Спустя месяц после водворения Иоанна Антоновича в прежнее место его заточения, венчанного узника пожелала видеть сама императрица. Свидание состоялось в строгой тайне, и о нем узнали лишь значительно позже.
Оно убедило императрицу, что Иоанн, как было заявлено потом в манифесте, «лишен разума и человеческого смысла». Но все же Екатерина не решилась дать ему свободу и приказала оставить его в том же жилище, в котором он проводил время до тех пор, и лишь велела «дать ему возможное человеческое удовольствие» — улучшить пишу и т. п.
Иоанну было тогда 22 года. Это был юноша среднего роста, довольно слабого сложения, но здоровый, насколько, конечно, может быть здоров человек, всю жизнь проведший в заточении, лишенный движения, воздуха, общения с людьми.
Находившиеся при узнике капитан Власьев и поручик Чекин показывали впоследствии, что узник был косноязычен, при еде жаден и не разборчив в ней, сам себе весьма часто задавал вопросы и, отвечая, говорил, «что тело его — принца Иоанна, назначенного пред сим императором российским, который уже издавна от мира отошел, а на самом деле он есть небесный дух, а именно ев. Григорий, который на себя принял образ и тело Иоанна». Сказывал, что он часто на небе бывает, Чекина и Власьева еретиками называл, заявлял, что ему очень хотелось бы быть митрополитом и т. д. Был сердитого, горячего и свирепого нрава и никакого противоречия не сносил.
Согласно распоряжению Екатерины, узник был оставлен в Шлиссельбурге под надзором приставленных к нему еще при Елизавете Петровне капитана Власьева и поручика Чекина, причем последние были подчинены графу Никите Ивановичу Панину, на которого императрица возложила главное наблюдение над бывшим императором. Панин дал обоим офицерам подробную инструкцию, как они должны обращаться с арестантом, причем приказал заменить ему имя Григорий именем Гервасий.
Вскоре по вступлении на престол императрицы Екатерины II и кончине императора Петра III пошли слухи, будто императрица, чтобы упрочить свое положение, намерена освободить Иоанна Антоновича, вернуть ему все отнятые Елизаветой Петровной права и выйти за него замуж. Несмотря на то что Екатерина была много старше Иоанна и что шлиссельбургский узник признан был душевнобольным, многие верили слухам.
Некоторые горячо сочувствовали мысли вернуть Иоанну престол. К числу последних принадлежал бывший сибирский митрополит Арсений Мацеевич, низведенный Екатериной в простые монахи за оскорбление величества, превратные толкования Священного Писания и заточенный в Корельский Николаевский монастырь. По доносу одного офицера, бывшего у Мацеевича в 1767 году, он говорил, что Иоанн Антонович законный государь, ибо ему присягали, и что не Екатерине следовало царствовать, а Иоанну, и лучше было бы, если бы ее величество вступила в брак с Иоанном. Кроме того, Мацеевич предсказывал, что будет царствовать брат Иоанна Антоновича Петр, который содержался в Холмогорах и которому тогда было лет 15. Арсения Мацеевича отдали опять под суд и приговорили к отправлению в Сибирь, в Верхнеудинскую крепость. Приговор этот был затем изменен: Мацеевича заключили в Ревельскую крепость, причем, по приказанию Екатерины, велено было называть его не его именем, а «Андреем Вралем».
Арсений Мацеевич в Ревельском каземате.
В июле 1764 года на недельном карауле в Шлиссельбургской крепости стоял прибывший из Петербурга подпоручик Смоленского пехотного полка Василий Яковлевич Мирович.
У поручика Мировича уже задолго до этого явилась мысль освободить Иоанна Антоновича из заточения, увезти его в Петербург и при содействии артиллерийского полка возвести на престол.
О своем замысле Мирович хранил глубокую тайну. Он открыл ее только одному человеку, поручику Великолуцкого полка Аполлону Ушакову, который обещал свое содействие. Но Ушаков еще до приведения в исполнение заговора утонул. Лишившись товарища, Мирович решил один привести в исполнение свое предприятие. С этой целью он заготовил письмо к принцу Иоанну, манифест от его имени и ждал, когда его назначат караульным офицером в Шлиссельбург.
Ознакомившись подробно с расположением того помещения, где содержался Иоанн Антонович, Мирович в ночь с 4 на 5 июля 1764 года приступил к исполнению замысла, поднял на ноги караул и повел его в цитадель освобождать узника, причем открыл огонь по небольшому отряду солдат, охранявшему темницу Иоанна. Офицеры Власьев и Чекин, находившиеся неотлучно при узнике, отразили первый приступ, а затем, боясь, чтобы Мирович не осуществил своего намерения и, как они впоследствии заявляли, «чтобы отвратить бедствия и смуты», убили погруженного в сон Иоанна Антоновича.