При этом Столыпин выступал против карательных мер, по его мнению, главным инструментом воздействия должно быть нравственное воздействие, а не законодательные запреты. Поддерживая принципы свободы совести, П. А. Столыпин подчеркивал, что он должен согласовываться и не противоречить народному духу и традициям, которые существуют в обществе. То есть опасно исходить исключительно из абстрактных теорий, необходимо соотносить идеи с жизненными обстоятельствами. Поэтому все реформы должны исходить из того, что нельзя наносить урон основам государства и народной душе, которая объединяет миллионы русских людей. Закончил свою речь П. А. Столыпин весьма эмоциональным высказыванием: «Господа, наша задача состоит не в том, чтобы приспособить православие к отвлеченной теории свободы совести, а в том, чтобы зажечь светоч вероисповедной свободы совести в пределах нашего русского православного государства. Не отягощайте же, господа, наш законопроект чуждым, непонятным народу привеском. Помните, что вероисповедный закон будет действовать в русском государстве и что утверждать его будет русский царь, который для с лишком ста миллионов людей был, есть и будет Царь Православный». Таким образом, в этой речи проявляется тот принцип, которым Столыпин руководствовался, проводя свою политику, — это модернизация страны при сохранении ее уникальности. Петр Аркадьевич искал и находил компромиссы как с политическими силами в Думе, так и между теорией и практикой.
Выступление премьер-министра не могло не спровоцировать жаркую дискуссию среди депутатов. Пожалуй, именно компромиссный характер позиции Столыпина и не устраивал как правых, так и левых депутатов. Вместо того, чтобы разрубить гордиев узел конфессиональных противоречий, премьер-министр стремился сохранить неопределённость, поскольку она помогала решать многие проблемы. Но такая позиция правительства не устраивала многих депутатов. Ситуация в Думе показала, что поиск компромисса со стороны П. А. Столыпина привел к дальнейшей поляризации депутатов. Вопрос вероисповедания оказался настолько чувствительным и принципиальным, что и левые, и правые старались отстоять исключительно свою позицию.
Помимо конфликтов в Думе оппозицию реформам Столыпину составлял и Государственный совет, в котором преобладали ретроградные взгляды. То есть для Думы правительство Столыпина было излишне консервативно, а для Государственного совета излишне либеральным. По мнению верхней палаты парламента, для проведения вероисповедных реформ необходимо было заручиться одобрением церкви. Почти все решения, которые были приняты в ходе дискуссии в Думе, встретили резкую критику Государственного совета. Так, предлагалось исключить возможность всяческой пропаганды со стороны старообрядчества. По сути, сомнению подвергались даже положения императорских манифестов 1905 года.
Ну, вот, господа. Снова мы видим совершенно непостижимую для тех, кто учился по советскому учебнику истории. Не правительство и не Государь — а именно Дума торпедирует так нужный стране закон, проявляя нетерпимость, одержимость и неготовность к компромиссам. Хотя… и до сих пор ведь есть проблема — правительство воспринимает Думу как «не место для дискуссий», а оппозиция — как площадку не для отправления власти, а для захвата власти.