Крайне маловероятно, что существовало доколумбово наименование для всей совокупности языкового семейства, которое выглядит некой абстракцией на фоне разнообразия местных вариантов. В большинстве современных диалектов кечуа язык обозначается термином рунасими — или родственной формой, — что означает «язык индейцев». Название «кечуа», впервые приведенное в неком тексте 1560 года, происходит от термина кечуа, которым обозначается умеренная горная область, такая, где можно выращивать маис. В эпоху Испанского завоевания на юге Перу в горах преимущественно разговаривали именно на кечуа, тогда как обитатели пупы повсюду пользовались языком аймара. Некоторые авторы полагают, что именно испанцы первыми назвали этот язык именем области, где он применялся столь характерным образом. Но нельзя отвергать и другую гипотезу, согласно которой это наименование существовало и до Конкисты, по крайней мере, на юге Перу. Действительно, во всех регионах, расположенных к югу от Куско, скорее термин кечуа (или его современные варианты кесуа и кишуа), а не рунасими в самом этом языке встречается чаще. Если перенос наименования с экологического яруса в область языка был произведен испанцами, можно предположить, что термин, использовавшийся в кечуа, должен был сохранить след своего перехода через испанский, то есть поменять свое увулярное произношение (несуществующее в испанском) на произношение велярное, и стал *кечуа или *кесуа. Следовательно, вполне возможно, что уже сами инки называли кечуа тот язык, который заимствовали у своих западных соседей, выращивавших маис.
Аймара
В инкскую эпоху географическая область языка аймара была гораздо более широкой, нежели сегодня. Куско находился на самой южной передовой полосе географической области языка кечуа, но был со всех сторон окружен провинциями, в которых пользовались аймара, не только с южной стороны, но и также и в областях пуны, расположенных к северо-западу от столицы, вплоть до окрестностей Лимы. Одна из этих провинций, та, которую испанцы называли «des Aymares» (она находится в современном перуанском департаменте Апуримак), и дала свое имя этому языку, возможно, потому, что инки считали обитателей этой провинции, к слову, своих ближайших соседей, носителями именно этого языка. Все указывает на то, что язык аймара знаком инкам с чрезвычайно давних времен. Те скудные свидетельства, коими мы располагаем относительно форм языка аймара, которые были разговорными в тех регионах, где сегодня этого языка уже не существует, указывают на то, что уровень его диалектического разнообразия вполне сопоставим с тем же уровнем языка кечуа, более распространенного между Куско и Лимой, нежели между Куско и южными возвышенностями. Согласно современным гипотезам, первый очаг распространения языка аймара находился в горах восточной части перуанских департаментов Аякучо и Уанкавелика. На юге Перу на аймара заговорили во времена Империи уари, тогда как в бассейне озера Титикака и в южных высокогорьях он, вероятно, появился уже после падения Империй «среднего горизонта». Нынешний уровень наших познаний позволяет опровергнуть традиционную гипотезу, в соответствии с которой язык аймара мог быть языком Тиуанако. Языки семейства аймара структурно очень похожи на языки кечуа, как с фонологической, так и с грамматической точки зрения, и какая-то часть их лексики идентична либо очень близка. Однако наибольшую часть лексического запаса этих двух языков, а также их грамматических форм нельзя свести к общему первоисточнику, из чего следует, что структурное сходство между языками кечуа и аймара объясняется их глубоким и продолжительным контактом в одном и том же географическом пространстве.
Языки севера империи
На крайнем севере Империи, в высокогорьях современного Эквадора, говорили по меньшей мере на шести языках. Речь идет, с севера на юг, о пасто (семейство барбакоа), отавало (семейство барбакоа), пансалео (неклассифицирован), пурууа (неклассифицирован), каньяри (неклассифицирован) и пальта (семейство хиваро). Все они исчезли в колониальную эпоху (будучи замененными кечуа), оставив следы лишь в топонимии и в некоторых терминах, перенятых языком, пришедшим из Перу. Из того немногого, что нам известно об этих языках, можно сделать вывод, что в определенных аспектах они похожи на те языки, которыми пользовались больше на севере, в современной Колумбии, а не на языки центральных Анд, вроде мочика, кечуа и аймара.