Торговые ряды окутались дымом. Слабый утренний ветерок, дувший с моря, не успевал рассеивать дым. Стрелки перешли на беглый огонь по месту колонны и по воротам, практически не целясь. Тех редких бойцов бея, кто сквозь дым добегал до торговых рядов в упор расстреливали лучники. А самых рьяных брали на острия мечей мечники.
Лишь треть воинов бея смогли вернуться в цитадель. Когда дым рассеялся, бей увидел, что вся площадь перед торговыми рядами завалена его убитыми воинами. Брусчатка площади стала красной от крови. Лишь немногие раненые с воплями о помощи ползли к воротам. Но, бей приказал закрыть ворота. Командира гарнизона Гурама-заде среди вернувшихся воинов не оказалось. Бей взял командование войсками на себя.
Ополченцы, увидев из мечети и дворца разгром гарнизона на площади, быстро рассеялись по своим домам. Второй отряд русов, подошедший со стороны северных ворот, полностью блокировал цитадель. Бею осталось только ждать, пока русы насытятся грабежом и уйдут из города. Однако, на улицах города, видимых с высокого донжона, ничего похожего на грабежи пока не наблюдалось. Отряды русов передвигались по городу, вылавливая вооруженных солдат и стражников. Другие отряды продвигались по стенам, уничтожая всех, кто сопротивлялся. В заливе бей заметил четыре больших двухмачтовых корабля и один огромный трехмачтовый, быстро приближавшихся к городу.
Через полчаса эти корабли подошли к берегу и пришвартовались к причалам. С них на берег снова сходили воины. Кроме того, с кораблей на причалы сгрузили четыре больших повозки, которые сразу двинулись в город через морские ворота. Судя по тому, что видел бей, западные ворота тоже были захвачены, все стены города уже перешли под контроль русов. На прежние налеты русов, о которых бею было известно из летописей, происходящее совсем не походило. Никто не грабил дома, никто не волочил награбленное добро к ладьям. Из западных и северных ворот вышли отряды русов и направились в посады.
Это по приказу Рязанскогорота местной пехоты начала очистку посадов от вооруженных стражников.
Морпехи 2-ой роты заняли оборону на внешних стенах, 3-я рота начала тщательный обыск города внутри стен, с целью изъятия оружия и превентивного ареста местного начальства. А 1-я рота, прибывшая на пароходах, блокировала цитадель и готовилась к её штурму. Главную роль в штурме предоставлялась батарее полевых орудий поручика Киселева.
К полудню пушки были доставлены к цитадели и заняли позицию напротив ворот. Прибывший на Драчуне Скобелев направил к воротам парламентера с переводчиком под белым флагом. Назначенный парламентером штабс-капитан Алферов вызвал к воротам бея. Бей за ворота выходить не стал и вел переговоры с воротной башни.
Алферов через переводчика подтвердил бею, что они являются русами, совершенно не желая объяснять бею все подробности, и предложил сдаться, обещая выпустить гарнизон из города вместе сбеем и другими начальниками, но, без оружия. Тут только до бея дошло, что на этот раз речь идет не о грабительском набеге, а о захвате города русами. Сабир-заде отказался сдаваться, пронимая, что Ширваншах неизбежно казнит его за сдачу города. За крепкими стенами цитадели он надеялся отсидеться до тех пор, пока войска шаха не выбьют наглых русов из города.
Алферов дал бею четверть часа на размышления. Поскольку через оговоренное время в крепости не спустили знамя Ширвана и не подняли белый флаг, Скобелев ввел в дело полевую артиллерию. Батарея Киселева тремя залпами вынесла створки ворот и обрушила арку над ними. Образовался широкий пролом. Обломки арки частично завалили ров. После этого Скобелев снова послал парламентера. Бей, однако, упорствовал и снова отказался сдаваться. Тогда Алферов предложил бею подняться на верхнюю площадку донжона, обещая продемонстрировать силу самого мощного оружия русов, с тем, чтобы бей убедился в бесполезности сопротивления. Поскольку, разбитые артиллерией ворота впечатлили бея, он послушался.
На этот раз громыхнули двечетырехдюймовки с борта Драчуна. Дистанция выстрела составляла всего 500 метров. Тремя выстрелами пушки разворотили всю верхушку донжона. Обломки донжона разлетелись по всему двору цитадели.Бей погиб вместе со всеми, кто находился на верхней площадке донжона.
Гарнизон Баку спустил флаг Ширвана и сдался без всяких условий. Солдат шаха разоружили и заперли в казематах цитадели.