В то время в Святой Земле творил один союзник и пропагандист Фридриха, чьи шпрухи Вальтер фон дер Фогельвайде передал под своим псевдонимом «Freidank» (свободная благодарность):
Сирийские бароны призвали второго сына Фридриха, годовалого Конрада, унаследовавшего от своей уже умершей матери палестинское королевство, на иерусалимский трон. Император, состоявший регентом при своем сыне, но сам носивший королевский титул, не мог и думать о том, чтобы дольше оставаться в Палестине, раздираемой межпартийными распрями. Он переправился в Аккон, где подстрекаемый недоброжелателями народ бросал в него нечистотами, и вернулся в Апулию. Папа освободил всех его подданных от клятвы верности и при поддержке союза ломбардских городов начал вооруженную осаду сицилийского королевства. С помощью распускаемых повсюду слухов, что император мертв, тесть Фридриха Иоганн фон Бриеннэ, перешедший на сторону Папы, смог захватить большую часть Апулии. Поговаривали, что временный правитель империи, герцог Людвиг Баварский, уже наполовину решил дело в пользу Папы. Тем не менее, когда Фридрих 10 июня 1229 года сошел на берег Бриндизи, население встретило его дружелюбно. Его прибытие сразу изменило положение: солдаты Грегора вынуждены были отступить обратно в папскую область. В благородном порыве Фридрих распустил свое войско на границе, чтобы призвать Папу к переговорам. На это предложение понтифик согласился только тогда, когда пропала последняя надежда на помощь ломбардских и немецких союзников, а нехватка денег сделала невозможным дальнейшее ведение этой бесперспективной войны.
Парламентерами Фридриха выступили его лучшие дипломаты: Герман фон Сальца и Томас фон Капуа. Глава ордена немецких рыцарей и кардинал одержали в конце концов победу. Психологическая война императора заключалась в проявлении чрезвычайной любезности для скорейшего освобождения от проклятья. Договор, заключенный летом 1230 года в Кепрано (после переговоров в Сан Германо), иногда сравнивали с унижением Генриха IV в Каноссе (1077). Такая точка зрения сложилась из того, что обе стороны при переговорах были на равных. Однако, необходимо помнить, что папская власть значительно выросла во мнении христиан после того, как были проведены реформы, приведшие к спору за инвеституру. По всеобщему мнению, императору досталась роль исполненного раскаяния сына, удостоившегося отеческих воспитательных розг Ватикана, несмотря на жестокую критику некоторых действий курии. То, что другу Калифа аль-Камила не было присуще послушание такого сорта, доказывают поручительства многих созванных императором князей, которые Грегор счел необходимыми для подкрепления императорского обещания.
Отпущение грехов стоило Фридриху признания за Папой владений в старом Patrimonium Petri, папской области в Риме, вплоть до побережья марки Анкона. Понтифик мог теперь запретить войску императора проход через эти территории. Кроме того, император должен был отказаться от дальнейших королевских прав в сфере сицилийской церкви (освобождение клириков от государственного суда и всеобщих налогов, отмена необходимости королевского согласия при епископских выборах). Личная встреча двух владык христианского мира в Анагни скрепила официальное примирение, которое в сущности было лишь перемирием, так как Папе не удалось окончательно ослабить своего светского противника, в то время как последний явно не собирался надолго терять свой суверенитет, и уж тем более на Сицилии. Тем не менее, этот непрочному миру суждено было продлиться почти целое десятилетие. За этот промежуток времени Фридрих II окончательно стал «Stupor mundi» – «Удивлением света». Сразу после заключения мира он с энтузиазмом приступил к возведению государственного здания в своем сицилийском королевстве. Исследователи, не придающие большого значения различным общественным предпосылкам, называют это государство «первой абсолютной монархией». Определенное внешнее сходство с так называемым просвещенным абсолютизмом 18 века, конечно, существует.
Сначала Фридрих со всей своей энергией провел реформу сицилийского государственного управления и административного права. То, что, казалось, состояло в простом собирании и дополнении уже имевшихся правовых норм, на самом деле было глубокой реорганизацией государственного аппарата Сицилии, все еще базировавшегося на феодальных основах, и превращение его в современное централизованное бюрократическое государство чиновников.