1540 г. Первое аутодафе в Лиссабоне.
1543 г. Первые сожжения на костре в Гоа в соответствие с законами, поддерживаемыми инквизицией.
1547 г. Папа дал разрешение португальской инквизиции на полное использование полномочий. В соборе Толедо провозгласили указ о чистоте крови.
1547-66 гг. Фернандо де Вальдес, великий инквизитор Испании, провел много важных реформ трибуналов.
1551 г. Расширение юрисдикции трибунала Лиссабона с включением в нее владений в Атлантическом океане (Азорские острова и Мадейра), Анголы, Бразилии, Кабо-Верде, Гвинеи и Сан-Томе, принадлежащих Португалии.
1553 г. Великий инквизитор Вальдес выпустил эдикт, который сделал законным использование шпионов по всей Испании.
1557 г. Ставший императором Священной Римской империи Карл V отрекся от испанского престола. На трон взошел его сын Филипп II.
1559 г. Множество аутодафе проведено в Вальядолиде и Севилье. Инквизиция арестовала архиепископа Толедо Карранцу. В Испании опубликован самый подробный перечень цензоров, известный до настоящего времени.
1560 г. Португальская инквизиция назначила в Гоа первых инквизиторов.
1561 г. Великий инквизитор Вальдес издал генеральные инструкции, определяющие процедуру расследований инквизиции.
1566 г. Осуществление на практике мер против морисков, разработанные в 1526 г. в Гранаде.
1568-70 гг. Восстания морисков в Андалузии. После поражения большинство из них рассредоточилось в остальных частях Испании.
1569 г. Учреждение трибунала инквизиции в Лиме (Перу).
1571 г. Учреждение трибунала инквизиции в Мехико.
1576 г. В апреле в Риме Карранцу приговорили к отлучению. Спустя 18 дней он умер.
1580 г. Короны Португалии и Испании объединены под эгидой Филиппа II.
1591-95 гг. Из Лиссабона на Азорские острова, в Бразилию и на острова Мадейра направлены официальные представители инквизиции для проведения судов и публичного обличения.
1609 г. Учреждение трибунала инквизиции в Картахене-де-лас-Индиас (на территории современной Колумбии).
1609-14 гг. Изгнание морисков из Испании, начиная с Валенсии (1609 г.) и заканчивая Мурсией (1614 г.)
1610 г. Грандиозное аутодафе в Логроньо — последнее сожжение «ведьм» инквизицией в Испании.
1618 г., 1627 г. Последующие визиты инквизиции в Бразилию.
1633 г. Филипп IV, король Испании, приказал высшему совету инквизиции создать два суда, один из которых должен заниматься исключительно рассмотрением генеалогических доказательств.
1636-49 гг. Преследование инквизицией португальских общин во всей Латинской Америке. Огромные аутодафе в Лиме (1639 г.) и Мехико (1649 г.)
1640 г. Начало войны за независимость Португалии от Испании.
1648 г. Испания признала независимость Соединенных Провинций Голландии.
1650–1700 гг. Упадок португальского могущества в Эстадо-да-Индиа.
1668 г. Испания признала независимость Португалии.
1680 г. Грандиозные аутодафе в Мадриде — возможно, самые чрезмерные за всю историю инквизиции.
1700–46 гг. Правление Филиппа V Испанского. Вновь запылали костры инквизиции — произошло 54 аутодафе, 79 человек переданы светским властям для казни.
1701–14 гг. Война за испанское наследство.
1713-15 гг. Мельхор де Маканас, государственный министр Филиппа V Испанского, выступил с предложением о проведении реформы инквизиции. Инквизиция возбудила против него дело.
1743-44 гг. Суд над франкмасонами в Португалии.
1751 г. В Испании издан указ против франкмасонов.
1755 г. 1 ноября землетрясение огромной силы уничтожило Лиссабон.
1756 г. Испанская инквизиция запретила работы Дидро, Монтескье, Руссо и Вольтера.
1759 г. Изгнание иезуитов из Португалии.
1761 г. Последнее в Португалии сожжение еретиков, переданных инквизицией светским властям для казни.
1767 г. Изгнание иезуитов из Испании.
1773 г. В Португалии выпущен декрет, в соответствие с которым упразднена легальность различия между «старыми христианами» и конверсос.
1776-80 гг. Арест, суд и наложение епитимьи на Пабло де Олавиде в Испании.
1789 г. Начало Великой французской революции.
1807 г. Вторжение Наполеона в Португалию. Королевская семья Португалии бежала в Бразилию.
1808 г. Вторжение Наполеона в Испанию, возведение на трон брата Бонапарта, короля-марионетки. 4 декабря новый режим выпустил указ, запрещающий инквизицию.
1810 г. 18 октября в Кадисе принят декрет о свободе печати.
1812 г. 12 марта в Кадисе провозглашена либеральная конституция. 16 июня окончательно запрещен трибунал в Гоа.
1813 г. Парламент в Кадисе утвердил указ о запрете испанской инквизиции.