо вона виправдовує сміх, а сміх, який сіє сумнів, — це загроза авторитетам. Він боїться, що, розвінчавши авторитети, сміх знищить самі підвалини, на яких спочиває світ середньовіччя. Цікаво, що абатство разом з чудовою бібліотекою, яке теж уособлює середньовіччя, гине саме від руки свого ревного оборонця, який є прямим призвідником пожежі.
Натомість Вільям, послідовник номіналіста Оккама, відмовляється беззастережно приймати авторитети і шукає істину, спостерігаючи за навколишнім світом. Номіналістично звучать і останні слова роману, цитата з середньовічної поеми Бернарда з Клюні, яка дала назву романові: «Stat rosa pristina nomine, nomina nuda tenemus — вчорашня роза зостається в імені, голі маємо ймена». Але Вільям усвідомлює, що теж став на непевний шлях, адже номіналізм, доведений до свого логічного завершення, провадить не лише до втрати віри в Бога, а й до зневіри у пізнанні істини, показуючи, що будь-який видимий лад у світі є лише конструктом людського розуму. Вільям не може не визнати, що перед ним неминуче встає ще одна дилема: номіналізм неспроможний примирити абсолютну індивідуальність реальності з універсальністю науки, в яку він палко вірить. Не зостається нічого іншого, як перестати ставити метафізичні питання і задовольнитися наукою як засобом вирішення утилітарних завдань. «Єдиною істиною є навчитися звільнятися від нездорової пристрасті до істини», сумно говорить він в кінці роману, і радить своєму учневі: «Бійся, Адсо, пророків і тих, хто готовий померти за істину, бо зазвичай вони чинять так, що багато інших помирають разом з ними, часто ще до них, а іноді й замість них».
Чи можна сказати, що роман однозначно виносить вирок середньовіччю, звеличуючи натомість модерні часи? Навряд. Роман просякнутий ностальгією за багатьма прекрасними речами, які воно породило, — монастирською книжною культурою, схоластичними диспутами, мистецькими звершеннями, глибоким символізмом, пристрасною вірою. З другого боку, символічним є те, що всі починання Вільяма з Баскервіля, людини «модерної», від дорученої йому політичної місії до намагань погасити пожежу в бібліотеці, зазнали повного краху.
Хоч у самому кінці роману «з причини надміру чеснот верх беруть пекельні сили», усе ж цей текст не залишає після себе ані песимістичного враження, ані екзистенціального розпачу. Вільям — як і його альтер-еґо Умберто Еко — по-справжньому любить людей, і навіть коли його охоплює гнів через їх неуцтво, він завжди ставиться до життя та людей з гумором, розумінням і почуттям міри.