Развитие цивилизации (начиная с III в. до н.э.) никогда даже не пыталось сдержать или разрушить эту тенденцию к лингвистическому разнообразию: урбанизация всегда оставалась хрупкой, зависящей от государств-однодневок, и политическое раздробление преобладает на протяжении большей части доиспанской истории Перу. Несмотря на то что некоторые языки долго обеспечивали межэтническую коммуникацию, они крайне редко вытесняли языки местные, а когда это происходило — как в случае с кечуа, примерно 2—2,5 тысячелетия тому назад, — они затем разветвлялись в диалекты и многочисленные языки. Даже в наши дни внутреннее разнообразие семейств кечуа и аймара сопоставимо с разнообразием романских или славянских языков.
Крайнее лингвистическое раздробление Тауантпинсуйу связано также с там фактом, что, по подобию «народов», на них говорящих, языки не были привязаны к определенной территории: стремление некоторых из этих обществ к созданию экономических анклавов в местах, удаленных от их территориальной группы, а также перемещения народов, производимые Инками, повлекли за собой сосуществование на ограниченных пространствах жаждущих автаркии групп, которые сохраняли свой собственный язык. Эта языковая мешанина тем не менее компенсировалась тем, что испанцы признавали «тремя основными языками Перу», обеспечивавшими межэтническую коммуникацию в Инкской империи: мочика, кечуа и аймара.
Языки индейцев Перу сильно отличаются друг от друга и крайне многочисленны, так как почти каждая провинция и каждая долина имеют собственный. Но есть среди них и три общих: юнга [=мочика], кечуа и аймара. На языке юнга говорят главным образом на побережье, от Лимы до Гуаякиля, несмотря на то что в [прибрежных] долинах есть также и свои языки. Язык кечуа используется повсюду в горах, от Кито до Куско, пусть и некоторыми разговорными отличиями в зависимости от провинций, — его понимает каждый, что кто хоть средне владеет языком той или иной провинции. Язык аймара наиболее общий из всех; он распространен от Уаманги, что в начале епархии Куско, почти до Чили и Тукумана [в Аргентине].
Кечуа
Вопреки тем представлениям, что бытовали до тех пор, пока, в 1960-х годах, к изучению андских языков не начали применяться методы лингвистики, инки не несут никакой ответственности за распространение языка кечуа в Андах. Языковое разнообразие семейства кечуа, действительно, слишком велико для того, чтобы его можно было объяснить всего пятью веками истории. Хотя еще многое предстоит сделать для описания диалектов, сравнительной грамматики и исторической лингвистики языка кечуа, современные ученые сходятся в том, что первоначальная «колыбель» этого языка находилась в чрезвычайно удаленной от Куско зоне, в центре или в северной центральной части нынешнего Перу. Первая волна экспансии кечуа, вероятно, восходит к I тысячелетию до н.э., а именно к так называемой эпохе «древнего горизонта». Язык прото-кечуа, должно быть, распространился тогда, в эпоху расцвета культуры Чавин, на широком пространстве от Кахамарки до Аякучо. В регион Куско и в Эквадор кечуа, вне сомнения, пришел в гораздо более позднее время, относительно которого пока еще не было выдвинуто каких-либо обоснованных предположений. Замечено, однако, что по сравнению с другими диалектами кусканский кечуа отличается довольно-таки радикальными нововведениями, которые частично объясняются сильным влиянием языка аймара. На большей части Боливии и на северо-западе Аргентины кусканский кечуа распространился лишь в колониальную эпоху.
Даже в конце XVI века инки вспоминали о том, что кечуа происходит не из Куско, как о том свидетельствует хронист Мартин де Муруа: «Утверждают, Инка Гуайна Капак [Уайна Капак] приказал, чтобы по всей стране говорили на языке Чинчасуйу, который сегодня повсеместно называют “общим кечуа” или “из Куско”». Впрочем, язык, который способствовал управлению Тауантпинсуйу; не был тем кечуа, который жители региона Куско изменили под влиянием языков, на которых они разговаривали ранее, в частности аймара. Инкская элита, как и элиты завоеванных провинций, действительно пыталась «насадить» разговорный кечуа в наиболее значимых поселениях центрального побережья, например в Пачакамаке. В отличие от горных вариантов, в береговом кечуа взрывные согласные, следовавшие за согласными носовыми (м, н), имели звонкое произношение. Именно от этой формы кечуа, использовавшейся элитами Тауаншинсуйу, происходит большинство терминов, заимствованных у этого языка (через испанский) французским, к примеру «Andes» (< andi) или «condor» (< kundur), а не от более консервативных горных форм, где эти термины произносятся соответственно [anti] и [kuntur].