Сложно сказать, чего ожидал Конрад, тщательно следуя фатальной традиции своего дома перекладывать основные силы управления на южную часть империи, особенно в ситуации отлученного от церкви и, в сущности, будучи противником правящего de facto на Сицилии короля Манфреда. Весной 1252 года на корабле он переправился с побережья Триеста в разоренную после мятежа Апулию, однако в проблемах Сицилии несчастный наследник трона понимал еще меньше, чем в германских. Настоящая же проверка сил еще только предстояла, так как ничто не могло заставить Папу снять отлучение, а наместник Манфред хотя и не готовил еще заговор, но и не выказывал особого желания уступать свои с трудом добытые владения законному наследнику. Тем временем Конрад (называвший себя королем Сицилии Конрадом I) 21 мая 1254 года в возрасте 26 лет умер в лагере при Лавелло от коварного климата нижней Италии. Его хотели похоронить в Мессине, но еще перед церковным освящением в церковь попала молния, и труп сгорел, как будто бы проклятого настигла кара Божья.
Изустная папская пропаганда распространила, будто бы Манфред отравил сводного брата, как раньше приписывала Конраду вину за смерть его младшего сводного брата, 15-летнего Генриха (умершего в январе 1254 года). Среди сыновей и внуков Фридриха II смерть за несколько лет собрала богатый урожай. Когда изгнанный в 1256 году из Тосканы Фридрих Антиохийский умер, сражаясь за свою прежнюю резиденцию в Фоггиа, занятую папской партией, из сыновей Фридриха в живых кроме плененного в Болонье Энцио остался только Манфред, преследующий на Сицилии свои интересы с невиданной жестокостью и коварством. В 1258 году, нарушив право наследования своего племянника Конрадина, он присвоил себе сицилийский трон, и после этого утвердил во всей стране подчеркнуто антигерманскую политику правления, а затем еще раз вернул былую роскошь императорского двора Сицилии. Поэты, певцы и ученые получали дружеский прием при дворе мецената, который сам был весьма одарен музами. Все это в глазах Папы Урбана IV означало непосредственную опасность полного обновления штауфенского императорского дома. Поэтому в 1263 году он пожаловал Сицилию в лен Карлу Анжуйскому, и в борьбе с хорошо вооруженными французами в 1266 году Манфред потерял корону и жизнь.
Через два года начался заключительный акт драмы штауфенского дома. Родившийся в 1252 году в Баварии и выросший там же под присмотром своего дяди, герцога Людвига II, сын короля Конрада (также Конрад, позже названный на итальянский манер Конрадином) получил титул герцога Швабии и претендовал на королевский трон Сицилии и Иерусалима. Наследованию германского трона прежде всего воспрепятствовал Папа. Когда же «наследство» Конрадина досталось Карлу Анжуйскому, пятнадцатилетний юноша организовал поход через Бреннер, чтобы вернуть свое. Он отправился из Вероны в Рим, сопровождаемый лишь несколькими сподвижниками из Германии и зараженный энтузиазмом приверженцев Штауфена (с деньгами некоторых итальянских городов) и был восторженно встречен «народом и сенатом», а оттуда двинулся к сицилийской границе.
Правление притворно-набожных и жестоких французов расценивалось как чуждое, и было в тягость населению Сицилии, прежде всего мусульманам. Поэтому, узнав о приближении Конрадина, переселенные Фридрихом в Люцеру сарацины, а также дворяне, полностью лишенные влияния новыми французскими властями, сразу же схватились за оружие. Они ратовали за восстановление штауфенского рода на его старых позициях. Однако в битве при Таглиакоццо (23 августа 1268 года) армия Конрадина была полностью разбита, хотя начало было обманчиво успешным. В упоении местью победители уничтожили целые гибеллинские дворянские семьи, как и сарацинскую Люцеру. Самому Конрадину сперва удалось скрыться, но при побеге он был узнан, взят в плен и продан Карлу Анжуйскому. Тот же осудил его как предателя и приказал отрубить ему голову 29 октября 1268 года.
За сценой большой политики в тюрьме томился еще один потенциальный наследник штауфенского трона, однако свобода не была возвращена ему никогда. Король Энцио жил – как уже говорилось – до 1272 года в относительно гуманном плену в Болонье. Трое сыновей Манфреда с 1266 года были закованы в цепи в Castel del Monte, замке для развлечений, который Анжуйский использовал в качестве тюрьмы. Говорят, что они были выпущены только через 30 лет, то есть намного позже смерти Карла (1285). Последний сын умер лишь через 40 лет в безумии и ужасной нищете.