Немало сил начали отнимать у империи и ее внешние враги. После взятия Константинополя антивизантийские коалиции стали возникать как грибы после дождя не только на Балканах, но и по всей католической Европе. Даже недавний союзник греков генуэзский подеста Гверчио пытался наладить связи со злейшим врагом империи, сицилийским королем Манфредом, за что разгневанный василевс приказал на три года изгнать всех итальянцев за пределы столицы. Не прекращал своих интриг и эпирский деспот, в 1265 г. номинально признавший сюзеренитет империи. Опасаясь нового крестового похода, Михаил VIII решил пойти на заключение унии с католической церковью. 6 июля 1274 г. посол василевса ко двору папы Григория X Георгий Акрополит на соборе в Лионе прочел католический символ веры — Credo. Фактически эта уния представляла собой просто ряд уступок папству. Патриарх Иосиф I отказался ее утвердить наотрез, большая часть клира поддержала владыку. В ответ император прибег к террору. Наиболее авторитетный богослов той поры хартофилак Иоанн Векк и многие высшие чины государства и церкви, даже родственники государя, были посажены в тюрьмы. Кое-кто, побыв «в камере, согласился изменить свои убеждения. Среди таких «новообращенных» оказался Векк, которого император вскоре возвел на патриаршество.
Настойчивость Михаила VIII в деле насаждения унии в какой-то мере объяснялась и его крайне натянутыми отношениями с православной церковью, оппозицию которой он намеревался сломить с помощью нового веяния. Дело в том, что после взятия Константинополя Палеолог ясно показал, чего стоили все его клятвы в отношении Иоанна IV Ласкариса. После ослепления мальчика-царя возмущенный патриарх Арсений подверг автократора церковному отлучению. В 1265 г. император лишил трона строптивого патриарха, но его преемника Германа большая часть духовенства не признала. Сменивший Германа Иосиф I длительное время отказывался снять наложенную на василевса епитимью, и сделал это лишь после унизительной для монарха процедуры, когда тот ползал на коленях перед патриархом и публично каялся в своих грехах.
Попытку унии со «схизматиками», память о владычестве которых была еще так свежа, византийское общество отвергло практически единогласно. Церковные устремления Михаила VIII поддержала лишь малая часть интеллигенции. Репрессии возбуждали ненависть народа к патриарху Векку и императору — «второму Юлиану». Начались волнения и эмиграция населения из столицы. Католическая церковь, в свою очередь, не выполнила взятых обязательств — в той части, которая касалась прекращения антивизантийской кампании на Западе и раздувания ненависти к греческой империи. В результате к началу 1280-х гг. Михаил VIII сам прекратил попытки насадить «единение». Западное духовенство незамедлительно обвинило императора в провале унии, а папа Мартин IV в 1281 г. отлучил его от церкви — на этот раз католической — и открыто призвал к крестовому походу на Византию.
К тому времени военно-политические мероприятия Палеолога в какой-то мере стабилизировали положение империи. Он сумел отвоевать острова Наксос, Кос, Карист, захватил высоты Пелопоннеса близ Монемвасии, Мистру. В 1278 г. греки выиграли очередную войну с Ангелами и заключили союз с Болгарией. Но антивизантийский союз, включавший Рим, Неаполь и Венецию, возглавленный папой и сицилийским королем Карлом I Анжу, все-таки возник. И хотя уже в 1281 г. войско анжуйского полководца Руссо де Сюлли было выбито из Фракии великим доместиком Михаилом Тарханиотом, ситуация в начале 1280-х гг. сложилась драматическая. Однако умелый политик Михаил VIII сумел обеспечить Византии весьма мощного союзника в лице арагонского короля Педро III. Случившееся 31 марта 1282 г. не без влияния Арагона народное восстание в Южной Италии, известное как «Сицилийская вечерня», которое закончилось избиением и изгнанием анжуйцев, лишило Карла возможности вмешиваться в дела на Балканах.