Повод для этого дало ставшее с августа 1244 года очень опасным положение в Святой Земле. Хорезмийцы, магометанский народ, чья великая империя между Кавказом, Гиндукушем и Персидским заливом в 1220 была завоевана Чингисханом, использовали частые разногласия между сирийскими государствами крестоносцев и захватили Иерусалим. Поэтому бежавший патриарх Альберт Антиохийский был яростным сторонником мира между папой и императором, чтобы в надежде на удачу начать крестовый поход для отвоевания священных мест христианства. Даже небольшая часть того, что Фридрих предложил Папе, еще несколько месяцев назад вернула бы его в лоно церкви: признание понтифика судьей в решении ломбардского вопроса. Кроме того, император был готов пообещать отправиться с войском крестоносцев на освобождение Гроба Господня в Иерусалим и не возвращаться в течение трех лет без разрешения Папы. Папская область должны была быть очищена от имперских войск тотчас же. При нарушении этого обещания он принимал потерю своей империи как справедливое наказание. Как только этот обет был торжественно дан на придворном совете, Фридрих к июню созвал германских князей в Верону, на этот же месяц был назначен собор в Лионе. Удалось ли ему избежать опасной петли? В апреле он со всем своим двором и сильным войском покинул Апулию по дороге, проходящей мимо Витербо. Если бы столь убедительно демонстрируемая уступчивость «непобедимого императора» была подлинной, то роскошный «мирный» поход в Верону сломил бы партию «войны», все еще стремящуюся к окончательному разрыву. Взоры жителей ненавистного Витербо должны были подействовать на Штауфена, как красный платок на быка. Так как он не мог надеяться мимоходом захватить город, который был готов к обороне, то приказал опустошить городские предместья, вместе в которыми пострадала и курия прилежащих земель.
Казалось, что кардинал Райнер фон Витербо, которого Иннокентий IV, что характерно, назначил своим представителем, ожидал этого. Будучи лидером куриальной партии «войны» он потоком писем начал подстрекать собравшихся в Лионе прелатов против безбожного и коварного императора, который несомненно проявлял все черты Антихриста. 6 мая Фридрих наконец оставил Витербо в покое. В этот же день его друзьям удалось добиться согласия Папы на снятие проклятья. Однако ввиду неожиданного успеха памфлетов кардинала Райнера Иннокентий IV быстро изменил свою точку зрения. Он больше не сомневался и 26 июля 1245 года собор был открыт.
В 1215 году Иннокентий III смог собрать в Латеране, папской резиденции, около 1300 прелатов из всей Европы и восточной церкви, чтобы незадолго до смерти еще раз продемонстрировать укрепленную им власть папства и вместе с тем милостиво утвердить выборы Фридриха II римским императором. Чтобы ниспровергнуть того же самого Фридриха, в Лионе же появились лишь 150 участников собора. Германия и Италия почти не были представлены.
Сначала казалось, будто «адвокат» императора, его придворный юрист Таддеус фон Суэсса, своей умелой защитой сможет предотвратить скорое решение и добиться отсрочки вплоть до личного появления его господина или во всяком случае до прибытия от него нового посольства. Действительно ли Фридрих собирался предстать перед этими судьями, которых не признавал, остается в высшей степени спорным. Во всяком случае он продвинулся до Турина.