Фридрих выбрал путь между Фриолем и Штирией, хотя (или так как?) герцог Фридрих Австрийский, его зять, все еще считался упорным приверженцем короля Генриха. Тем не менее за 2000 марок серебром он согласился пропустить императора через свое герцогство. Тот оставил это предложение без внимания и продолжил свою поездку, не задерживаясь, поэтому герцог незамедлительно послал сообщить ему, что он «больше не хочет служить» ему. И все же последнее слово между Фридрихом II и последним Бабенбергером не было сказано. В июне император достиг Регенсбурга, где у него состоялся разговор с герцогом Отто Баварским, после чего он приехал в имперский город Нюрнберг. Там же объявились послы его мятежного сына, чьи действия становились все более безумны и бесцельны. Переговоры вел Герман фон Сальца.
В то время как блестящий придворный штат Фридриха вместе с удивительными экзотическими животными сначала охранялся по большей части сарацинскими телохранителями, то после Чивидале к императорской свите присоединилось большое количество князей и других могущественных феодалов. Этому немало способствовал «магнит», умышленно прихваченный Фридрихом из Сицилии: только что снова наполненная специальными налогами казна. По этой причине путешествие уже давно превратилась в триумф, затмивший торжественную встречу Puer Apuliae 23 года тому назад. Хронист швабского монастыря Эберсбах восторженно писал: «Как подобает императорскому Величеству, он ехал со множеством повозок, груженных золотом и серебром, тонким льном и пурпуром, самоцветами и драгоценностями. Он вел за собой верблюдов, мулов, дромадеров, обезьян и леопардов, а также сарацин и эфиопов, понимающих толк в некоторых искусствах и охраняющих его богатства». Войска, предоставленные ему в избытке, требовались теперь еще меньше, чем к началу похода, так как с трудом нанятая Генрихом армия растаяла в одно мгновение под лучами императорского солнца. Укрепления между Вормсом и Майнцем пали без кровопролития. Только немногие министериалы, которые остались верны своим обещаниям, удерживали несколько сильных крепостей в глубине страны. Генрих, которого Герман фон Сальца укрепил в обманчивой надежде на милостивый приговор, сдался, даже не начав войны.
Когда Фридрих II въехал в имперский пфальц Вимпфен, сын уже ожидал его там, чтобы пасть к ногам отца. Этого ему не было дозволено. Речь шла не о решении семейных неурядиц, а о караемом смертью государственном преступлении. В качестве наглядного доказательства перемены в образе мыслей Генрих должен был для начала сдать все свои крепости. И все-таки он медлил. В замке Трифельс хранились имперские инсигнии, которые раздираемый страхом и надеждами мятежник охотно оставил бы себе в качестве залога. Кроме того, он боялся прослыть предателем у гарнизонов крепостей (которые уже давно были брошены на произвол судьбы). После этого Фридрих приказал сопроводить его в Вормс как пленного, где он, сидя в башне Лугинсланд, в отчаянии вынужден был слушать праздничный гул горожан, которые до самого конца противились его власти.
Епископ Ландольф Вормсский напрасно пытался помочь своему бывшему господину, которому он был предан и как министериал; он заступался за него и, возможно, даже готовил побег. Когда же император увидел его при встрече у портала собора среди других епископов, он настолько отчетливо дал ему понять свое неудовольствие, что тот едва смог спастись и спрятаться.
4 июля состоялся суд над королем Генрихом, который в основном проводили князья. Пленник должен был на коленях просить прощения и отказаться как от королевства, так и от личной собственности. Таким образом ему удалось спасти свою жизнь, но свобода была потеряна навсегда, тем более что замок Трифельс еще не был сдан. Только через несколько месяцев последние крепости были захвачены, а их население взято в плен или вынуждено было эмигрировать.
С Фридрихом Австрийским и Ломбардской Лигой император намеревался разобраться отдельно, а с бывшими союзниками Генриха он вел себя необыкновенно мягко. Даже Ландольф Вормсский получил разрешение оставить при себе свое епископство. Только к сыну не было проявлено никакой милости. Под «присмотром» некогда притесненного им герцога Баварского Генрих был препровожден сначала в Хайдельберг, а затем в крепость Альтгейм, а к концу года перевезен в Апулию, так как возникла опасность попытки герцога австрийского освободить пленника. В 1240 году последовал перевод из Рокко Сан Феличе при Мелфи в Никастро в Калабрии. Когда через два года тюрьму снова сменили, все еще надеющийся на прощение пленник впал в безграничное отчаяние и 10 февраля 1242 года упал со своей лошадью в пропасть. В соборе города Козенца его похоронили с королевскими почестями. До сегодняшнего дня туристам показывают его саркофаг.