В XIII в. вместо империй династий Чола и Чалукья в Южной Индии появились четыре менее крупных царства: Ядавов на западе (со столицей в Девагири), Какатиев на востоке Декана (столица – Варангал), Хойсалов (столица – Дварасамудра в Майсуре) и Пандьев далее на юге (столица – Мадураи). В XIV в. эти государства не могли оказать серьезного сопротивления натиску мусульман с севера, и их территории отошли к более могущественной индусской империи Виджаянагара, основанной в 1336 г. на берегах р. Тунгабхадры, и к ее северному соседу – султанату Бахманидов. Наиболее выдающимся из правителей Виджаянагара был Кришнадеварая (1509–1529) – государственный деятель и поэт.
В XVI в. государства Бахманидов и Виджаянагар продолжали борьбу между собой, причем в первом последовательно сменились пять династий. Несмотря на противоречия, мусульманские государства смогли объединиться и сокрушить Виджаянагар в битве при Таликоте в 1565 г. В результате интриг и войн между мусульманскими государствами на передний план выдвинулись Биджапур и Голконда, которые сохраняли самостоятельность до 1686–1687 гг., когда их присоединил к своим владениям могольский император Аурангзеб.
В 1525 г. Бабур (1483–1530), прямой потомок Тимура, вторгся в Индию, а в 1526 г. в битве под Панипатом одержал победу над султаном Дели. Бабур подчинил большую часть Северной Индии, однако афганцы во главе с Шер-ханом Сури восстановили прежнее положение при Хумаюне, сыне Бабура. Поэтому фактически империя Великих Моголов была основана при внуке Бабура, Акбаре (1542–1605). Унаследовав власть в 14 лет, Акбар уже в молодости продемонстрировал исключительные способности воина, администратора и государственного деятеля. Менее чем за 20 лет он покорил всю Северную Индию и, продолжая и далее расширять свои владения, создал эффективную систему управления благодаря умелому подбору помощников-министров. Чтобы снискать поддержку индусов, Акбар стремился поощрять контакты победителей и побежденных. Император даже попытался основать новую религию как инструмент трансформации существующего миропорядка. Значительную часть работы пришлось взять на себя его сыну Джахангиру, но его политика была в определенной степени отвергнута уже во время правления Шах-Джехана, внука Акбара, а при Аурангзебе (1658–1707) развернулась борьба ислама с языческими культами.
Хотя Аурангзебу удалось расширить южные пределы империи, оттесненные раджпуты, маратхи во главе со своим национальным героем Шиваджи (ум. 1680), сикхи и многие другие отвечали восстаниями. Смерть Аурангзеба ознаменовала начало развала огромной державы. Бенгалия и Хайдарабад отпали соответственно в 1720 и 1724 гг., а вторжение войск Надир-шаха из Персии окончательно подорвало позиции делийских правителей. Череда марионеточных императоров продолжала наследовать трон Великих Моголов, пока последний из них (Бахадур-шах) не был сослан в Бирму после восстания сипаев в 1857 г.
Вакуум, возникший с распадом империи Великих Моголов, дал возможность преемникам Шиваджи образовать Маратхскую конфедерацию вассальных государств под руководством пешвы (главного министра, обладавшего фактическими правами властителя, но без соответствующего княжеского титула). В XVIII в. маратхам удалось стать доминирующей силой почти на всей территории Индии, но в 1761 г. они были наголову разбиты Ахмад-шахом Дуррани, основателем афганского государства. Держава маратхов при всей ее организационной рыхлости все же уцелела и в дальнейшем стала главным препятствием на пути установления британского господства в Индии.
Первыми из европейцев Индии достигли португальцы. В мае 1498 г. Васко да Гама бросил якорь в Каликуте. Закрепившись на Малабарском берегу, португальцы начали экспансию на восток и запад, вытеснили арабских купцов и на целое столетие утвердили монополию в индийских морских водах. Они поддерживали тесные связи с Виджаянагаром, ослабление которого негативно сказалось и на их позициях. Последние португальские владения в Индии (Гоа, Даман и Диу, Дадра и Нагархавели) просуществовали до 1961 г.