На рассвете 28 июня 1762 года случилось событие, имевшее огромное значение для России, а вместе с тем важное и по отношению к судьбе томившегося в Шлиссельбурге Иоанна Антоновича: супруга императора Петра III Феодоровича, Екатерина Алексеевна, объявила Петра III лишенным престола и провозгласила себя императрицей Всероссийской.
В манифесте, изданном по этому поводу, говорилось, что императрица, «приняв Бога и Его правосудие на помощь, а особливо видев к тому желание всех верноподданных ясное и нелицеприятное», решила ради спасения России принять бразды правления.
Лишенный престола император по приказанию новой монархини был арестован и удален в Ропшу — один из дворцов близ столицы, где к нему был приставлен караул под начальством Алексея Орлова. Из Ропши свергнутого императора предполагалось перевезти в Шлиссельбург.
Всего шесть месяцев и четыре дня процарствовал Петр III, но за это короткое время он успел вызвать всеобщее недовольство и ненависть к себе как среди придворной знати, так и среди духовенства, народа, а в особенности гвардии. Его обвиняли в том, что он с пренебрежением относился к православной вере, оскорблял своими указами Священный синод, гораздо больше питал любовь и привязанность к родной своей Голштинии, нежели к России, преклонялся перед врагом России Фридрихом II, которому стремился слепо во всем подражать, старался преобразовать русскую армию на прусский лад, окружил себя голштинскими солдатами и офицерами и т. д.
Глухая вражда к Петру Феодоровичу началась еще тогда, когда он был наследником престола. Даже сама императрица Елизавета Петровна, вызвавшая своего племянника из Голштинии и назначившая его своим преемником, относилась к нему враждебно и считала его недостойным занять всероссийский престол. Болезненно-вспыльчивый, слабый физически и нравственно, предававшийся всяким излишествам, малоразвитый, плохо воспитанный, Петр не обладал качествами, необходимыми для монарха. И даже среди близких к нему людей он не пользовался ни любовью, ни даже уважением, между тем как Екатерина Алексеевна успела приобрести много сторонников и приверженцев, которые с первых же дней воцарения Петра только и ждали момента, чтобы, при помощи гвардии, провозгласить ее императрицей. Арест одного из преданных Екатерине офицеров гвардии, П. Б. Пассека, ускорил решение. И вот на рассвете 28 июня Екатерина Алексеевна, приехав в Петербург из Петергофа, где она жила летом, направилась сначала в казармы Измайловского полка, который принес ей присягу как «самодержице всероссийской», а затем к Казанскому собору, где всенародно объявила о своем решении. Оно было принято с восторгом всеми — и духовенством, и дворянством, и народом, и армией.
Измайловский полк приносит присягу на верность императрице Екатерине II.
В манифесте от 6 июля императрица Екатерина сочла нужным подробно разъяснить, что Петр III своим пагубным «самовластием» возбудил против себя «неудовольствие народное», все отечество «к мятежу наклонил», так что «ни единого в народе уже не оставалося, кто бы не злословил его и не готов был на пролитие крови его», и «усерднейшие» к императрице «от народа избранные, верноподданные» склонили Екатерину «воцариться таким образом», каким она «ни намерения, ни желания никогда не имела».
На другой же день по восшествии на престол новая императрица послала коменданту Шлиссельбурге кой крепости, генерал-майору Силину, указ такого содержания: «Вскоре по получении сего имеете, ежели можно того же дня, а, по крайней мере, на другой день безыменного колодника, содержащегося в Шлиссельбургской крепости под вашим смотрением, вывезти из оной в Кексгольм, а в Шлиссельбурге в самой оной крепости очистить лучшие покои и прибрать».
«Безыменный колодник», о котором говорилось в указе, был бывший император Иоанн Антонович, а «лучшие покои в крепости» предназначались для Петра III Феодоровича, которого предполагалось доставить в Шлиссельбург из Ропши.
Согласно этому приказу, Силин вывез на лодке Иоанна Антоновича по направлению к Кексгольму — небольшой крепости на острове реки Вуоксы, при впадении ее в Ладожское озеро. Узник не знал, куда его везут, и не знал, откуда его везут, так как во все время в Шлиссельбурге от него скрывали, где именно он находится. Но до Кексгольма Силину не удалось добраться: бывшей на Ладожском озере бурей судно, на котором он вез Иоанна, разбило, и Силин вместе с узником высадились в деревне Мордя в тридцати верстах от Шлиссельбурга, где Силин решил ждать прибытия других судов.
Тем временем на имя Силина прислан был из Петербурга, доставленный ему в Мордю, другой приказ от имени новой императрицы: везти «безыменного колодника» обратно в Шлиссельбург. Этот новый приказ вызван был непредвиденным событием: Петра III в Ропше постигла неожиданная смерть 1, и таким образом помещение в Шлиссельбурге для нового узника не понадобилось.