Ф.Я. Алексеев. Троице-Сергиева лавра. 1800 г.
Еще второго сентября отправились к Троице некоторые из Немецкой слободы, и Гордон поручил им извинить его, что он нейдет, не зная, будет ли приятен его приход или нет. Четвертого числа явилась в слободе царская грамота (от 31 августа), призывавшая всех служилых иноземцев к Троице. Иноземцы решили, что должно показать грамоту князю Василию Васильевичу Голицыну, как главному своему начальнику. Гордон с несколькими полковниками отправился к Оберегателю. Тот был сильно смущен, когда они подали ему грамоту, но поспешил оправиться и отвечал, что покажет грамоту старшему царю и царевне и тогда скажет, что им делать. Гордон заметил, что они боятся за свои головы, если не послушаются. Голицын обещал прислать ответ не позже вечера; но иноземцы не хотели дожидаться ответа, вечером двинулись в путь и утром на другой день были у Троицы, целовали руку у царя, который каждому поднес по чарке водки. В такое время натянутого ожидания и нерешительности всякое движение в ту или в другую сторону чрезвычайно важно, сильно увлекает: начали громко говорить в пользу царя Петра, когда узнали, что и немцы ушли к нему.
У Софьи всё еще оставались стрельцы; но когда разнеслась весть, что царевна не поедет к Троице, потому что ее туда не пустят, то стрельцы потеряли всякое терпение и вечером шестого сентября явились большою толпою в Кремль с челобитьем к царевне, чтоб выдала Федьку Шакловитого, которого они поведут к Троице. Сначала Софья отвечала, что не выдаст и чтобы они жили спокойно, не вмешивались в ссору ее с братом. В толпе раздался шум, послышались голоса, что нечего дожидаться, надобно приниматься за набатный колокол. Это сильно поразило Софью.
Сцена 1682 года повторилась, только с переменою лиц: тогда стрельцы требовали у царицы Натальи выдачи брата ее, Ивана Нарышкина, и перетрусившие бояре уговаривали царицу пожертвовать братом, чтоб им всем не погибнуть из-за одного. Теперь стрельцы, грозя бунтом, требуют у Софьи выдачи Шакловитого, и окружающие царевну уговаривают ее исполнить требование, иначе многим придется поплатиться жизнью. Софья выдала Шакловитого, но Медведев успел скрыться. В тот же день бояре, остававшиеся в Москве, по вызову Петра отправились к Троице: не поехал один Голицын, он удалился со своими приближенными в подмосковное село Медведково: весть о выдаче Шакловитого сильно поразила его.
Седьмого сентября привезли Шакловитого в монастырь. На расспросы о преступных замыслах он отвечал: в 1687 году, в Великий пост в Казанском соборе за иконою Богородицы вынули письмо с непристойными словами на царевну Софью Алексеевну, и в то же время у государя Петра Алексеевича начали прибирать потешных конюхов, и от того возродилось опасение. Царевна Софья сказала ему, Шакловитому, чтоб выбрал стрельцов радетельных и верных к ней и к царю Ивану, и он, призвав пятисотных, говорил, что если будет замешание, то чтоб государей оберегали. Стрельцы к нему прихаживали и говаривали, что их потешные конюхи везде обижают и побивают, говорят: вас-де станут за ноги таскать, и если с ними не управиться, то будет всем худо, и он им отговаривал.
На первой пытке после пятнадцати ударов он повинился во всем, что на него ни взводили. Перед второю он обещал объявить всё без утайки и написал, что на жизнь царя Петра Алексеевича никогда не умышлял, об убийстве царицы были разговоры с Кузьмою Чермным, который первый начал, князь В.В. Голицын жалел, что царицу не убили прежде, в 1682 году, намеревались произвести пожар в Преображенском, стрельцов собирали для собственной защиты, а не для бунта. Кто внушил царевне мысль венчаться на царство, он не знает, ни он, ни Голицын ей этого не советовали, и Голицын даже писал об этом из похода с ужасом; наконец, он, Шакловитый, писал последнюю сказку для народа об обидах царевне.
В умысле на жизнь Петра Шакловитый не повинился, хотя Филипп Сапогов объявлял, что Шакловитый подговаривал его, как пойдет царь Петр в поход, бросить на дороге ручные гранаты или тайком положить их в сани, также убить государя во время пожара в Преображенском. Впоследствии, в 1699 году, стрелец Петрушка Кривой показывал: «После 1682 года я бывал в доме у Федьки Шакловитого и вместе с Федькою у князя Ивана Засекина, и Федька с князем Иваном при мне между собою говорили: ходит он (государь) на пожары не со многими людьми: убить бы его стрельцам».