В 1886 г. дело Бруно попало в руки одному из хранителей ватиканского тайного архива - Грегорио Пальмери, который доложил о своей находке папе Льву XIII. Папа затребовал дело себе, приказав Пальмери хранить о нем строжайшую тайну. В 1925 г. в Италии было опубликовано 26 доселе неизвестных документов инквизиции, относящихся к делу Бруно. В том же году кардинал Меркати, заведующий секретным архивом Ватикана, обнаружил среди бумаг папы Пия IX другой экземпляр дела Бруно. Сведения об этом просочились в печать, и Ватикан был вынужден дать разрешение на его публикацию, что было осуществлено не без умысла только 15 лет спустя, в 1942 г. Таким образом мир узнал подробности инквизиционного процесса над Джордано Бруно лишь 342 года спустя после его казни! На русском языке этот документ был издан в 1958 г. в переводе и с комментариями А. X. Горфункеля. Джордано Бруно перед судом инквизиции (краткое изложение следственного дела Джордано Бруно).- Вопросы истории религии и атеизма.
Хотя в XX в. публикация документов, относящихся к истории инквизиции в разных странах, значительно увеличилась по своему объему, то, что вышло в свет,- ничтожная толика хранящихся в архивах материалов, большинство которых все еще недоступно исследователям. Достаточно сказать, что в государственном испанском архиве в Симанкасе (Испания) хранится около 400 тыс. неопубликованных дел "священного" судилища, а в национальном архиве Португалии в Торре ду Томбу таких дел насчитывается около 40 тыс. Многие документы португальской инквизиции не уцелели. Дворец инквизиции в Лиссабоне, где эти дела раньше хранились, дважды горел; в 1755 г. он сильно пострадал от землетрясения, а в период французской оккупации (1808-1812) в нем находился штаб оккупационных войск; в 1821 г. дворец инквизиции был разрушен восставшим населением португальской столицы. О сохранении сколь-либо полного инквизиционного архива в этих условиях не могло быть и речи. Подавляющее большинство этих дел никем еще не изучено. В частности, предстоит еще много сделать для изучения португальской инквизиции, крупнейшим исследователем которой был Александре Эркулану (1810-1877). Его сочинение по истории учреждения инквизиции в Португалии положило начало научному изучению деятельности "священного" судилища в этой стране.
Александре Эркулану, романтик, либерал и антиклерикал, писал свою работу в "назидание потомству", в ответ тем реакционерам, которые обвиняли его современников - сторонников французской революции 1789 г. и буржуазных преобразований - в кровожадности, жестокости, терроризме. "Когда ежедневно нас упрекают,- писал португальский историк,- в безрассудстве современных революций, в эксцессах, вызванных нетерпеливыми людьми, в преступлениях, совершенных немногими фанатиками и, если вам угодно, немногими лицемерами, провозглашающими новые идеи, безусловно мы вправе привлечь прошлое к суду, чтобы посмотреть, не станем ли мы вновь жертвами реакционных течений, и чтобы убедиться, обеспечат ли нам ультрамонтанные и сверхмонархические устремления порядок, мир и счастье, если мы вновь откажемся от прав свободных людей и доктрин терпимости..." И далее, упоминая о 40 тыс. дел португальской инквизиции, сохранившихся в архивах, Эркулану отмечал: "Провидение сохранило их для того, чтобы они выступили в роли мстителей за многочисленные преступления инквизиции, и мы (то есть те, кто разоблачает действия инквизиции.-И. Г.), хотя и считаем, что действуем по своей собственной воле, может быть, выступаем всего лишь в роли инструмента божественной справедливости".
Исследование Эркулану, основанное на источниках архива Торре ду Томбу, директором которого он был в течение многих лет, до сих пор не утратило своего научного значения.
Различные перипетии сопутствовали и раскрытию преступлений инквизиции в Испанской Америке.
После изгнания испанских колонизаторов и образования независимых латиноамериканских государств в течение многих десятилетий эти преступления оставались нераскрытыми. Причины тому были разные. Хотя испанцы и были изгнаны, они не отказались от надежды вернуться в свои колонии. Поэтому патриоты, опасаясь реставрации, во многих местах уничтожили архивы трибунала.
Инквизиторы в свою очередь, страшась заслуженной кары со стороны патриотов, в период войны за независимость прятали и уничтожали компрометирующие их документы. Многие документы были расхищены или пропали во время многочисленных иностранных интервенций и гражданских войн, а также в результате пожаров и землетрясений. Погибли ценные архивы инквизиции в Картахене (современная Колумбия) во время стодневной осады этого города испанскими карателями во главе с маршалом Морильо в 1815 г. Американские оккупанты, разграбившие столицу Мексики в 1848 г., утащили с собой немало ценных исторических документов, в том числе и касающихся деятельности инквизиции. Известно, что священник Фишер, личный исповедник императора Максимилиана (1864-1867), во время французской интервенции в Мексику вывез во Францию и Ватикан большое количество документов. 12 ящиков с документами инквизиции, принадлежавшие американскому полковнику Дэйвиду Фергюссону, проживавшему в Мексике, погибли в огне в 1888 г. Ценные архивные бумаги были утрачены во время чилийско-перуанской войны.
В начале XX столетия многие инквизиционные дела были выкрадены американскими спекулянтами в Мексике и проданы за большие деньги частным лицам в США. "Покупка и продажа оригинальных мексиканских исторических документов,- отмечает американский историк Сеймур Б. Либман,- стала прибыльным бизнесом. Некоторых людей это толкнуло на кражу материалов из Национального архива Мексики, а других - на контрабандную переброску их из Мексики в нарушение законов".
Хотя часть документов, относящихся к деятельности колониальной инквизиции, сохранилась в архивах латиноамериканских стран, главный ее архив, хранившийся в Испании, до последней четверти XIX в. считался утерянным. Самое большое число документов по истории колониальной инквизиции собрано в Национальном архиве Мексики, где их имеется 1553 тома, охватывающих период с 1521 по 1823 г. Их опись составляет 15 томов.