В 1222 и 1223 годах Фридрих разбил два основных центра сопротивления сарацин на острове. Чтобы предотвратить последующие восстания, он организовал переселение 15 000 арабов в город Люцеру на севере Апулии, расположенный в зоне, граничащей с папской областью. Там враги быстро превратились в приверженцев. Многие десятилетия преследуемые за ересь магометане составляли вместе с наемными рыцарями костяк императорского войска, и даже лейб-гвардия состояла из сарацинских солдат. Вскоре Люцера прославилась как центр оружейного и ковроткацкого ремесла. Часть арабского населения занималась земледелием.
Через четыре года Фридрих уже крепко держал в руках Сицилию, и теперь можно было приступать к восстановительным работам. Ценными помощниками Фридриха наряду с канцлером Вальтером фон Палеария и архиепископом Берардом фон Палермо (который будучи еще архиепископом фон Бари открыл своим красноречием ворота Констанца в 1212 году) выступили племянник канцлера, архиепископ Рейнальд фон Капуа, дипломат Томас фон Гаета, а также некий Ричард, бывший рыцарь ордена тамплиеров, которого Иннокентий III послал в 1202 году в южную Италию. После достижения Фридрихом совершеннолетия он уже открыто взял его на службу. В 1212 году тот был камердинером высших придворных вельмож и руководителем управления финансами, а около 1220 года состоял при императорской канцелярии. Все эти люди – как, впрочем и все окружение Фридриха – были доверенными лицами Иннокентия III и Гонория III, так что все назревавшие конфликты могли быть тут же улажены. Меры, свидетельствующие о религиозной толерантности, такие, как поселение сарацинских мятежников и «богоотступников» в Люцеру, вызвали негодование истовых христиан, но курия уже давно свыклась с многообразием конфессий в сицилийском королевстве. Остров, на котором снова воцарился мир, смог вновь стать сокровищницей и житницей норманнской династии. Многие столетия эта земля возделывалась арабами и греками, и нельзя было даже предположить, что она получит печальную известность области, где царствует нужда. Так же, как и вся южная Италия и бoльшая часть Греции и Испании, она была еще защищена от высыхания лесами. Здесь росли разные сорта зерна, сахарный тростник, лен, конопля и финики. Сырьем для ремесел служили шерсть и шелк. В портах организовали перевалочные пункты конкурирующие морские города Генуя и Пиза для своей торговли на Ближнем Востоке, а также получили многочисленные привилегии для своей деятельности. Начиная с 1212 года Пиза должна была стоять на втором месте после Генуи, подчинившей себе Сиракузы и остров Мальту. Связанное с таким преимуществом ограничение своей власти Фридрих не хотел выносить ни при каких условиях. Уже по пути в Рим на коронацию он отклонил все просьбы североитальянских городов о выдачи им торговых привилегий для Сицилии и даже для Генуи не сделал исключения. Генуэзцы, которым он пообещал богатое вознаграждение за их поддержку во время опасного похода в Германию, были крайне разочарованы.