Новый магистр Ордена Немецких Рыцарей, Конрад Тюрингский (близкий Фридриху родственник святой Элизабет), поспешил в Рим с компромиссными предложениями германских князей. Так как Конрад уже был однажды отлучен от церкви из-за уже упомянутого нападения на архиепископа Зигфрида Майнцского, он больше всего подходил для исполнения этой обязанности. Все же Папа с самого начала объявил, что ломбардцы будут участвовать в мирных переговорах. Когда Конрад умер через несколько недель в Риме, император не видел больше никакой возможности достигнуть своей цели посредством переговоров. Он приехал в Романью, которой угрожали Венеция и Болонья. Здесь Фридрих через несколько дней смог захватить Равенну, а перед средним по величине, но хорошо укрепленным городом Фаэнца простоял восемь месяцев, тот капитулировал лишь в апреле 1241 года.
Грегор IХ лихорадочно работал на тем, чтобы на Пасху 1241 года в Риме собрался всеобщий (т.е всеевропейский) церковный собор, который должен был низложить императора, в раздражении заканчивающего дорогостоящую осаду Фаэнцы, задевавшую его престиж. В это время всей Германии угрожала ужасная опасность: хан Батый, один их наследников Чингисхана, умершего в 1227 году повелителя Монгольской империи, послал непобедимое войско против Восточной и Западной Европы. Кто должен был встретить его в Германии?
Насколько помнит история, это всегда было заданием королей и императоров. Король Генрих I в 933 году на реке Унструт, а император Оттон I в 955 году на реке Лех под Аугсбургом положили конец разбойничьим набегам венгерской кавалерии. В 1241 году в Германии был один только 13-летний король. Регент, архиепископ Зигфрид Майнцский, как раз собирался на благо Папе раздуть новую гражданскую войну. Не обращая внимание на опасность монгольского нашествия, он объединился со своим кельнским коллегой, Конрадом фон Хохштаденом, чтобы бороться против императора.
Дикого и буйного главу кельнского архиепископата Фридрих в 1238 году после канонических выборов сделал имперским князем со светскими правами. Он надеялся, что тот будет представлять штауфенские интересы, как и его предки, носившие графский титул. Однако архиепископ Конрад только и ждал удобного случая, чтобы использовать политические и военные затруднения императора для беспощадной захватнической политики, которая поначалу была направлена против его княжеских соседей.
Зигфрид Майнцский сражался с герцогом Отто Баварским за аббатство Лорх (недалеко от Швебиш-Гмюнд). Пока герцог Баварии склонялся в сторону антиштауфенской политики, особенно около 1239 года, архиепископ считал необходимым оставаться «верным» императору. Возвращение же Отто в партию Штауфена изменило этот расклад. Когда в 1241 году Конрад фон Хохштаден, служа Ватикану, старался создать антиштауфенский союз князей, и регент был его важнейшим помощником. Архиепископ Трирский также вступил в заговор. Все втроем (первые имперские князья) приказали огласить проклятье Фридриху с церковных кафедр. Кроме того, они, как разбойники, грабя и поджигая, вторглись на равнину Веттерау, принадлежавшую Штауфенам. Этим был разбит фронт лояльных церковных и светских князей, которым император обеспечил особые привилегии в 1220 и 1231/32 годах. А ведь еще в 1239 году этот союз стал всеобщим выступлением против папского произвола после отречении императора от церкви.
Далекий император ничего не мог противопоставить действиям так называемого регента и его церковной клике. И все же в начале 1241 года он еще олицетворял единственную силу, которая казалось способной защитить империю от конников Батыя. Так как многие современники видели в наступающих монголах воплощение библейского пророчества (Откровение 20) о войске Антихриста, кочевых народах Гога и Магога, то победа Фридриха «над Антихристом» была бы выгодна даже с чисто психологический точки зрения. Папская пропаганда о том, что кайзер является предтечей Антихриста или сам является им, сильно бы пострадала от этого.
Войско Батыя напало на Венгрию. Король Бела IV предложил императору взять в лен его государство, если он придет на помощь, но тот не мог покинуть Италию. «Встают картины прошедшего, как когда-то во время Нашего похода на защиту Святой Земли от нашествия сарацин, которые преследовали Наших верующих не меньше татар, Наш возлюбленный Отец призвал миланцев и прочих людей, подданных империи, насильно вторгся в Наше королевство Сицилию – когда Мы были по другую сторону моря! – и запретил через своих легатов всем слугам Христовым просить Нас о христианской помощи». Ему оставалось только призвать князей Европы к совместной акции и организовать в Германии оборону от имени Конрада VI.