К югу от Сирии лежала Иудея, где за власть вели упорную борьбу братья Гиркан и Аристобул. Помпей настолько успешно вмешался в их спор, взяв под покровительство Гиркана, что вскоре римские войска заняли земли Израиля и Иудеи, взяв штурмом Иерусалим. Здесь особо отличился, первым ступив на стену города при его взятии, Фавст Корнелий Сулла, сын знаменитого диктатора Луция Корнелия Суллы. Помпей, не вникавший в традиции и обычаи народа вновь покоренной страны, но движимый любопытством, совершил поступок, потрясший иудеев: он вошел в святая святых Иерусалимского храма, куда доступ раз в году имели только иудейские первосвященники.
«Сильное поругание постигло тогда и святилище, которое тогда было закрыто и невидимо. Дело в том, что туда проникли Помпей и немалое число его товарищей, и узрели то, что не было разрешено видеть никому, кроме первосвященников. Несмотря на то, что он нашёл здесь золотую трапезу со светильником, жертвенные чаши и множество курений, да, кроме того, в казне еще около двух тысяч талантов священных денег, он, в силу своего благочестия, ничего этого не тронул, но поступил так, как того и следовало ожидать от его добродетели»[14].
С завоеванной страной он поступил следующим образом: «Иерусалим он заставил платить дань римлянам, те же города Келесирии (южная Сирия, примыкающая к Иудее), которые прежде находились в зависимости от жителей Иерусалима, он занял сам и подчинил их своему собственному полководцу, народ же весь (иудейский), дошедший прежде до высокой степени могущества и распространения, он втиснул обратно в пределы его страны»[15].
Первосвященство в Иерусалиме теперь получил во всём покорный Риму Гиркан. Взятие Иерусалима произвело большое впечатление на царя Набатеи Арету III Филэллина. Если «сначала он ни во что не ставил римлян, а теперь в сильном испуге отправил Помпею послание, извещая о своей готовности ему подчиниться. Желая укрепить такое настроение царя, Помпей двинулся к Петре»[16], столице Набатейского царства. Во время этого похода он получил уже упомянутое известие о гибели Митридата VI Евпатора. Теперь Помпей счёл свою Восточную войну завершённой и, передав вновь созданную провинцию Сирия легату Марку Эмилию Скавру – земли от Евфрата до границы Египетского царства Птолемеев, он отбыл в Киликию.
Скавр, под командованием которого осталось два легиона, «предпринял поход на аравийскую Петру и, так как её было трудно взять и он кругом неё опустошил всю страну, войску его пришлось страдать от голода»[17]. Царь набатеев Арета счел за благо откупиться от римлян. Получив 300 талантов, Марк Эмилий Скавр отвел свои войска обратно в Сирию.