Обычно после появления провируса в клетке он быстро «пробуждается», активируется и начинает направлять синтез различных вирусных компонентов. Но у определенного процента клеток провирус долгое время остается неактивным, пока клетка-хозяин не будет активирована соответствующими сигналами от иммунной системы. Такие латентные инфицированные клетки служат в качестве еще одного долговременного резервуара инфекции, который оказывается защищенным как от иммунной системы, так и от действия антивирусных препаратов.
В процессе активации провируса участвует множество разнообразных факторов. Наиболее известные из них — общее состояние иммунной системы до заражения ВИЧ, возраст, генетические особенности организма, образ жизни, а также другие вирусы, которые успели проникнуть в организм еще до появления в нем ВИЧ. Активирующими факторами могут выступать различные белки самой клетки, которые, продолжая выполнять свои основные функции в клетке, одновременно, сами того не понимая, «будят» притаившегося в них зверя. Эти белки носят различное название (антигены, цитокины, факторы транскрипции, трансактиваторы и др.), и в норме они участвуют в регуляции работы собственных генов, определяющих правильное функционирование клетки, ее размножение и гибель. Да, да, и гибель! Дело в том, что гибель клеток также часто запрограммирована в нашем геноме. Такая запрограммированная смерть получила красивое название — апоптоз. При этом клетка гибнет не от руки какого-нибудь постороннего убийцы, а сама приносит себя в жертву во имя блага всего организма. Как это ни странно, апоптоз не менее необходим клетке, чем ее деление и рост. Так, он является причиной того, что в крови в норме происходит ежедневно гибель многих миллионов клеток: эритроцитов, лейкоцитов, тромбоцитов и др. Они свое отработали в организме, и на их место приходят новые клетки, которые образуются в специальных кроветворных органах: костном мозге, селезенке, тимусе. В результате четкого баланса между гибелью старых и образованием новых клеток содержание и соотношение разных клеток крови сохраняется строго постоянным. Существуют специальные белки, которые как способствуют, так и препятствуют процессу апоптоза. Эти белки подобны членам судейской коллегии. Они могут либо одобрить смертный приговор, либо его отменить или приостановить исполнение. Некоторые из этих белков — «ястребы» — обычно «голосуют» за смертный приговор. Другие — «голуби» — за помилование. В ряде случаев решение принимается простым большинством голосов. Вмешательство ВИЧ приводит к существенному нарушению сложившегося баланса.
Когда провирус активизировался, начинается процесс считывания (транскрипции) вирусного генома. Процесс транскрипции лжепрограммы-провируса протекает в тысячу раз быстрее, чем у нормальных клеточных генов. Затем на вирусных РНК быстро синтезируется огромное количество вирусных белков. Одно из коварств вируса состоит в том, что он не просто налаживает синтез собственных белков, но еще и влияет на работу генов клетки-хозяина. В результате меняется нормальный спектр белков в клетке: формируются белки, которые способствуют развитию вируса, а сама клетка при этом остается на «голодном пайке». Так вирус привлекает все резервы клетки для решения своих эгоистичных задач. На мембране инфицированной клетки из поступающих туда вирусных РНК и белков начинают собираться новые вирусные частицы. По мере созревания эти частицы «отпочковываются» от клетки, а образовавшиеся «зрелые» вирусы инфицируют новые клетки. Сборка вирусных частиц и выход нового потомства вируса из инфицированной клетки — исключительно важный этап развития заболевания.
Отличительной чертой ВИЧ является взрывной характер процессов активации транскрипции, синтеза белков-предшественников, сборки вирионов и их почкования: за сутки в одном лимфоците может образоваться до тысячи вирусных частиц, а всего в организме ежедневно возникает по крайней мере 1010 новых вирионов (взрослых инфекционных вирусов).
Чем больше становится вирусов, тем большее число С4-лимфоцитов поражается и погибает. Время полужизни таких лимфоцитов составляет всего 1,6 дней (т. е. за такой срок погибает половина инфицированных клеток). Организму приходится все больше и больше сил тратить на борьбу с инфекцией. Это напоминает затяжную позиционную войну, когда противники стараются измотать друг друга. В возникающем противостоянии больше шансов у вируса. У каждого организма есть свои ресурсы и свой потенциал, но они не бесконечны. Через некоторое время организм исчерпывает ресурсы, и вирус встречает все меньше и меньше сопротивления. Число Т-хелперов — ключевых клеток иммунной системы — уменьшается настолько сильно, что вся иммунная система перестает практически работать. Ситуация эта в целом сходна с той, которая возникает при заражении «вирусом» компьютера. Маленькая лжепрограмма способна довольно быстро полностью испортить всю огромную информацию, содержащуюся в мощном компьютере.