Со второй половины XIX века, когда дело независимости стран Латинской Америки упрочилось и политическое положение в некоторых республиках несколько стабилизировалось, начинают появляться первые работы латиноамериканских исследователей по истории колониальной инквизиции.
В 1863 г. одновременно были опубликованы две такие работы. Первая из них под названием "Анналы инквизиции в Лиме" принадлежит перу Рикардо Пальме (1833- 1919) - передовому перуанскому публицисту и писателю. Это произведение выдержало много изданий и постоянно дополнялось автором. Оно переиздается и в наше время как часть популярных исторических очерков автора, объединенных единым названием "Перуанские традиции". Автор второй работы - "Чем была инквизиция в Чили" - чилийский либеральный историк Бенхамин Викунья Маккенна опубликовал ее в журнале "Ревиста де Буэнос-Айрес". Несколько лет спустя, в 1868 г., этот же историк опубликовал в Вальпарайсо исследование, посвященное Франсиско Мойену, одной из жертв "священного" трибунала в Лиме.
Однако эти и следовавшие за ними работы носили фрагментарный и популярный характер. И не удивительно - их авторам были недоступны исчезнувшие архивы колониальной инквизиции, а ведь только по ним можно было восстановить деятельность "священного" трибунала. Неизвестно, как долго его преступления оставались бы нераскрытыми, если бы не счастливый случай.
В 1883 г. после 17-летнего перерыва были восстановлены дипломатические отношения между Чили и Испанией. Секретарем чилийской миссии в Мадриде был назначен молодой и весьма плодовитый историк Хосе Торибио Медина (1852-1930), автор трехтомной истории колониальной литературы в Чили и других исследований.
Приступив к исполнению своих обязанностей в столице Испании, Медина поспешил осуществить свою давнишнюю мечту: посетить замок в селении Симанкас, неподалеку от Вальядолида, который по распоряжению испанского короля Карла V в 1540 г. был превращен в хранилище государственных документов, в том числе касающихся управления американскими колониями.
В момент посещения симанкасского архива Мединой его 51 зал был забит десятками тысяч различных папок с документами. Разобраться в этом хозяйстве было довольно трудно, так как не имелось никаких описей. Но это не обескуражило пытливого чилийского ученого, который, забыв о своих дипломатических обязанностях, в течение многих недель рылся в древних рукописях.
Старания Медины увенчались заслуженным успехом. В одном из подвальных помещений, темном и сыром, именуемом "Колодцем епископа", он неожиданно натолкнулся на архив колониальной инквизиции, надежды обнаружить который уже давно потеряли ученые. Но передадим слово самому Медине: "Когда в конце 1884 г. я переступил порог монументального архива, расположенного в небольшой деревушке Симанкас, мне и в голову не пришло, что именно там хранятся бумаги трибуналов американской инквизиции или что когда-либо я займусь подобной темой. Тем не менее я начал просматривать эти бумаги, в надежде обнаружить некоторые важные факты, относящиеся к колониальной истории Чили... Изучая их, я все больше и больше убеждался в том, что эти документы представляют огромный интерес для познания жизни американских народов, находившихся под властью метрополии. Одновременно я убедился, что все написанное до тех пор об инквизиции не соответствовало богатству обнаруженных там документов, интерес и значение которых выходили далеко за пределы самой темы".
Два года работал Медина в симанкасском архиве, проделав в буквальном смысле титаническую работу: он собственноручно снял копии с тысяч документов. Собранный им материал образует 65 больших томов, хранящихся теперь в национальном архиве в Сантьяго (Чили). Вернувшись с этим драгоценным багажом на родину, ученый не покладая рук трудился над написанием истории инквизиции в Испанской Америке. О феноменальной работоспособности Медины свидетельствует тот факт, что в 1887 г., всего лишь год спустя после своего возвращения в Чили, он издает большой двухтомник, посвященный истории трибунала инквизиции в Перу. В 1890 г. следует двухтомник "История священного трибунала инквизиции в Чили". В 1899 г. одновременно выходят три исследования о деятельности трибунала инквизиции в Картахене, вице-королевстве Ла-Плата и на Филиппинах. В 1905 г. Медина издает двухтомник по истории инквизиции в Мексике, и, наконец, в 1914 г. выходит в свет его последняя работа - "Ранняя американская инквизиция (1493-1569)".
В этих трудах, непревзойденных по сей день по охвату документального материала, впервые была раскрыта во всех подробностях преступная деятельность инквизиции в американских колониях Испании. Медина придерживается "объективистского" метода изложения материала. Как правило, он воздерживается от каких-либо выводов и обвинений по адресу церковной иерархии и испанских колониальных властей, он воспроизводит судебные дела, протоколы допросов и пыток, приговоры "священного" трибунала, официальные сообщения об аутодафе и прочие документы из архивов инквизиции, предоставляя самому читателю делать соответствующие выводы. Такой метод подачи материала вполне оправдал себя, ибо лишил возможности церковников и клерикалов обвинять ученого в стремлении "опорочить" церковь и колониальные власти. X. Т. Медина был исключительно плодовитым ученым. Его перу принадлежат свыше 300 книг и брошюр и свыше 500 статей. Собранная им уникальная библиотека в 40 тыс. томов была им подарена государству, которому он также завещал и свое собрание документов по истории инквизиции.
Однако труды Медины при его жизни не получили широкого распространения в Латинской Америке, главным образом потому, что они выходили ничтожными тиражами в 200-400 экземпляров, которые быстро скупались и уничтожались церковниками и их единомышленниками.
Только в 1915г. была переиздана в Буэнос-Айресе работа Медины по истории инквизиции в вице-королевстве Ла-Плата, и лишь в 1952 г., в связи со столетием со дня рождения ученого, в Чили был принят парламентом закон о создании "Исторического и библиографического фонда им. Хосе Торибио Медины", которому поручалось переиздание всех трудов плодовитого историка. В том же юбилейном году были переизданы книги Медины в Мексике и Колумбии по истории инквизиции в этих странах.
Труды Медины были широко использованы Г. Ч. Ли, опубликовавшим незадолго до своей смерти в 1908 г. книгу "Инквизиция в испанских владениях". Эта работа была переиздана в 1922 г. На другие языки, насколько нам известно, она не переводилась.