Шакловитый был так тесно связан с Голицыным: участь обоих должна была решиться вместе. В тот же день, как привезли Шакловитого, седьмого сентября, около пяти часов пополудни явился к Троице и князь В.В. Голицын со своими приближенными, известными своею военною и приказною деятельностию, окольничим Леонтием Неплюевым, Венедиктом Змеевым, думным дворянином Григорьем Косоговым и думным дьяком Емельяном Украинцевым. Их не пустили в монастырские ворота, велели стать на посаде и не съезжать без указа. Вечером Гордон навестил Голицына и нашел его в раздумье. Вечером девятого числа позвали Голицына с сыном Алексеем во дворец.
Когда они поднялись на лестницу, навстречу вышел думный дьяк и прочел им указ, что они лишаются чести боярства, ссылаются с женами и детьми в Каргополь, имение отписывается на государя за то, что, во-первых, они сестре великих государей о всяких делах докладывали мимо великих государей и писали ее с великими государями обще и в книгах и на деньгах обще ж с великими государями ее печатать велели, без указа их великих государей. Во-вторых, был послан в 1689 году в Крымские юрты, князь Василий Голицын, пришед к Перекопу, промыслу никакого не чинил и отступил, каковым нерадением царской казне учинил великие убытки, государству разорение, а людям тягость.
За Голицына шла сильная распря между близкими к Петру людьми. Уничтожение местничества нанесло сильный удар родовому быту; но следствия этого удара еще не могли обозначиться в такое короткое время; все еще были пропитаны понятием о родовом единстве, вследствие которого честь одного члена рода поднимала целый род, а бесчестие одного падало на всех родичей. Вот почему князь Борис Алексеевич хлопотал изо всех сил, чтоб родич его князь Василий не был обвинен в измене, чем запятнался бы весь род Голицыных. Гордон рассказывает за достоверное следующее: после первой пытки и когда грозила вторая, Шакловитый обещал представить царю на письме самое правдивое изложение дела. Сам князь Борис пошел к нему, понес перо и чернила. Шакловитый исписал от восьми до девяти листов бумаги; время было уже за полночь, когда он кончил, царь лег спать, и князь Борис взял бумаги к себе домой, чтоб следующим утром показать царю. Но люди, злобившиеся на князя Бориса за его желание спасти князя Василия от обвинения в измене (т. е. Нарышкин с товарищами), следили зорко за всеми движениями князя Бориса, поспешили донести царю, что князь взял себе признание Шакловитого, верно, для того, чтоб прочесть и вырвать то, что клонилось к вреду князя Василья. Царь посылает к Шакловитому – написал ли он признание? Тот отвечает, что написал и отдал князю Борису. Но один из приятелей успел уже дать знать князю Борису о беде, и тот спешит с бумагами к царю, который встречает его грозным вопросом: зачем не подал бумаг сейчас же? Голицын отвечает, что было уже очень поздно. Петр удовлетворяется ответом и продолжает по-прежнему держать князя Бориса в приближении; но царица Наталья и друзья ее не мирятся с ним.
По прочтении приговора князю Василью Голицыну прочли приговор товарищу его Неплюеву: у него также отнято было окольничество, имение и назначена ссылка в Пустозерск (после в Колу). Вина – жестокие притеснения находившимся в его ведении комарицким солдатам, которых жалобам до сих пор не давали ходу в Москве друзья Неплюева. Змееву велено жить в его костромском имении, Косогов и Украинцев оставлены на прежних местах.
Шакловитого с главными сообщниками осудили на смерть. Сохранилось любопытное известие, что Петр не соглашался на казнь их, и только патриарх уговорил его, и что когда разнеслась весть, что Шакловитого будут казнить без вторичной пытки, то многие из служилых людей собрались в монастырь, «служа великому государю», как они говорили, и били челом, чтоб велено было Шакловитого пытать еще раз: пусть объявит своих соумышленников. Царь выслал сказать им, что он доволен показаниями Шакловитого и что им не пригоже мешаться в это дело.
Одиннадцатого сентября Шакловитый, Петров и Чермный были казнены, пятисотного Муромцева, полковника Рязанцева и стрельца Лаврентьева били кнутом и с урезанием языка сослали в Сибирь. А за Голицына все еще продолжалась борьба. Враги его настояли, что ссылка в Каргополь слишком легкое наказание и что надобно сослать его в Пустозерск; но потом, как видно, князь Борис пересилил, и назначен был Яренск местом ссылки. Настояли, чтоб Голицыным был сделан, по крайней мере, допрос на основании показаний Шакловитого. Их допросили на дороге, в Ярославле, и отец и сын клялись, что не принимали никакого участия в умыслах Шакловитого.