Религия отступала перед политическими задачами.
Эту линию можно увидеть и в его выступлении на открытии Государственной думы: «Но ранее этого, правительство должно было остановиться на своих отношениях к Православной Церкви и твердо установить, что многовековая связь русского государства с христианской церковью обязывает его положить в основу всех законов о свободе совести начала государства христианского, в котором Православная Церковь, как господствующая, пользуется данью особого уважения и особою со стороны государства охраною. Оберегая права и преимущества Православной Церкви, власть тем самым призвана оберегать полную свободу ее внутреннего управления и устройства и идти навстречу всем ее начинаниям, находящимся в соответствии с общими законами государства. Государство же и в пределах новых положений не может отойти от заветов истории, напоминающей нам, что во все времена и во всех делах своих русский народ одушевляется именем Православия, с которым неразрывно связаны слава и могущество родной земли. Вместе с тем права и преимущества Православной Церкви не могут и не должны нарушать прав других исповеданий и вероучений. Поэтому, с целью проведения в жизнь Высочайше дарованных узаконений об укреплении начал веротерпимости и свободы совести, министерство вносит в Государственную думу и Совет ряд законопроектов, определяющих переход из одного вероисповедания в другое; беспрепятственное богомоление, сооружение молитвенных зданий, образование религиозных общин, отмену связанных исключительно с исповеданием ограничений и т. п.»
В этом фрагменте видно, что перед Столыпиным стояла крайне сложная задача, с одной стороны, снять всяческие ограничения с различных конфессий, а с другой, сохранить ведущее положение Русской православной церкви. Как уже отмечалось ранее, Петр Аркадьевич в свои планах модернизации России не считал правильным разрушать вековые культурные устои российской культуры, которая тесным образом была связана именно с православием. Таким образом, необходимо было создать условия, где все конфессии были бы равны, но православие было бы ровнее. Правда, ведущее положение православия должно закрепляться не на уровне закона, а скорее на уровне традиции и той роли которую церковь должна играть в обществе.
Во Вторую Государственную думу правительство Столыпина внесло сразу несколько законопроектов, связанных со свободой совести. Важно подчеркнуть, что когда П. А. Столыпин в феврале 1907 года представил данные законопроекты на обсуждение в Совет Министров, то его члены посчитали, что их принятие может поколебать основы общества и следовательно принятие законов нежелательным. Это показывает, что Столыпину приходилось преодолевать сопротивление не только радикально настроенных политиков в Думе, но и консервативно настроенных имперских бюрократов. Поэтому факт, что Столыпин продолжил шаги по принятию этих документов, вопреки мнению многих своих коллег, показывает, что он придавал им большое значение. Но досрочный роспуск Второй Государственной думы и складывание третьиюньской политической системы отодвинуло на второй план решение множества вопросов.
Ориентация правительства и значительной части Думы на национализм определяла политические векторы внутри нового парламента. Для формирования коалиций необходимо было согласовать позиции различных групп по национальному и религиозному вопросу. Поскольку у разных фракций были различные взгляды, это требовало множества уступок и компромиссов. 22 мая 1909 года в Третьей Государственной думе состоялось выступление П. А. Столыпина с речью о вероисповедных законах2. В своем выступлении он отметил, что предложенные законопроекты породили массу сочинений и стали предметом горячих дискуссий. Свою задачу Столыпин видел в том, чтобы изложить перед депутатами точку зрения правительства. Поэтому речь от 22 мая 1909 года можно считать программным документом в области вероисповедной политики П. А. Столыпина. Он напомнил, что в начале XX века был принят ряд важных документов: Указ 12 декабря 1904 г., Указ 17 апреля 1905 г. и Указ 17 октября 1905 г. При этом остается еще значительное количество действующих законов, которые необходимо изменить и привести в соответствие с принятыми принципами. По мнению П. А. Столыпина, необходимо сделать декларативные принципы по— настоящему работающими. Петр Аркадьевич подчеркивал, что правительство выступает за то, чтобы отменить многие требования к религиозным группам, например, на получение разрешения властей для проведения богослужений. При этом власти отстаивают позицию преимущества Русской православной церкви. Поэтому решение вероисповедных вопросов не может рассматриваться только в рамках гражданского права. Необходимо учитывать и церковные отношения. По его мнению, отказ властей поддерживать православие, как требовали некоторые политические силы, привел бы к недоверию между церковью и государством. Церковь в таком случае должна была бы самостоятельно наделять себя полномочиями, что таит в себя значительную опасность. В своей речи П. А. Столыпин озвучил вариант решения поднятых проблем: «этот законный путь я уже указывал и повторяю: заключается он в том, что государство, не вмешиваясь ни в канонические, ни в догматические вопросы, не стесняя самостоятельности церкви в церковном законодательстве, оставляет за собою и право, и обязанность определять политические, имущественные, гражданские и общеуголовные нормы, вытекающие из вероисповедного состояния граждан. Но и в последнем вопросе правительство должно прилагать все усилия для того, чтобы согласовать интересы вероисповедной свободы и общегосударственные интересы с интересами господствующей первенствующей церкви, и с этой целью должно входить с нею по этим вопросам в предварительные сношения»