Стипендии, конечно, не хватало — за квартиру нужно было платить. Помогала мать, присылала деньги из Самарканда. Окончил Московский химико-технологический институт с отличием. Здесь он познакомился с будущей супругой, Ириной Федоровной Михайловой — они учились в одной группе.
В аспирантуру поступил с некоторыми трудностями. Клеймо сына врага народа — это была серьезная вещь. Но его учитель, академик Николай Николаевич Ворожцов — он тогда был просто профессором кафедры, — дошел до самого верха, чтобы позволили принять меня в аспирантуру. Он был принят, кончил аспирантуру в 1957-м.
Тогда же мать переехала из Самарканда ко нему. Она продала там полдомика и купила здесь треть дачки под Москвой, в Пушкино. До отъезда в Новосибирск (поздней осенью 59-го) они жили на этой дачке. Коптюг ездил на работу в электричке, там было очень удобно работать. Он тогда подрабатывал в реферативном журнале. Утром сядешь, едешь 45 минут, смотришь — одну статью прореферировал. Вечером — то же самое. Это были и заработок, и приобретение определенных профессиональных навыков — изложить мысли кратко, сделать из большой статьи выжимки.
А потом произошло это событие — создание Сибирского отделения. Попытка (и она оказалась успешной) создать научную базу для освоения природных ресурсов Сибири и развития ее производительных сил. Его учителя Николая Николаевича Ворожцова пригласили возглавить Институт органической химии. Одним из первых он позвал с собой Валентина Коптюга. Сначала предполагалось, что центр будет в Иркутске. Все согласились поехать. Потом сказали: «Нет, не в Иркутске, а в Новосибирске». Поскольку в Сибири никогда не бывали, то для них это было совершенно все равно.
Перед Коптюгом на тот момент открывалась блестящая перспектива в столице, однако в 1959 году вместе со своим учителем, академиком Н.Н. Ворожцовым, он приезжает в новосибирский Академгородок, в Институт органической химии. Здесь он прошёл путь от младшего научного сотрудника до учёного с мировым именем.
Хорошо отражает талант В.А. Коптюга его научный рост. В 29 лет он организует лабораторию, в 34 — становится доктором наук, в 37 — членом-корреспондентом, в 48 — действительным членом Академии наук.
Пока Коптюг был директором НИОХ он успел:
— организовал новые лаборатории
— оснастил институт компьютерами (на тот момент невиданна роскошь) на которых моделировали химические эксперименты. К 1978 г. химики накопили огромный материал (несколько миллионов соединений), что в принципе они могли бы найти ответы на значительную часть интересующих их вопросов (особенно прикладных) без проведения новых исследований. Однако практически они этого сделать не могут — именно из — за гигантского объема информации. Только использование ЭВМ, которые позволяют быстро перестраивать и анализировать большие массивы информации по требованию исследователя, открывает выход из этой парадоксальной ситуации.
— наладил международные связи с ведущими научными центрами мира
— рост научных кадров
В 1966 году В. А. Коптюг назначен главой кафедры органической химии Новосибирского государственного университета, которую возглавлял 15 лет и где читал самые передовые для своего времени лекции. Свидетели говорят, что половина Академгородка приходила на них, чтобы узнать, что нового происходит в органической химии.
В 1978 году В.А. Коптюг занял пост ректора Новосибирского государственного университета. Его ученики вспоминают, что Валентин Афанасьевич никогда не ставил плохих отметок своим студентам. Он умел таким образом задавать вопросы, что молодой человек, даже не очень уверенный в своих знаниях, мог спокойно на них ответить. Позже из этого сформировался своеобразный «коптюговский» принцип отношения к людям — искать в каждом и акцентировать его сильные, хорошие стороны.
За годы преподавательской и исследовательской деятельности он создал крупные научные школы в области органической химии и химической информатики. Под его научным руководством было защищено 53 кандидатских и 7 докторских диссертаций.
В 1980 году, В.А. Коптюга избрали председателем Сибирского отделения АН СССР. Он стал третьим председателем СО РАН (после Лаврентьева и Марчука). В этом же году он был избран вице-президентом АН СССР.
Коптюг, талантливый ученый, искренне, всей душой увлеченный химией, вынужден был фактически оставить научные изыскания и заняться организаторской работой. Отныне его задача заключалась в том, чтобы создать для остальных ученых сибирского отделения подходящие условия для плодотворной работы и развития.