Приверженцы Папы сразу же начали готовить возвращение их господина из Лиона с помощью действенной пропаганды для скорейшей нормализации всех церковных обрядов (интердикт был наложен на всех сторонников Фридриха). А все еще отлученный от церкви король Конрад IV почти год оставался в Германии в должности наместника. Там у него не было настоящего авторитета, так он, очевидно, не в состоянии был держать в руках переданные ему бразды правления всей империи. Застой в этой ситуации означал потерю выгодных позиций, которые удалось завоевать штауфенской партии на протяжении 1250 года. На Пасху 1251 года Иннокентий IV отбыл из Лиона и триумфально вернулся назад в Италию. Рим он избегал еще долгое время. Громче, чем когда- либо, прозвучал призыв ненависти, впервые произнесенный при низложении Фридриха: «Уничтожайте во имени и теле, в семени и ростке этого вавилонянина!» (Вавилон считался местом рождения Антихриста). Насколько серьезно папская партия собиралась искоренить весь штауфенский «род гадюк», Конрад узнал уже к Рождеству 1250 года: только благодаря ошибке ему удалось избежать в Регенсбурге покушения тамошнего епископа и аббата Скт. Эммерана, в чьем монастыре должны были быть улажены некоторые вопросы собственности. Покой монастыря не уберег его от кинжалов убийц-предателей, которые под покровом темноты поразили одного из его сопровождающих.
Вскоре после Пасхи 1251 года Конрад (так и не расставив приоритеты в споре с королем-противником Вильгельмом Голландским), казалось, был убежден, что его борьба против немецких нахлебников Папы должна будет остаться бесперспективной без поддержки остающихся «нейтральными» князей. Уже сейчас политика отца, утвердившая князьям их статус землевладельцев, могла гарантировать лишь небольшой перевес территорий королевских владений. Эта слабая сторона немецкой центральной власти, тщательно поддерживаемая внутренними силами и иноземцами, должна была с этих пор стать отличительной чертой партикуляристской Германской Империи и поддерживать в народе постоянную тоску по возвращению последнего «настоящего» императора. Так как Конрад IV, согласно завещанию Фридриха, мог распоряжаться всем наследством, он решил для начала оставить Германию и сделать свое наследное государство Сицилию отправной точкой позднее возобновившейся борьбы за всю империю. Он продал, заложил или раздал (в лен) свои германские владения и поздней осенью 1251 года как «король Сицилии и Иерусалима» переехал в Италию со значительным и, соответственно, дорогим войском. Как пример, «галопирующей чахотки», истощающей имперские владения, необходимо упомянуть потерю герцогства Австрийского (им должен был править старший пропавший без вести после 1251 года внук императора Фридрих). Оно досталось Оттокару II Пржемыслу, наследнику короля Венцеля I Богемского. Чтобы легализовать это новоприобретение, Оттокар вскоре женился на Маргарите Бабенберг, вдове короля Генриха (VII). Вместе с Австрией повелителя лишилось и герцогство Штирия, на которое сначала претендовал король Бела IV Венгерский, у которого Оттокар смог отобрать его лишь через десять лет. Какие надежды император Фридрих II возлагал на бабенбергское наследие, когда выдвинул кандидатуру юного Конрада IV в 1237 году на выборах короля в Вене!
Восточная дорога между Италией и северной империей, проходящая через Монт Ченис и Ронеталь, была потеряна из-за постоянной борьбы дворянских родов тех мест. Прованс уже с 1246 года принадлежал младшему сыну Людовика VIII Карлу Анжуйскому, который позднее стал победителем последнего Штауфена.