Михаил въехал в столицу и занял дворец у ипподрома, так как Влахернский дворец был давно заброшен. Первым дело нужно было очистить город от обломков и возвратить ему былую красоту, возобновить храмы. После возвращения Константинополя Михаил совершенно не хотел делить власть. Маленький Иоанн был отстранен от управления, его лишили знаков царской власти. А когда Михаил второй раз короновался в храме святой Софии, Иоанн даже не был упомянут. Наконец Михаил приказал ослепить мальчика и заключить в крепость. Всех его сестер он выдал замуж за незнатных людей.
Несмотря на то что всё это было вероломным со стороны Михаила, никто не вступился за маленького Ласкариса, кроме патриарха. Патриарх Арсений, бросаясь из комнаты в комнату, жалобно вопил и призывал все кары на голову клятвопреступнику. Он подверг Михаила церковному отлучению. Император долго и безропотно сносил наказание и ожидал разрешения епитимьи. Но потом он решил отомстить патриарху: собрал собор архиереев и приказал рассмотреть обвинения против Арсения. Собор в 1265 году низложил патриарха, хотя обвинения были нелепы. Многие священники и монахи не признали его низложения, из-за чего произошел раскол и начались смуты.
Новый патриарх Герман не захотел вернуть императора к церковному общению и добровольно покинул святительский престол. Его место в 1266 году занял Иосиф. Он освободил Михаила от грехов клятвопреступления и жестокости. Но вскоре между патриархом и императором возникли новые противоречия.
Еще через два года венецианцы подписали очередной мирный договор с Византийской империей. Согласно ему, граждане республики могли свободно приобретать собственность в империи, также им гарантировалась безопасность от нападений Генуи, в обмен на что они не должны были нападать на её граждан. Дож отказывался от титула «властителя трёх восьмых империи Романии», а венецианский представитель в Константинополе менял титул подесты (глава администрации города)на байло (представитель Венецианской республики типа губернатора). Договор был весьма выгоден обеим сторонам.
Король Сицилии Карл Анжуйский, казнивший отпрыска королевских кровей для обеспечения гегемонии на Сицилии и в Италии казалось бы мог сосредоточиться на реализации своей мечты — создании Средиземноморской империи, куда должна была войти и Византия, которую он вроде пообещал своему племяннику. Однако прошло ещё немало времени, пока удалось подавить мятеж на Сицилии, покорить Флоренцию и поставить под свой контроль Тоскану. Всё это дало небольшую отсрочку Византийской империи.
Запад не был единой силой, и его правителей раздирали множество противоречий, требовавших деятельного участия Римского папы как универсального посредника и арбитра. Данные обстоятельства давали шанс Византийской империи получить признание на Западе, заручившись поддержкой одного лишь папы римского. В противном случае Михаил VIII попросту не признавался лицом, правомочным на заключение соглашений, и договоры с ним не имели бы никакой силы. Выборы первого Латинского монарха, Балдуина I, также были произведены на легитимных для западного сознания началах. И в глазах католиков Михаил VIII Палеолог являлся узурпатором, да ещё и схизматиком. Западные государства не признали никакой восстановленной Восточной Римской империи, поскольку во главе неё стояли православный патриарх и Греческий царь — максимальный титул, которым понтифики и западные государи могли наделить Палеолога. Можно сказать, что у Михаила VIII Палеолога на момент начала самостоятельного правления не было ни одного друга на Западе — только враги или, в лучшем случае, нейтральные правители. Хотел того Михаил или нет, но обстоятельства вынуждали его идти на союз с Римом. А это означало, что рано или поздно возникнет вопрос о церковной унии, поскольку Рим никогда не отказывался от своего права возглавлять всю Христианскую Церковь.
Вооруженные силы Византии деградировали как в численности так и в военной выучке, центральная армия насчитывала шесть тысяч человек, а общая численность полевых войск никогда не превышала десяти тысяч. Общее количество войск под командованием Михаила VIII составляло около двадцать тысяч человек; мобильные силы насчитывали пятнадцать тысяч человек, а городские гарнизоны насчитывали пять тысяч человек, годовое содержание одного наймита равнялось двадцати четырем иперпирам, сменившим номисму (византийский вариант солида), на протяжении семи столетий сохранявшую высокое содержание золота (двадцать четыре карата), но начавшую обесцениваться из-за непрерывных политических и финансовых неурядиц, сопровождавшихся порчей монеты, при Михаиле VIII при весе монеты в четыре целых и сорок пять сотых грамма содержание золота в ней составляло пятнадцать карат (625 проба).