Финны были вынуждены в одиночку противостоять СССР в «зимней» войне, а с эстонских баз на финские коммуникации выходили подводные лодки РККФ. В 1940 году Эстония стала республикой в составе Советского Союза. Подводные лодки «Кал ев» и «Лембит», сохранив свои прежние названия, подняв советский Военно-морской флаг, вошли в состав КБФ.
Оба подводных минных заградителя приняли участие в Великой Отечественной войне.
«Калев» пропал без вести во втором походе. Точное время, место и обстоятельства его гибели до сих пор не установлены. Судьба «Лембита» более благосклонна – провоевав всю войну, подводная лодка «Лембит» совершила семь Боевых походов, 6 марта 1945 года минный заградитель был награжден орденом Красного Знамени. В канун 40-летия Победы подводная лодка «Лембит» была установлена в Таллинне в качестве мемориала и филиала музея Дважды Краснознаменного Балтийского флота. В годы развала СССР и всеобщего хаоса «Лембит» был захвачен отрядами эстонских националистов и после «вывода» российских войск остался в Эстонии.
Говоря об иностранных подводных лодках, вступивших в состав РККФ до начала Великой Отечественной войны хочется отметить один из несостоявшихся трофеев советского флота. Это польская подводная лодка «Orzel» («Орёл»), построенная в Голландии и вступившая в состав польского флота незадолго до начала войны.
1 сентября 1939 года Германия напала на Польшу. С началом боевых действий польские подводные лодки, среди которых была и «Orzel» под командованием командор – поручника Х.Клочковского, вышли в море. 5 сентября подводная лодка «Orzel» был атакована германскими кораблями и авиацией, получила повреждения. Польские подводники приняли решение зайти в один из нейтральных портов, и 14 сентября 1939 года подводная лодка ошвартовалась в Таллинне. Эстонские власти, не желая осложнения с Германией, объявили об интернировании подводной лодки. 16 сентября с подводной лодки «Орел» был выгружен артиллерийский боезапас и часть торпед, сняты орудийные замки, изъяты морские карты. Ошибкой эстонцев стало то, что с «Орла» не успели откачать топливо, чем воспользовались поляки: в ночь на 18 сентября, выведя из строя портовое электрооборудование и пленив охрану, подводная лодка покинула порт. Только 12 октября 1939 года «Орёл» форсировал Датские проливы и вскоре под охраной эсминца «Valorous» прибыл в Англию.
После ремонта «Orzel» в составе 2-й флотилии подводных лодок Британского флота принимал участие в боевых действиях и пропал без вести со всем экипажем (60 поляков, 3 англичанина) в конце мая 1940 года. Интернирование подводной лодки «Орел» в Эстонии повлекло бы за собой контроль над ней СССР после вхождения республики в состав Советского Союза, который не упустил бы случая включить фактически новую подводную лодку в состав ВМФ СССР.
21 сентября 1917 года подводная лодка спущена на воду с верфи «Fairfield Shipbuilding and Engineering Company» и 19 декабря 1918 года введена в строй. Во время Гражданской войны в России подводная лодка была переведена на Балтийское море для действий против Рабоче – Крестьянского Красного Флота в составе эскадры союзников, вошла в состав отряда подводных лодок. Основными задачами отряда являлись наблюдение за силами Красного Флота и атака при их попытке выйти за пределы района Кронштадта. Базируясь в Ревеле, L55 совершала Боевые походы в южную часть Финского залива.
В один из разведывательных выходов 4 июня 1919 года подводная лодка обнаружила эсминцы «Азард» и «Гавриил» и атаковала их двумя торпедами. Сманеврировав, эсминцы уклонились от торпед, а подводная лодка после залпа не удержалась на глубине и над водой показалась часть её рубки, которая была немедленно обстреляна с «Азарда». Над подводной лодкой поднялся большой столб огня и дыма, были видны летящие в воздух обломки. Считалось, что L55 погибла от попадания снаряда с «Азарда», но после подъёма обнаружился факт подрыва подводной лодки на минном заграждении. Командование британской группировки на Балтийском море в течение нескольких дней пыталось связаться с подводной лодкой и отозвать из опасного района, поскольку обнаружило, что её позиция оказалась среди английского минного поля.
Осенью 1926 года во время траления в Копорской губе советский тральщик «Клюз» случайно зацепил и поднял на борт прицельное устройство от 4-дюймовой пушки, принадлежавшее, как было установлено, подводной лодке L55. В течение последующих двух лет подводная лодка была обследована, и 27 апреля 1928 года было принято решение о её подъёме. Операция по подъёму подводной лодки длилась с 10 июня по 14 августа 1928 года и закончилась полным успехом. L55 была отбуксирована в Кронштадт и поставлена в ДОК. При очистке отсеков были найдены останки 34 английских подводников, которые в начале сентября 1928 года были переданы английской стороне на пароход «Тшго». 8 сентября 1928 года погибшие подводники на борту крейсера «Champion» были доставлены в Портсмут, где были похоронены в братской могиле на кладбище военно-морского госпиталя. При подписании акта передачи присутствовали консулы Японии и Норвегии.