Откровенно говоря, Андронику II не везло с патриархами, которых при нем сменилось рекордное количество — десять (учитывая интронизовавшихся дважды). После скорой смерти Иосифа престол занял Григорий II Кипрский (1283–1289). Низложенный Векк развернул пропагандистскую кампанию против нового владыки. Так как Иоанн был много образованней Григория, ему удалось обвинить «прожорливого кита, восставшего с берегов Кипра», в невежестве, и тот со стыда оставил кафедру. Новый патриарх Афанасий I (1289–1293 и 1303–1309) оказался чересчур суров. Он выслал в свои епархии всех провинциальных епископов, наслаждавшихся прелестями столичной жизни, потребовал запретить работу в воскресные и праздничные дни мест излюбленных развлечений народа — кабаков и бань. Кроме того, Афанасий не умел закрывать глаза на факты неблагочестивого поведения столичной аристократии и направо и налево раздавал строгие епитимьи. В припадке ярости он даже написал грамоту об отлучении «за разврат» всех (!) жителей Византии от церкви — эту грамоту позже случайно нашли в тайнике храма св. Софии. В конце концов между двором и патриархом назрел конфликт, и главой константинопольской церкви в 1294 г. стал полуграмотный священник Иоанн XII Косьма. В 1303 г. этот малозначительный патриарх умер, на престол до 1309 г. возвратился не изменивший своих убеждений Афанасий. Полной противоположностью ему оказался Нифонт (1310–1314), человек не только совершенно необразованный (не умел своей рукою написать даже букв азбуки), но вдобавок алчный, женолюб и горький пьяница. Терпение василевса лопнуло, когда ему донесли, что патриарх ворует церковное добро — влекомый ненасытной жадностью, высший иерарх православия сдирал с икон драгоценные оклады и продавал их. За такие «художества» Нифонта с позором изгнали, но его преемник — культурный, образованный и спокойный Иоанн XIII Глика (бывший прежде логофетом дрома) скончался всего через четыре года; полуглухой от старости Герасим I (1318–1321) и Исайя (1323–1332) прославили себя исключительно своими интригами в пользу врагов императора.
Андроник II находил гораздо больше прелести в занятиях литературой и музыкой, нежели в грохоте сражений, а высшие государственные посты при нем занимали люди сугубо гражданские — например, астроном и физик Никифор Хумн и философ Феодор Метохит. Делами армии заведовал воинственный сын и соправитель автократора Михаил IX Палеолог. Современники отмечали телесную красоту, величественность и несомненную одаренность Андроника II. Он покровительствовал наукам, открыл в Константинополе «Царскую школу» — подобие университета, при его дворе в чести были просвещенные люди.
В 1297 г. византийцы заняли Диррахий, и это стало их последним военным успехом при Андронике Старшем. Около 1300 г. он вмешался в конфликт между Венецией и Генуей на стороне последней. Генуэзцы потерпели поражение, и Палеологу пришлось уплатить значительную контрибуцию венецианцам. В начале XIV столетия у империи появился еще один грозный западный враг — король Франции Филипп IV Красивый. Французский монарх замыслил организовать новый крестовый поход против Византии, и, хотя дальше планов не пошло, послушный его воле папа Климент V в 1307 г. отлучил Андроника от церкви.
Как и отец, Андроник II поддерживал мир с монголами. Его дочь Мария стала женой хана Тохты.
Слабая и плохо обеспеченная (опрометчиво полагая, что лучше будет сберечь казну, Андроник II уменьшил содержание морских и сухопутных вооруженных сил до минимума), византийская армия оказалась не в состоянии справиться с набегами турок и сербов. Император решил нанять крупный воинский контингент за рубежом, посчитав, что наемники обойдутся дешевле организации своих войск. По всей Европе тогда гремела слава о каталонской тяжелой пехоте, альмугаварах, чьи спаянные суровой дисциплиной отряды обладали высокими боевыми качествами. К ним и обратился император, пообещав за услуги высокую плату. В 1303 г. рать каталонцев во главе с кондотьером Рожером де Флор прибыла в Константинополь. Переправившись в Малую Азию, каталонцы в нескольких сражениях уничтожили огромные силы турок, и обескровленные полчища мусульман отхлынули на восток. Однако скупой платит дважды — вовсю громя «османов», Рожер де Флор стал буквально терроризировать императора требованиями денег и земель. Каталонцы же фактически организовали свое самостоятельное государство на малоазиатских землях империи, не проявляли ни малейшего намерения подчиняться ее властям и творили всяческие насилия над греками. После убийства неистового вымогателя де Флора (см. «Михаил IX»), по словам Григоры в деле грабежа превосходившего самых знаменитых разбойников, между каталонцами и ромеями вспыхнула война. Несмотря на то, что альмугаваров было немногим более трех тысяч, они разорили европейское побережье Пропонтиды и на этом не успокоились. Наняв в помощь турок, каталонцы перебрались во Фракию и в короткий срок опустошили ее так, что там не осталось не только земледельцев, но и плодовых деревьев. Покинув пределы Византии около 1308 г., разбойники направились в Среднюю Грецию и обосновались на землях Афинского герцогства. Измученная этой глупой войной, Византия не смогла спасти Родос, захваченный в 1310 г. рыцарями-иоаннитами, и Брусу, отнятую турками.