В XI-XIII вв. городская и крестьянско-плебейская ереси смешаны в одном антифеодальном потоке. Только в XIV-XV вв. эти ереси отчетливо выделяются в самостоятельные течения.
Главными очагами новых ересей в Западной Европе в XI в. становятся Северная Италия, Франция, в известной степени Германия. Здесь крестьянские массы, доведенные до отчаяния грабежами светских и церковных магнатов, все чаще и чаще восстают против своих угнетателей и отвергают официальную церковь. В 997 г.- Нормандия, а в 1024 г.- Бретань были ареной массовых крестьянских восстаний, на разгром которых было мобилизовано большое рыцарское воинство. В 1095 г. Францию вновь охватили крестьянские восстания.
В 1069-1071 гг. крестьянские восстания произошли в Англии, а в 1070 г.в Саксонии, где крестьяне громили королевские поместья и вотчины. Эти вооруженные выступления крестьян сопровождались появлением новых ересей, направленных против светских и церковных феодалов. В начале XI в. в Шампани возникла ересь Леутара Шампанского, призывавшего не платить церковную десятину. В 1022 г. Орлеан и Тулузу охватило еретическое движение, последователи которого, по словам Льоренте, "по-видимому, исповедовали учение манихеев". Подобного рода ересь распространилась в Аррасе, а также в Германии - Кельне и Бонне.
При подавлении этих движений впервые применяются массовые казни еретиков посредством их сожжения. По решению поместного синода, созванного в Орлеане по приказу короля Франции Роберта II (996-1031), в 1022 г. было приговорено к сожжению десять руководителей еретиков, отказавшихся отречься от своих взглядов. В числе осужденных оказался Этьен, духовник королевы Констанции, супруги короля Роберта II. Сообщая об этом, Хуан Антонио Льоренте отмечает: "До какой крайней свирепости может довести людей слепое рвение, показывает королева, которая исповедовалась в своих грехах у ног священника Этьена, а теперь не побоялась поднять на него руку и жестоко ударить его по голове палкой, когда он выходил из собора, чтоб отправиться на место казни. Осужденные уже были охвачены пламенем, как вдруг многие из них закричали, что заблуждались и желают подчиниться церкви, но было уже поздно: все сердца были закрыты для жалости". Льоренте X. А. Критическая история испанской инквизиции.
В Кельне и Бонне также состоялись массовые казни еретиков.
Вскоре этому примеру последовала и Италия. В 1034 г. в Милане по приказу епископа Ариберто были публично сожжены вожак местных еретиков Хиральдо де Монферте и многие его сторонники. В XI в. казни еретиков становятся в странах Западной Европы привычным явлением.
Преследования еретиков не приносили существенных результатов, ибо условия, порождавшие ереси,- тяжелое положение народных масс - не только не менялись к лучшему, а постоянно ухудшались. Еретиков сравнительно легко подавляли силой: руководителей и проповедников сажали в тюрьму или казнили, а рядовых, как правило, переселяли, конфискуя их собственность. Еретики уходили в подполье, в малодоступные сельские или горные районы. Проходило некоторое время, и ересь вспыхивала с новой силой, теперь уже в другом месте и иногда под новым названием.
В начале XII в. Францию вновь сотрясают массовые еретические движения, направленные против церковной обрядности и церковной знати. На юге это движение возглавлял Петр де Брюи и его ученик Генрих, на севере - Танзельм Фландрский, имевший многих последователей среди ремесленников Фландрии. В 1113 г. ересь, отрицавшая частную собственность, охватила область Суассона, а затем и Периго.
Возмущение поведением церковной иерархии, ее продажностью и распущенностью проявилось и в движении патаренов в Милане, охватившем городские низы этого города в середине XI в. Патария, как и большинство еретических сект XI в., осуждала симонию (продажу и покупку церковных должностей), накопление церковниками богатств, требовала безбрачия клира. Патаренам удалось одержать одно время перевес в Милане, они изгнали из города архиепископа и его приближенных, позакрывали церкви. Вначале папский престол поддержал патаренов, стремясь с их помощью подчинить своему контролю высшую церковную иерархию. Когда движение приобрело слишком радикальный характер, папство предало его. Вождь патаренов монах Арнальд был схвачен церковниками и зверски убит. Патарены подверглись преследованиям, их выселили из Милана, и они рассеялись по разным областям Северной Италии.
Было бы ошибочным считать, что церковь на этом этапе боролась с еретическими движениями только при помощи насильственных средств. Папство делало попытки укрепить собственную власть и "оздоровить" прогнивший церковный организм, залечить некоторые его уж слишком омерзительные язвы и другими средствами. Такой попыткой была клюнийская реформа (названная именем монастыря Клюни во Франции, где она зародилась), осуществленная в Х-XI вв. и значительно укрепившая экономическую мощь и авторитет папства. Клюнийские реформаторы выступали против светской инвеституры церковных иерархов, которая делала их вассалами государей и неподконтрольными папству; они осуждали симонию, превращавшую церковь, по образному выражению папы Григория VII (1073-1085), в проститутку на службе дьявола; они бичевали распущенность нравов и жажду мирских богатств клириков и монахов, требовали реформы монастырей на основе строгого устава и независимости их от светских властей и местной духовной власти, соблюдения монахами безбрачия, отказа от личной собственности, смирения и послушания.
Клюнийскую реформу поддержала феодальная знать, стремившаяся в свою очередь подчинить своему влиянию монастыри. В результате многие реформированные монастыри оказались в зависимости от местных феодальных сеньоров, одаривавших их землями и деньгами. В то же время были созданы и новые монашеские ордена - цистерианский и картезианский, с очень строгими уставами.