Несмотря на то что новая власть была поглощена решением запутанных проблем законодательства, она не могла оставаться в стороне и от различных течений богословской мысли. Аббасиды помнили, что теологические распри на излете Омейядского халифата привели к незамедлительным политическим последствиям. Они не забыли наставления проповедника Хасана аль-Басри, написавшего омейядскому халифу Абд аль-Малику послание, в котором он отстаивал «кадаритское» положение, согласно которому верующий нес полную ответственность за совершенные поступки. Этот тезис, перенесенный в политическую плоскость, ставил под сомнение авторитет правителя, по отношению к которому более не требовалось проявлять безусловное послушание. В то же время хорошо известно, что Хасан аль-Басри не одобрял восстания, предпочитая повторять, что следует терпеливо переносить бесчинства тиранов, смотря на них как на наказание, ниспосланное Богом.
В вопросе о реальной власти халифа столкнулись два положения. Первое: «Нет послушания творениям в ослушании Творца!», из чего следовала возможность неподчинения имаму, что могло привести к анархии. Второе: «Нужно подчиняться имаму, не задумываясь о том, насколько его приказы соответствуют Божественной воле». Ибн аль-Мукаффа предложил нечто среднее: «Утверждая, что не стоит подчиняться имаму, если он не подчиняется Господу, мы посягаем на Божественные прерогативы и правовые санкции, над которыми Бог никому не давал власти». Таким образом, Ибн аль-Мукаффа изящно разграничил веру и разум. В первом случае халиф не имел никакой власти над постановлениями, принятыми в соответствии с исламским правом; во втором случае он принимал те решения, что считал верными. Аль-Мукаффа был казнен по невыясненным причинам в годы правления аль-Мансура в возрасте 36 лет — к тому времени Аббасиды находились у власти около восьми лет.
В тот же период происходит формирование мутазилизма — течения рационалистического толка. После смерти Харуна ар-Рашида оно начинает играть важную роль в аббасидском государстве. На бывших византийских и сасанидских территориях мусульмане столкнулись с бурно развивающимися спекулятивными религиозно-философскими практиками. Например, сириец Иоанн Дамаскин (675–753) подверг критике ислам в трактате «О ересях», в котором изобличает всевозможные «еретические» учения, понимая под этим не только течения, отклоняющиеся от христианской догмы, но также иные религии (в первых книгах он пишет об эллинизме, язычестве и иудаизме), — правда, ислам оказался на последнем, 100-м месте в его списке. Впоследствии Феодор Абу Курра (740–825) написал на арабском языке несколько трактатов в защиту христианской доктрины. В Ктесифоне и Багдаде несторианский патриарх Тимофей (780–823) свободно отвечал на вопросы аль-Махди о Троице и Божественной природе Христа. Весьма вероятно, что дискурсивные практики такого рода оказали влияние на некоторых мусульман.
Вместе с тем с середины VIII в. на арабский язык переводили трактаты по логике и астрономии, в том числе и сочинение александрийского ученого II в. Птолемея под названием «Альмагест». Светская культура времен золотого века Аббасидской династии также черпала вдохновение в работах, переведенных иранцами с языка пехлеви, например в художественных произведениях, переложенных Ибн аль-Мукаффой, или в части аристотелевского «Органона» в изложении его сына. Однако следует отметить, что иранский элемент был более ощутим в светской культуре, в то время как идеалистические богословско-политические теории находились под влиянием христиан.
Новые интеллектуальные веяния зрели в аббасидскую эпоху и получили широкое распространение после 946 г. с приходом к власти аль-Мути. Все происходило так, будто мусульмане решили, что они в достаточной степени усвоили «чужеземное знание». Диспуты, которые устраивали при дворе визири из рода Бармакидов, между людьми разного положения, представлявшими разные философские течения, дошли до нас в изложении хронистов и литераторов. Прения касались самых разных тем: от философии и теологии до политики. Степень свободы выражения собственных мыслей участниками диспутов зависела от открытости, мудрости и образованности халифа.
Первые мутазилиты находились в оппозиции к омейядскому режиму. Когда к власти пришли Аббасиды, они перешли на их сторону. Со времен правления Харуна ар-Рашида учение становилось все более ясным благодаря целой череде выдающихся представителей этой школы, каким, например, был прославленный ан-Наззам (ум. 835). Теология была основана на пяти принципах, систематизированных апостериори. Их собрали на основе разнообразных философских теорий, которые различались в разных мутазилитских школах. Эти принципы дошли до нас преимущественно из текстов аль-Ашари (X в.), со временем отошедшего от мутазилизма, и касались главным образом утверждения единственности и единства Аллаха («таухид») и Божественной справедливости. Признавая роль разума в осмыслении Божественного откровения, мутазилизм ограничивал свободу Божественной воли, подчинив ее правилам справедливости, которые можно постигнуть рациональным образом. Мутазилиты были поборниками диспутов и аргументированной полемики, но всегда оставались верными защитниками ислама. Современные историки усмотрели в этом проявление «рационализма», характерное для ислама как цивилизации, который якобы избавляет ислам как религию от всяческих исканий и критики. На самом деле мутазилиты были глубоко верующими людьми и убежденными защитниками ислама, а их вполне традиционная апологетика обращалась к новому инструменту, заимствованному из интеллектуальных течений, распространенных на покоренных территориях. Главной задачей мутазилитов была борьба с манихейством и христианством, как, впрочем, и с любыми другими верованиями, представители которых осмеливались критиковать ислам.