Не встретив на своем пути сопротивления, император достиг Биферно при Термоли. Отсюда он переправился через отроги Апеннин и 3 марта 1022 года вступил в Беневент. Беневент состоял тогда из двух разных частей: античной римской и новой лангобардийской.
На подходе к Беневенту корпус, ведомый архиепископом Поппо, соединился с главными силами. Папа Бенедикт VIII тем временем тоже находился рядом с императором. Третье войско под предводительством архиепископа Пилгрима тем временем остановилось в Монте-Кассино, чтобы наказать аббата Арнульфа, примкнувшего к грекам. Но аббат своевременно скрылся в Отранто и, снарядив там корабль, отбыл в Константинополь. Однако удача покинула аббата: его корабль попал в сильный шторм и затонул 30 марта 1022 года. Все находившиеся на борту погибли.
Из Монте-Кассино Пилгрим достиг находившейся в пятидесяти километрах Капуи, намереваясь привлечь там к ответу брата аббата Арнульфа – князя Пандульфа, тоже на всякий случай перешедшего на сторону греков. Князь Пандульф не стал сопротивляться и был взят в плен. Затем Пилгрим подошел к Салерно. Четырнадцать дней он осаждал сильно укрепленный город, прежде чем к нему явился князь Веймар с обещанием подчиниться императору. Своего сына – тоже Веймара – князь выставил в качестве заложника. Примеру Веймара последовал князь Неаполя, также сдавшийся без боя. Архиепископ Кельнский Пилгрим полностью выполнил приказ и присоединился к основным силам, тем временем выступившим из Беневента на Трою для осады сильной греческой крепости. В середине апреля туда прибыл император.
Крепость Троя расположена на высокой горе, с трех сторон отвесно обрывающейся в пропасть. Лишь с востока представлялось возможным захватить город по наклонно восходящему вверх плато. Впрочем, упомянутое плато являлось довольно узким, поэтому наступление широким фронтом исключалось. Подход к городу с наиболее уязвимой стороны надежно защищали крепостные стены и рвы. Оборонительные рубежи и естественные преграды делали крепость почти неприступной с учетом развития военной техники Средневековья. Осада продолжалась два месяца, прежде чем город сдался. Время поджимало: Генрих II хотел избежать долгого пребывания в южных районах в жаркое время года. Среди воинов уже отмечались первые случаи малярийной лихорадки. Стремясь предотвратить эпидемию в войсках, император отказался закреплять победу полным уничтожением города и отдавать его на откуп солдатам и увел их оттуда. Но уже спустя два года троянцы восстановили город и снова перешли на греческую сторону.
Так как и лангобардийские княжества к югу от Рима тоже вскоре смогли вернуть себе утраченное могущество, нельзя говорить о том, будто императору удалось разрушить византийское могущество в Апулии и Калабрии. Не следует также считать успех военной операции на юге Италии сколько-нибудь значительным – серьезный прорыв императору снова не удался.
Еще во время осады Трои велись консультации о судьбе лангобардийских князей. Князя Капуи Пандульфа сначала приговорили к смертной казни, однако после вмешательства архиепископа Пилгрима Кельнского император сменил гнев на милость и заменил смертную казнь пожизненным заключением. Пандульфа отправили в Германию, в Кеттен, где позднее он умер своей смертью.
Его княжество получил дальний родственник, граф Пандульф Теанский. Ему и его сыну Иоанну император Генрих II передал управление в княжестве Капуя, за исключением аббатств Монте-Кассино и Сан-Винченцо при Волтурно, издав 5 января 1023 года соответствующий указ. Император лично ввел новых князей в их должность в Капуе.
Князю Веймару Салернскому повезло больше, чем Пандульфу. Ему удалось сохранить свое княжество. Его сын, однако, оставался под стражей у папы Бенедикта.
Когда император через Беневент и Капую прибыл в Монте-Кассино, последнюю задачу войска в Южной Италии можно было считать выполненной. Кресло влиятельного аббатства Монте-Кассино должно было быть замещено после смерти аббата Атенульфа.
Как и в Германии, император хотел поставить на это место человека, отвечавшего его интересам, но законодательный орган Монте-Кассино обладал правом свободного выбора аббата. Генрих II покровительствовал Тибальду, пастору монастыря Спасителя на Ленте, с которым познакомился во время марша по маркграфствам побережья Адриатики.
Монахи же хотели видеть во главе монастыря брата Иоанна. Тот однажды уже выдвигался на пост аббата. После того как Генрих II рекомендовал Тибальда, очевидно, прошло голосование. В присутствии императора монахи, голосовавшие за кандидатуру Тибальда, должны были подняться со своих мест. Конечно же, большинство монахов решились пойти против воли монарха и остались сидеть. День спустя Тибальда торжественно ввел в должность сам папа Бенедикт VIII.
В Риме войско получило передышку лишь на несколько дней. Тем не менее императору удалось разобраться с делами монастыря Фарфа и одновременно привлечь Кресценциев на свою сторону. Успех, достигнутый благодаря искусству Генриха II вести переговоры, может считаться большой заслугой императора: на протяжении десятилетия Кресценции оставались непримиримыми врагами немецкого присутствия в Италии. Одновременно Генриху II удалось укрепить положение и авторитет папы в Риме. После этого еще и во времена правления Конрада II Кресценции причислялись к прогермански настроенным политикам Италии.
В области Лациум император посетил аббатство бенедиктинцев Фарфа. Там его приветствовал аббат Гуго, начавший проводить клюнийские реформы в своем монастыре. Уже во время посещения Фарфы императором Оттоном III в сентябре 999 года Генрих познакомился с Гуго. Наряду с подтверждением прав на владение крепостями Трабуко и Букиниа император одарил аббата множеством самых разных подарков.
Тем временем эпидемия малярии в немецком войске привела к первым жертвам. 17 июля 1022 года от болезни умер аббат монастыря Святого Галена, Бурхард. Так как многие в войсках заболели, император снова заторопился.
23 июля 1022 года он прибыл в Луку, и в конце месяца сильно поредевшее войско достигло Павии. Чтобы и здесь показаться могущественным и полным сил, Генриху пришлось призвать из Германии на подмогу новые войска. Пребывание императора в Павии должно было подвести черту под результатами третьего похода монарха в Италию.
Собор, который император решил провести в присутствии папы Бенедикта VIII, обсуждал среди прочего отчуждение бывших церковных имении в Верхней Италии – тему, уже затрагивавшуюся во время предыдущего похода. На повестке дня, кроме того, стояла проблема огромного количества браков высокопоставленных чинов церкви. Детей, рожденных от подобных браков, собор постановил лишить права наследования церковной собственности. Вслед за этим папа и император постановили наложить запрет на вступление в брак для всех священнослужителей.
Собор должен был бы иметь в целом далеко идущие для церковной жизни в Италии последствия. Но насколько эти решения удалось воплотить в жизнь, остается неизвестным. Лишь епископ Лев сообщает, как последовательно и строго он проводил их в жизнь в своей епархии. В решениях собора в Павии нашло выражение взаимопонимание, установившееся между императором и папой Бенедиктом VIII. Папа и император в очередной раз подтвердили свое единодушное мнение по поводу обета безбрачия для священников.
В конце августа император распустил в Павии войска, присоединившиеся к нему в Италии, и отправил домой немецких солдат. Третий итальянский поход монарха, таким образом, закончился. Когда его войска двигались на родину, император добрался до перевала Мон-Сени у побережья реки Роны и оттуда водным путем до монастыря Клюни, где нанес визит своему другу аббату Одило. Осенью 1022 года император вернулся в Германию.