Просьба Мазепы была исполнена: Михайлу Гадяцкого велено взять из Лебединского уезда в Москву; туда же велено выслать князя Юрия Четвертинского с женою и тещею; Леонтия Полуботка отставить от переяславского полковничества.
Но Мазепа этим не удовольствовался относительно Гадяцкого и Полуботка; он писал царям, что после смены Полуботка новый полтавский полковник Лысенко и более ста полтавских жителей били челом на Полуботка во многих обидах, разорениях и ругательствах и что необходимо казнить его за это смертию, иначе народ малороссийский вознегодует на гетмана, старшину и полковников, что таким мучителям потакают. Полуботок, послышав беду, бросился в Москву, но отсюда его снова переслали в Малороссию для суда по войсковому праву. Мазепа дал знать в Москву, что Полуботок, будучи в Киеве, клеветал на него тамошнему воеводе князю Михайле Ромодановскому, что он, Мазепа, хочет изменить, уехать в Польшу, куда посылает войсковую казну, покупает себе имения и переписывается с коронным гетманом. Воеводе сейчас запрос из Москвы, правда ли это? Ромодановский отвечал, что ничего этого Полуботок ему не говорил, говорил только, что Мазепа к нему не добр, ищет ему всякого разорения, и нынешняя беда стала ему от гетмана, а сам-то он хорош! посылает в Польшу к сестре своей чрез монахиню Липлицкую, которая живет у матери его в Киевском девичьем монастыре, много денег и покупал там сестре своей имения, и вообще Полуботок бранил Мазепу всячески. Когда сказка Ромодановского была отправлена к Мазепе, тот отвечал, что он «по своему простодушному незлобию» уже отпустил Полуботка в дом его в Чернигов на житье, причем Полуботок прислал ему письмо со страшными клятвами, что никогда ничего не говорил такого, о чем писал Ромодановский.
Выпроваживая из Малороссии Гадяцкого, Четвертинского, Мазепа в то же самое время хлопотал о переводе в русское подданство человека, который потом оказался злым врагом его и которого имя в народных преданиях тесно соединилось с его именем. Козак Семен Палей, родом из Борзны, вышел сначала на Запорожье, а оттуда с несколькими товарищами вступил в службу королевскую, прибрал себе выходцев из Молдавии и Поднестровья и засел с ними в городе Хвастове. Еще в 1688–1689 годах присылал он к Мазепе с просьбою, чтоб великие государи приняли его со всеми войсковыми и жилыми хвастовскими людьми под свою державу, потому что поляки ищут его смерти. На донесение об этом гетмана из Москвы отвечали, что вследствие договора с Польшею явно нельзя принять Палея, но пусть он со всеми людьми идет сначала в Запорожскую Сечь и, побывши там несколько времени, пусть переходит в малороссийские города. Проведали ли поляки о желании Палея перейти на русскую сторону или по каким другим причинам, только они схватили его и посадили в тюрьму в Немирове, а потом перевели в Каменный городок и держали целую зиму. Пользуясь этим, в Хвастов явились двое ксендзов-униатов и объявили намерение обратить православную церковь, построенную Палеем, в униатскую; но козаки, несмотря на отсутствие полковника, отстояли свою церковь. Весною Палей успел уйти из заключения, пришел в Хвастов и прежде всего начал высылать вон из города ксендзов; те не послушались, твердили, что надобно обратить церковь в униатскую, и стали браниться с Палеем, тот рассердился и, поговоря с козаками, велел отрубить головы ксендзам.
После этого Палей, разумеется, еще усерднее начал просить Мазепу о переводе своем в русское подданство, указывая на запустелый город Триполье в царской стороне, куда бы ему хотелось переселиться со всеми людьми, а на Запорожье нельзя ему идти, потому что у людей его жены, дети и скот, да и полякам жаловаться не на что, потому что валахи, которых он прибрал, люди вольные. Опираясь на это, Мазепа просил государей позволить Палею перейти в Триполье, где он пригодится для обороны Киева и Малороссии. Из Москвы вторично отвечали (в апреле 1690 года), что нельзя принять Палея без нарушения мирного договора, пусть сначала идет на Запорожье. Палей остался в королевской стороне, но не долго пожил в покое.
В 1691 году он ходил промышлять над турками под Белгород (Аккерман); возвращаясь с набега, под Поволочью он встретил польский отряд, высланный хелмским каштеляном Яном Друшкевичем схватить его. Палей пошел на неприятелей; но эти неприятели были русские люди; они не захотели, в угоду поляку, сражаться со своими, убили начальствовавшего ими полковника Апостольца и передались Палею. После этого хвастовский полковник, целуя икону, объявил посланцу Мазепы, что он уже никак не хочет оставаться больше в Польской державе, потому что поляки дали ему себя знать; татары уже трижды присылали к нему звать его на свою сторону; но он, кроме царского величества, никуда не мыслит. Мазепа писал ко Льву Кирилловичу Нарышкину, что Палея надобно монаршескою милостию обнадежить и жалованьем потешить, а он человек явственно рыцарский и воинских людей у него три тысячи. Ему отвечали: Палея не принимать; но, чтобы не отпустить его к татарам, царские величества тайным обычаем посылают ему бархату доброго десять аршин, два сорока соболей по восемьдесят рублей сорок.