Детальное описание всех органов управления затянулось бы надолго. Эта организация формировалась продолжительно и небезболезненно: более чем за 20 лет анархии (со смерти Генриха IV) и двух лет весьма не спокойного царствования Фридриха II невозможно было избежать коррупции, торговли должностями и произвола судей. Новые чиновники, чаще всего юристы государственного университета Неаполя, назначались на должности сроком всего на один год. Для духовных лиц, которые прежде были заняты в управленческом аппарате, не осталось места в этой секуляризованной бюрократии. Каждый претендент на должность судьи или нотариуса, закончивший учебу, представал перед императорским двором и доказывал свою профессиональную пригодность. Только после этого он мог принят на должность городского судьи (в каждом городе их было минимум трое), казначея или получить место в финансовом управлении. Понятия «карьера» не существовало. Усердие и конечно же милость вышестоящих, и, соответственно, императора, определяли служебный рост, который мог продолжаться вплоть до должности верховного судьи. Важнейшей же категорией чиновников были юстиции. В отличии от сегодняшнего употребления этого слова, оно лишь в редких случаях обозначало собственно юристов. Юстиции были наместниками десяти сицилийских провинций. Они подчинялись юстицию верховного суда как главе всеобщего государственного управления, представляющему в этом качестве императора. Юстиции имели право управлять только той провинцией, где у них не было никаких частных связей, и только на протяжении одного год. Их «личная жизнь» должна была прекратиться на срок их службы. Они отвечали перед императором абсолютно за все, а поэтому исполнение их обязанностей требовало значительных физических и психических нагрузок при сравнительно низком жаловании. В этом государстве с коррумпированным аристократическим обществом, чаще всего недоброжелательным и многочисленным клиром, а также многоязычным смешанным населением чиновники должны были прививать жесткую дисциплину и абсолютно новое чувство собственного достоинства. Такое доверие со стороны повелителя заставляло их ценить похвалу и признание больше, чем награду материальную. Несмотря на это Фридрих нашел преданных слуг из рядов бюргерства, над которым не довлел груз землевладения. Подобные процессы происходили и в армии (где на смену дворянам все больше и больше приходили наемники), на флоте и в многочисленных крепостях, некоторые из которых сохранились. Дворянство и клир испытывали неприятное давление авторитарного режима Штауфена. Ускоренная подготовка к войне и чудовищное бремя налогов тяготили все население, прежде всего бюргерство. С увеличением налога на продукты потребления постоянно росли цены. Попытки бегства от финансовых чиновников и политических шпионов жестоко пресекались на северной границе и в портах. Сам император был убежден, что «благосостояние подданных есть основа славы короля». Тем не менее, его действия в сфере управления, строительства – особенно в 40-х годах – и армии не могли не отразиться на росте налоговых ставок. Один только придворный штат, сопровождавший его во всех походах в северную и центральную Италию, и даже в Германию, требовал гигантских расходов.
Резиденцией Фридриха с двадцатых годов был город Фоггия (на севере Италии), где в 1223 году началось строительство большого императорского дворца. О его прежней роскоши свидетельствует единственно сохранившаяся арка ворот. Арнольд Цвейг, с особой тщательностью описывавший в своих поздних произведениях исторический фон, позволил себе некоторую поэтическую вольность, переместив двор Фридриха 1235 года в Палермо в своей новелле «Зеркало великого императора» (1926). В 1233 году Штауфен в последний раз побывал на острове, когда усмирял мятежную Мессину.