В соответствии со ст. 385.1 НК РФ резиденты ОЭЗ в Калининградской области уплачивают налог на имущество организаций в отношении всего имущества, являющегося объектом обложения данным налогом, за исключением имущества, созданного или приобретенного при реализации инвестиционного проекта в соответствии с Федеральным законом об Особой экономической зоне в Калининградской области.
Резиденты ОЭЗ исчисляют сумму налога на имущество организаций в отношении имущества, созданного или приобретенного при реализации инвестиционного проекта в соответствии с Федеральным законом об Особой экономической зоне в Калининградской области, отдельно (в настоящее время – Федеральный закон от 10.01.2006 № 16-ФЗ «Об Особой экономической зоне в Калининградской области и о внесении изменений в некоторые законодательные акты Российской Федерации», далее – Федеральный закон об ОЭЗ в Калининградской области).
Для резидентов в течение первых шести календарных лет начиная со дня включения юридического лица в Единый реестр резидентов ОЭЗ в Калининградской области налоговая ставка по налогу на имущество организаций в отношении имущества, созданного или приобретенного при реализации инвестиционного проекта в соответствии с Федеральным законом об ОЭЗ в Калининградской области, устанавливается в размере 0 %.
В период с седьмого по двенадцатый календарные годы включительно со дня включения юридического лица в Единый реестр резидентов ОЭЗ в Калининградской области налоговая ставка по налогу на имущество организаций в отношении имущества, созданного или приобретенного при реализации инвестиционного проекта в соответствии с Федеральным законом об ОЭЗ в Калининградской области, составляет величину, установленную законом Калининградской области и уменьшенную на 50 % .
Особый порядок уплаты налога на имущество организаций не распространяется на ту часть стоимости имущества (созданного или приобретенного при реализации инвестиционного проекта в соответствии с Федеральным законом об ОЭЗ в Калининградской области), которая использована для производства товаров (работ, услуг), на которые не может быть направлен инвестиционный проект.
При этом доля стоимости имущества, которая использована для производства товаров (работ, услуг), на которые не может быть направлен инвестиционный проект, считается равной доле дохода от реализации таких товаров (работ, услуг) в суммарном объеме всех доходов резидента.
Разница между суммой налога на имущество организаций в отношении налоговой базы по налогу на имущество организаций (созданное или приобретенное при реализации инвестиционного проекта в соответствии с Федеральным законом об ОЭЗ в Калининградской области), которая была бы исчислена резидентом при неиспользовании особого порядка уплаты налога на имущество организаций, и суммой налога на имущество организаций, исчисляемой резидентом в отношении налога на имущество организаций, созданное или приобретенное при реализации инвестиционного проекта в соответствии с Федеральным законом об ОЭЗ в Калининградской области, не включается в налоговую базу по налогу на прибыль организаций для резидентов .
Начиная с 1 января 2008 года в соответствии с изменениями, внесенными в ст. 385.1 НК РФ Законом № 216-ФЗ, в случае исключения резидента из Единого реестра резидентов ОЭЗ в Калининградской области до получения им свидетельства о выполнении условий инвестиционной декларации резидент считается утратившим право на применение особого порядка уплаты налога на имущество организаций, установленного настоящей статьей Кодекса, с начала того квартала, в котором он был исключен из Единого реестра резидентов ОЭЗ.
В этом случае резидент обязан исчислить сумму налога в отношении имущества, созданного или приобретенного им при реализации инвестиционного проекта в соответствии с Федеральным законом об ОЭЗ в Калининградской области, по обычной налоговой ставке налога на имущество организаций.
Исчисление суммы налога на имущество организаций производится за период применения особого порядка налогообложения.
Исчисленная сумма налога на имущество организаций подлежит уплате резидентом ОЭЗ по истечении отчетного или налогового периода, в котором он был исключен из Единого реестра резидентов ОЭЗ в Калининградской области, не позднее сроков, установленных для уплаты авансовых платежей по этому налогу за отчетный период или налога за налоговый период.
При проведении выездной налоговой проверки резидента, исключенного из Единого реестра резидентов ОЭЗ в Калининградской области, в части правильности исчисления и полноты уплаты суммы налога в отношении имущества, созданного или приобретенного им при реализации инвестиционного проекта, установленные ограничения не действуют при условии, что решение о назначении такой проверки вынесено не позднее чем в течение трех месяцев с момента уплаты резидентом вышеуказанной суммы налога на имущество организаций.