Заключенная «дефенсором церкви» без согласия последней уния умерла, по сути дела, сразу после рождения. Не желая неприятностей, Палеолог по возвращении отрекся от своего перехода в католичество. В отличие от Лионской унии, акт 1369 г. не вызвал в Константинополе бурной реакции, к действиям государя там отнеслись равнодушно: во-первых, потому что он, несмотря на прозападные симпатии, в общем был достаточно лоялен к православию, а во-вторых, возможно, по причине вмешательства Иоасафа, который, будучи «в дружеских отношениях как с Иоанном V, так и с непоколебимым приверженцем православия патриархом Филофеем, способствовал тому, что этот эпизод предали забвению» (Мейендорф, [182, с. 211]).
26 сентября 1371 г. при Черномене турки разбили ополчение сербского деспота Ивана Углеша. Османская держава набирала силу, и наконец весной 1373 г. Иоанн V признал себя вассалом султана Мурада I. Титул «автократор ромеев» отныне стал фикцией даже юридически — какой же самодержец дает вассальную присягу чужеземцу! Василевсу пришлось теперь вместе со своим войском принимать участие в походах султана. В Малой Азии под властью империи оставались лишь отдельные города, которые турки по мере надобности захватывали.
С 1376 по 1379 г. Иоанн V, свергнутый сыном (см. «Андроник IV”), томился в заключении.
15 июня 1389 г. в кровавой битве на Косовом поле погибло войско сербского князя Лазаря. Перед боем серб Милош Обилич под видом перебежчика проник в ставку султана и зарезал Мурада I. Однако христиан это не спасло — сражение возглавил и выиграл наследник турецкого престола, ставший в тот день султаном — Баязид I. Новый повелитель османов был талантливым воином и носил прозвище Йиллырдым — Молниеносный. Баязид вообще перестал церемониться с ромеями, и в 1390 г. наследник трона Юстиниана и Василия Болгаробойцы Мануил Палеолог вынужден был вместе с султаном штурмовать последний византийский город в Малой Азии — Филадельфию.
В конце 1390 г. император приказал возвести у Золотых ворот столицы новые укрепления, употребив на них мрамор обветшавших церквей города. По окончании работ Баязид, грозя войной, потребовал их срыть. Палеолог подчинился распоряжению сюзерена, но не вынес такого унижения и, по свидетельству историков, от нервного потрясения умер 16 февраля 1391 г.
При Иоанне V начал свою деятельность в Мистре неоплатоник Георгий Гемист Плифон (ум. в 1452), последний крупный философ Византии. С него и дипломата Мануила Хрисолора, отправившегося в начале 90-х гг. XIV столетия на Запад, началась активная передача туда сокровищ греческой философской мысли.
Андроник IV Палеолог
До 1371 г. Андроник, старший сын Иоанна V (род. 11 апреля 1348 г.), считался наследником престола. После истории с отказом Андроника выплатить венецианцам деньги за отца обиженный император лишил его прав на трон и передал их второму сыну Мануилу. В 1373 г., когда Иоанн V находился вместе со своим сюзереном Мурадом I в Малой Азии, Андроник и сын султана, Санджи, сговорились и подняли мятежи против отцов. Мурад подавил восстание, своего сына он ослепил и посоветовал сделать то же самое с Андроником и его сыном (будущим императором Иоанном VII). Однако Иоанн V не последовал такому совету (Палеологи всегда старались не быть жестокими по отношению к родственникам) и, рискуя навлечь на себя гнев султана, распорядился произвести ослепление не до конца (когда раскаленный металлический прут — орудие казни — держали перед глазами ослепляемого непродолжительное время, зрение ухудшалось, но совсем не исчезало). Андроник потерял один глаз, а вскоре бежал из заключения и укрылся в Галате.
Летом 1376 г. он выпросил помощи у генуэзцев и обратился с такой же просьбой к Мураду I. «Хороший момент для меня!» — обрадовался султан и дал мятежнику десять тысяч воинов. 12 августа после недолгой осады Константинополь был взят, отца и брата Мануила узурпатор посадил в темницу. За предоставленных наемников Андроник IV вернул под власть османов города на полуострове Галлиполи, захваченные в свое время Амадеем Савойским.
В 1379 г. Иоанн V и Мануил Палеологи сумели бежать к тому же Мураду I. На этот раз султан выделил войска против Андроника. 1 июля 1379 г. солдаты Иоанна и Мануила ворвались в Константинополь. Андроник не сдавался, целый месяц в городе шли бои. 28 июля законные императоры предприняли первую попытку штурма Влахернского дворца, 4 августа дворец пал.