Даже в худшие времена после 1197 года в Эльзасе не было никаких значительных потерь королевских владений, так как король Филипп уже ясно осознавал опасность такой расточительности. Постоянная конкуренция велась между швабскими герцогами, которые как германские короли или императоры проводили политику частного владения, и страсбургскими епископами, могущественными территориальными владыками этой земли, энергично начавшими во второй половине 12 века собирать земли. Вследствие этого в конце 12 – начале 13 веков Эльзас представлял собой особенно пеструю картину, что, впрочем, было характерно для всей Германии. Поэтому стоит коротко обрисовать сложившуюся там ситуацию.
Из-за только что описанной конкуренции епископ после 1198 года был на стороне папского кандидата на трон Оттона фон Пуату. Филипп же покровительствовал городу Страсбургу, желающему выйти из-под епископской опеки, и даже сделал его в 1205 году имперским городом, однако дальнейшее развитие показало всю бессмысленность этого шага. В это время короли-конкуренты терроризировали население страны огнем и мечем, страсбуржцы также должны были защищать стены своего города. Монастырь святого Томаса в Страсбурге уже с середины 12 столетия имел штауфенского наместника. С тех пор местные монахи удостаивались чести выполнять важнейшие государственные задания, как, например, уже упомянутый в первой главе каноник Бурхгардт, возглавлявший императорское посольство в Египте. Во времена Филиппа пробст Фридрих из монастыря Святого Томаса был императорским капелланом, то есть одним из самых высокопоставленных чиновников государственной канцелярии. После избрания Фридриха епископ перешел в его лагерь, а жители Страсбурга потребовали подтвердить привилегии их города как имперского, полученные от Оттона. Поражение последнего привело к тому, что на несколько десятилетий (до 1262 года) город снова оказался под властью духовенства, так как Фридрих II был особенно обязан епископу Генриху (из рода швабских графов фон Феринген), который подарил ему в Базеле пятьсот рыцарей. В 1219 году возобновилась старая борьба за спорные территории, многочисленные деревни и другие населенные пункты. Лишь в 1236 году удалось придти к компромиссному миру.
Такое упрямство дает основание полагать, что Гогенштауфены не так сильно пренебрегали своим положением в Германии, как это может показаться в связи с будущей итальянской политикой Фридриха II. Даже король, имеющий право на частное владение, примером которого могут послужить юго-западные немецкие земли Штауфенов, мог – а по воле князей и должен был – быть в Германии лишь Primus inter pares (первым среди равных). Поэтому германская корона была для Фридриха промежуточным пунктом на пути к императорскому трону. Бесконечные мелкие королевские обязанности, с вечным перетеканием от одного придворного совета к другому (подтверждение прав на владение, раздача привилегий, улаживание конфликтов) «избранный в императоры» мог рассматривать как второстепенную деятельность, заполняющую назначенное Папой ожидание. Сразу после коронации в Аахене Фридрих вступил в молельное общество цистерцианцев и поддержал Орден немецких рыцарей. Связи с обеими общинами продолжали расширяться и имели большое значение для Штауфена в будущем. Цистерцианцы, «серые монахи», считались тогда образцовыми земледельцами и скотоводами, а также одаренными архитекторами, и оказали Фридриху неоценимые услуги в Апулии. Глава же Ордена немецких рыцарей, Герман фон Сальца, оказался мудрым советчиком, осуществлявшим в качестве ближайшего доверенного лица взаимодействие императора и курии вплоть до самой своей смерти в 1239 году. Солнце папской милости не могло светить вечно и вот уже вскоре на горизонте показались первые тучи.
Назначенная еще Иннокентием III дата начала крестового похода – 1 июля 1217 года – не была рассчитана на положение Фридриха, который не преминул нарушить сроки. Когда после смерти императора Оттона поход действительно начался (1218 год), им руководил папский легат, а на участие Фридриха Гонорий явно не рассчитывал. К освобождению Святой Земли должна была привести победа над султаном на его собственной родине, то есть в Египте. Такое решение стало роковым. В 1219 году был захвачен портовый город Думьят, но при первых легкомысленных попытках продвижения вглубь страны крестоносцы были так притеснены, что попросили германского короля о помощи. Фридрих согласился помочь еще прежде, чем соответствующее официальное письмо от Папы попало к нему в руки. Но сначала необходимо было решить некоторые весьма сложные проблемы. Сперва нужно было обдумать, кто будет управлять империей, а также выяснить политический статус Сицилии, где формально правила находящаяся теперь в Германии королева Констанция, состоявшая регентшей при маленьком Генрихе. На практике же это означало, что на острове, все еще находящимся под властью короля, всем заправлял сицилийский канцлер Вальтер фон Палеария. Положение войск крестоносцев ухудшалось, и Гонорий в последнюю минуту был уже готов принять тот ход политического развития, который он стремился предотвратить при поддержке имперских князей-клириков. Незадолго до прибытия в Рим, которое нельзя было откладывать из-за ситуации в Думьяте, Фридриху путем раздачи многочисленных привилегий удалось добиться согласия князей на выборы восьмилетнего сицилийского короля на германский трон, и в апреле 1220 года во Франкфурте Генрих VII был избран.