Сначала Папа недооценивал грозящую с Востока опасность, он считал ее чем-то вроде отвлекающего маневра Фридриха II. Затем понтифик приказал всему клиру читать проповеди против монголов, но в основном продолжал непрерывно трудиться над осуществлением своей основной идеи: низложения императора на римском соборе. В Германии король Конрад в мае 1241 года в Эслингене объявил всеобщий мир. И действительно, под впечатлением грозящей опасности бесчисленные междоусобицы и разбойные нападения маленьких и больших войск на время прекратились. «Крестовый поход» было решено организовать с условием, что Папа не направит его против императора. В это время 9 апреля 1241 года при Лигнице монголами было уничтожено сильное силезско-польское войско. Прибывшая на следующий день богемская армия уже не застала «татар», они ушли на юг и нагрянули в Венгрию (которую только что опустошило другое монгольское войско). Вооруженные силы в центральной Европе должны были предотвратить дальнейшие набеги, но Германии избежала опасности. Незадолго до битвы при Лигнице (княжество Силезия тогда еще принадлежало империи) Фридрих нанес сильный удар по планам своего могущественного противника в Ватикане. После блестящей победы на море юго-восточнее Эльбы он взял в плен примерно 100 испанских, французских и ломбардских прелатов (среди них трех кардиналов), которые доверились генуэзскому флоту, и приказал бросить их в апульские тюрьмы. В общественном мнении – прежде всего, в западной Европе – такое «безбожное» насилие сильно повредило ему. И хотя на соборе теперь не было кворума, император направил свои войска к Риму, чтобы в случае необходимости низложить Папу. Некоторое число кардиналов все равно было на его стороне. Уже казалось, что Священный Город наконец-то падет к его ногам, но тут Грегор IХ умер в августе 1241 года, и тонко рассчитанный удар, направленный не против системы, а против самой персоны Грегора, ушел в пустоту.
Между двумя партиями кардиналов, стоявших за мир и за войну, сразу же разгорелся спор за две трети голосов, какой понтифик будет им выгоднее. Вплоть до выборов уже пожилого Целестина VI в октябре немногие оставшиеся в Риме кардиналы были арестованы. Нет ничего удивительного в том, что после этого первого «конклава» в истории папства они поспешно разъехались, так как Целестин был смертельно болен и умер уже через 17 дней.
Только в июне 1243 года в Анагни после долгих переговоров состоялись новые выборы, после чего Фридрих, который в это время пребывал в своей любимой Апулии, на всякий случай устроил еще два «военных парада» в папской области. Необходимое большинство голосов получил Синибальд Фиеши из Генуи, холодный, образованный и светский юрист. Он считался приверженцем партии мира, и Штауфен был уверен, что сможет поддержать его в этом. Никогда его решение не было столь роковым.
Синибальд Фиеши принял имя Иннокентия IV. Вскоре выяснилось, что это имя символизировало для Фридриха самую опасную программу: принятие, и даже расширение претензий Иннокентия III и Грегора IХ. Для начала мирные переговоры должны были успокоить стоящего перед Римом императора. Фридрих тогда даже надеялся, что сможет удержать папскую область как лен понтифика! Даже кровавая расправа над штауфенским гарнизоном в крепости Витербо – город был внезапным налетом отнят у императора кардиналом Райнером фон Витербо, его смертельным врагом, во время переговоров – прервала переговоры лишь мимоходом, хотя многолетняя ненависть Фридриха к этому городу стала известнейшим примером его мстительности.
Германские князья, и прежде всего король Людовик I Французский, который настаивал на крестовом походе в Святую Землю, хотели разделить компромиссный мир. Император должен был быть освобожден от проклятья и покаяться. Спорным оставался только ломбардский вопрос, так как новый Папа непреклонно требовал себе место третейского судьи. Когда Штауфен наконец-то потребовал объясниться, Папа усмотрел в этом – явно, не без причины – попытку подчинить Ватикан своей власти. Маска «благожелательного духовного отца» пала: в конце 1244 года понтифик переодетым бежал в Чивитавеккья , а оттуда по морскому пути в его родной город Геную, где несмотря на тяжелое заболевание оставался несколько месяцев, а затем на корабле Лион. Туда на Иванов день (24 июля) 1245 года он и созвал вселенский церковный собор. На повестке дня собора снова стояло низложение императора, но в этот раз место его проведения de jure было расположено за пределами Священной Римской Империи, а de facto принадлежало к территориям, подвластным французскому королю. Что могло из этого получиться, позже продемонстрировала борьба императора Людвига Баварского с Папой Иоанном XXII. В 1324 году из Авиньона на тогдашнего германского короля Людвига и его союзников было наложено проклятье и интердикт, и вплоть до его смерти (1347) папство, над которым господствовал французский король, нельзя было заставить пойти на уступки. Возможно, 50-летний Штауфен, все еще обладавший неисчерпаемой душевной силой, был в депрессии по поводу грозящей опасности ниспровержения (оно могло поставить под сомнение наследные права его сына). Парламентеры Фридриха сделали папе настолько странно звучащее предложение, что исследователи до сих пор гадают, устал ли император от бесконечной борьбы и желал мира любой ценой, или он просто хотел открыто уличить своего смертельного врага в лицемерии, если бы тот не принял такой знак доброй воли.