В кругах служилых дворян Энгельберта Кельнского быстро возненавидели за его политику в 1220 году, когда он раздавал церковникам привилегии, поэтому его повсюду сопровождала охрана. Его личное положение усугубилось из-за отношения одного родственника, графа Изенбургского. Будучи протектором монастыря Эссен, вверенного заботам губернатора, он так притеснял его, что Энгельберт вынужден был вмешаться. В этом затруднительном положении он должен был «усмирять» Изенбургского из собственного кошелька, однако вспыльчивого монастырского фогта не так просто было утихомирить. На одном ландтаге в Зосте он даже притворился, что готов уступить, но когда имперский регент на следующий день с небольшой свитой ехал в Швельм, чтобы освятить там церковь, граф напал на него со своими сообщниками и зверски убил Энгельберта.
Известие об этом сенсационном убийстве настигло молодого короля в Нюрнберге, где как раз происходили последние приготовления к его свадьбе с Маргаритой Австрийской. Там 14-летний Генрих впервые вершил суд без регента. При рассмотрении дела возникли разногласия между княжеской партией и тайно симпатизировавшими убийце министериалами. В возникшем беспорядке вдруг обрушилась лестница и было убито 40-60 спорщиков. Убийца был приговорен заочно. Его поймали лишь через год и колесовали в Кельне. Жители Кельна ежегодно отмечали день смерти «мученика» Энгельберта, поэтому вскоре он был внесен в церковный календарь. Несмотря на то, что покойный завоевал своими «чудесными деяниями» большую славу, Рим не был готов официально причислить его к лику святых.
После смерти Энгельберта концепции его внутренней и внешней политики потерпели крах. В 1212-1214 годах Фридрих II смог победить англо-гвельфскую коалицию только при поддержке Филиппа II Августа, имперский орел Оттона IV был переслан ему французским королем после решающей битвы при Бувине. Не считая этого рыцарского жеста, который все же был не слишком лестным для кандидата на императорский трон, дальнейший союз с Францией не имел для германского королевства никаких выгод. Энгельберт, зная о скрытой немецко-французской борьбе за спорные пограничные земли, а отчасти в силу традиционных проанглийских настроений в Кельне, счел нужным подготовить соглашение с «наследным врагом» французского королевства, Англией, не спросив при этом императора. Сразу после смерти Филиппа в 1224 году посланники губернатора отправились в Англию, чтобы прозондировать почву на предмет образования союза, а также выяснить отношение к свадьбе короля Генриха с английской принцессой Изабеллой. Меж тем, послы нового французского короля Людовика VIII прибыли в Катанию к Фридриху II, который возобновил заключенный с королем Филиппом договор (без каких-либо оговорок по поводу Англии). Энгельберт должен был ратифицировать этот новый союз для германского королевства, вместо этого он начал затяжные переговоры, которые не окончились даже к моменту его гибели. Только в 1226 году преемник Энгельберта дал необходимое подтверждение.
Весьма спорным моментом были новые планы женитьбы: король Генрих должен был взять в жены французскую принцессу. Герцог Баварский и король Богемии, напротив, хотели, чтобы Штауфены породнились с богемским королевским домом (позднее этот план поддерживал и Леопольд Австрийский). Однако император Фридрих, слово которого, конечно, всегда было последним, медлил с решением и после переговоров с герцогом Леопольдом в конце концов постановил, что Генрих (VII) должен жениться на Маргарите Австрийской, которая была намного его старше. Свадьба состоялась в ноябре 1225 года в Нюрнберге. Раздражительный и честолюбивый императорский сын, ставший молодоженом в четырнадцать лет, не мог примириться с мыслью получить еще одного опекуна. Его отец, который в 13 лет также был доверен заботам женщины намного старше его, в 14 лет по норманнско- сицилийскому королевскому праву объявлен совершеннолетним и сразу стал необыкновенно активен. Генриху же не был известен день, когда он сможет править самостоятельно. Можно предположить, что эту чисто человеческую проблему должны были обсуждать на имперском сейме, который был созван Фридрихом на Пасху 1226 года в ломбардский, но дружественный Штауфену город Кремону, и которому не суждено было состояться из-за противодействий Ломбардской Лиги. После шестинедельного ожидания в Триенте Генрих со своим рыцарским войском, слишком слабым для штурма «Веронского ущелья» (самая южная и укрепленная теснина реки Адидже), вернулся домой в Германию. В Кремоне должен был быть сформирован новый штат губернаторов для Германии. После длительных сомнений на княжеском сейме в Аугсбурге в июле того же года герцог Людвиг Баварский решился взять на себя опасное задание, от которого отказались все церковники. Началась длительная междоусобная война, в которой попеременно брали верх интересы короля, его «правительства», различных светских князей (их представлял губернатор) или церковников. Повсюду в стране вспыхнула вражда, которая усугубила всеобщее беззаконие, наступившее после убийства Энгельберта.