Категории вайшешики являются несовершенными, какой бы точки зрения мы ни придерживались. Если мы берем их как различия, которые имеют значение в плане обычной жизни, то мы можем указать на некоторые различия в обычном употреблении, которых мы не находим в перечне категорий, например восприятие ценностей и целей. Если мы берем их как философскую интерпретацию опыта, тогда все разнообразие и изменяемость мира можно свести к одной концепции. Определенные души и мир природы являются приспособленными друг к другу аспектами продолжающегося движения вперед. Точка зрения вайшешики, что душа является оборотной стороной действительности, между которой и материей имеется большое различие, является основательной.
Если всю природу объекта-опыта можно приписать пракрити, которая является вечным нарастанием событий, то где же в этой схеме место душе? Это составляет проблему теории познания, и мы уже видели, что принятая вайшешикой теория ньяйи о том, что индивидуальная душа имеет пассивный разум, в который, как в пустое вместилище, внешний мир вносит идеи своей природы, является неподходящей. Учение о неодушевленных объектах определяет все философское поведение вайшешики. Тень материализма омрачает фон, и души рассматриваются как субстанции той же природы, что и атомы, не имеющие в себе разума
Атомы и души, пространство и время являются простыми звуками и символами, не имеющими значения отдельно от опыта. Вайшешика использует их как манекены, на которые она могла бы развешивать свои теории. Как мы уже видели в нашей критике ньяйи, и психологические, и физические порядки вещей коренятся в универсальном сознании, которое нельзя смешивать с психологическим сознанием. Этим подчеркивается разница между субъектом и объектом. До тех пор пока вайшешика не примет эту точку зрения, она не получит объяснения генетического порядка, объективной действительности и постоянно меняющегося характера космической эволюции с ее частями: растениями, животными, людьми. Ссылка на адришту сомнительна, а бог не может занять место адришты, пока он не превратится в абсолютное сознание. Если единичность субстанции совместима с разнообразием ее состояний, тогда не предвидится особой трудности на пути нашего рассмотрения вопроса о богатстве разнообразного существования в мире, рассматриваемого как качественные аспекты фундаментального бытия. Недостаток вайшешики состоит в том, что она свои результаты не сводит в единое целое, в одну последовательную, ясную структуру. Она не является философией в том смысле, которое выражается известным изречением "Republic", что истинным диалектиком и философом является тот, кто вещи видит взятыми вместе. Каталог вопросов не составляет систематической философии. Вайшешика игнорирует многосторонний контекст человеческой жизни, а ее физическая философия, моральные и религиозные ценности не становятся общей системой истолкования. Атомистический плюрализм не является окончательным ответом на интеллектуальные запросы рационального восприятия вселенной. Но мы сходимся с вайшешикой в том, что утонченный анализ обычных логиков дает не больше, чем наука о возможном, чем абстрактный формализм, отделенный от реального мира. Философия может критиковать, но не может отрешаться от здравого смысла. Здравый смысл не может заменить все, но он, конечно, является первым условием плодотворности всякой философии. Только метод философии отличается от метода здравого смысла. Он стремится продвинуться вперед за те факты, которые представляются сознанием как возможные. Творческая логика, являющаяся инструментом философского гения, стремится обосновать мир, исходя из высшего принципа. Те же самые факты, которые замечены мыслителями вайшешики, могли бы получить более удовлетворительную интерпретацию, и, как мы уже увидим далее, санкхья и веданта подходят к более совершенной философской конструкции, оправдывающей веру в принцип: "один бог, один закон".