До многих людей, подвергшихся агитации ересиархов, эти рассуждения не доходили. С каждым днем опасность становилась все более явной, так что с самого начала понтификата Иннокентию пришлось, в дополнение к мерам, которые уже принимали его предшественники, вводить суровые наказания и обязывать всех суверенов их применять. Положения этого специального кодекса, содержащиеся прежде всего в письмах от 25 марта 1199 г. и от 22 сентября 1207 г., можно изложить в нескольких строках. Еретики и их пособники подлежат изгнанию или заключению в тюрьму; их имущество должно быть конфисковано и продано, дома снесены, а они сами — лишены гражданских прав. Они не могут избирать и быть избранными на муниципальные должности. Если они выполняют официальные функции, их акты объявляются недействительными. Они не вправе выступать свидетелями на суде, завещать и наследовать имущество. На суверенов, а также на городские магистраты накладывается строгая обязанность преследовать и изгонять еретиков. Если власти не выполняют этого закона, пусть их принудит к этому отлучение.
Еретик не только лишается прав при жизни — ему нет упокоения и после смерти. Если выявится, что при жизни кто-то отступил от правоверия, его труп должен быть вырыт и выброшен наружу. В 1206 г. Иннокентий III отлучил одного аббата Фаэнцы, который отказался выкопать останки еретика, погребенного на кладбище аббатства, и сурово присовокупил: «Мы не только ненавидим врагов истинной веры и, сколь можем, мешаем им при жизни губить вертоград Господень, но мы осуждаем и память о них. Пусть католики умело выводят на чистую воду тех, кто делал вид, будто живет христианской жизнью, обманывая общественное мнение».
Этот логик пытался оправдать суровость своих декретов при помощи следующего доказательства, которое он привел в 1199 г. в письме горожанам Витербо: «Согласно гражданскому закону преступления, оскорбляющие величество, караются смертной казнью и конфискацией имущества. Детям такого преступника оставляют жизнь только из милосердия. Сколь же виновными, и с намного большим основанием, следует считать тех, кто, не имея веры, оскорбляет божественное величество, величие Иисуса Христа, Сына Божьего? Разве это не бесконечно более тяжкое оскорбление? И как же удивляться, что Церковь отсекает их от христианской общины и лишает мирских благ? Пусть не говорят, напрасно ссылаясь на гуманность, что несправедливо лишать наследства детей нечестивцев, если они сами остались правоверными! Это соображение не должно связывать руки судьям. Часто бывало, что Божественное правосудие карало и детей за преступления отцов, и наши канонические законы иногда санкционируют подобные меры».
Здесь Иннокентий III теоретизирует, но его действия войдут в противоречие с этой теорией. Когда после резни альбигойцев репрессии дойдут до крайнего предела и будет решено лишить сына графа Тулузского — пособника еретиков — всего наследия отца, чтобы передать его Симону де Монфору, Папа будет первым и почти единственным, кто откажется одобрить эту чудовищную затею. Большинство участников Латеранского Собора не поймет слабости этого судьи, желающего сохранить невинному часть доменов, конфискованных у виновного.
Изучая проблему, следует доходить до ее сути. Повсюду, кроме юга Франции и некоторых областей Италии, где нравы смягчала терпимость, католическое население, его вожди и большинство епископов карали за ересь смертной казнью, в основном на костре. Верные этому обычаю, крестоносцы Монфора найдут в сжигании альбигойцев истинное наслаждение, простодушно описанное хронистом Петром из Во-де-Сернея. Но ни в законодательстве Иннокентия III, ни в его письмах нет ни одного упоминания о смерти для еретиков. Он всегда требовал только их изгнания и конфискации имущества. Говоря об обращении светской власти к мечу, он понимал под этим лишь то применение силы, какое необходимо для осуществления высылки и экспроприации, предписанных его уголовным кодексом. Так что этот кодекс, который кажется нам столь беспощадным, по сравнению с привычками современников был шагом вперед в смысле гуманности. Он упорядочивал и тем самым смягчал традиционные репрессии против ереси. Он не допускал тех поспешных расправ, жертвами которых повсюду становились не только явные еретики, но и просто подозрительные.