Причиной, заставившей новгородского архимандрита так ополчиться на проповедь «жидовствующих», со всей очевидностью послужила та легкость, с которой новая ересь поражала тех, кто прежде остальных должен был «радеть о православии». То, чему учил Схария, было «совсем ново», оригинально и ни на что не похоже, да к тому же прекрасно подкреплено «книжной наукой». Соблазн оказался слишком велик, а тенденции распространения ереси для настоящего православного человека были просто пугающими.
Понимал ли это митрополит Геронтий? Скорее всего, да, но, памятуя о том, как сильны противники, он соблюдал осторожность. Во всяком случае, покуда в Москве оставался Федор Васильевич Курицын, митрополит не предпринимал очевидных действий во вред «жидовствующим», но как только великий князь услал своего главного дипломата в Вену для важных переговоров, митрополит решился. Политично представив дело так, что к нему с настойчивыми просьбами обратились сразу несколько уважаемых иерархов, он постановил созвать собор для принятия решений о «жидовствующих». Присланные из Новгорода сведения полностью изобличали Самсонку Григорьева, Ерсея и Гридю, которых признали виновными и достойными отлучения от церкви. По законам же светским их приговорили к телесному наказанию — «били новгородских попов кнутием», пишет усердный летописец.
Затем еретиков отправили в Новгород, к архиепископу Геннадию, для духовного увещания. Вместе с тем митрополит распорядился начать следствие в отношении тех, кого архиепископ занес в представленные им списки «жидовствующих». И вскоре уже в распоряжении архиепископа Геннадия оказалось немало показаний. Главный идеолог «жидовствующих» Схария все еще жил в Новгороде, но с него взятки были гладки — иностранный купец, ведший большой торг, он был защищен всеми законами торговли. Духовная власть не могла предъявить ему претензий, так как Схария был иудей и, исповедуя свою веру, никаких законов православной церкви не нарушал. Ну, а то, что его слушали и ему следовали, так то вина тех, кто находил возможным, услышав, предать свою веру.
С теми из совращенных «жидовствующими», кто раскаялся, поступали довольно мягко — на них наложили епитимью, запретив входить в храмы во время службы, заставляя стоять у паперти, прислушиваясь к происходящему внутри. Упорствующих — а такие встречались — наместник наказывал по светскому закону, потчуя «кнутием». Такое положение дел в Новгороде продолжалось, покуда не прошел слух, что дьяк Курицын вернулся из венского вояжа. Как только об этом стало известно, многие еретики сбежали в Москву. Оказалось, что каялись они притворно.
И снова пошли в столицу грамоты с обвинениями, показаниями и прочими подробностями следствия. Но ответа на них не было. Сказывалась ли старая неприязнь Геронтия к Геннадию — а отношения у них были непростые, — либо позиции «жидовствующих» в Кремле стали как никогда крепки, но в конце концов архиепископ понял, что на помощь Москвы ему уповать не приходится. Покровители еретиков блокировали любые обвинения Геннадия и сами переходили в наступление. Сосланный архиепископом Геннадием в дальнюю пустынь чернец Захарий был возвращен в свой монастырь в Немчинове, откуда он в 1487 году отбыл в Москву, прижился там и рассылал в разные места грамоты, в которых называл Геннадия Гонзова еретиком.
О тогдашнем положении дел в Московском государстве говорит такой факт: после смерти Геронтия митрополитом в сентябре 1490 года был поставлен архимандрит московского Симонова монастыря Зосима, сам уже давно ставший тайным «жидовствующим».
Возведение на кафедру Зосимы сопровождалось грубейшим попранием обычаев — митрополита должны были избрать епископы, но, опасаясь назревавшего скандала, великий князь по наущению покровителей беззаконного претендента, не допустил приезда в Москву на выборы архиепископа Геннадия. Остальным, более покладистым, «выкрутили руки», понудив «выбрать уже выбранного», — Зосима поселился на митрополичьем дворе, прежде чем состоялось его утверждение на митрополичьей кафедре, в чем явно проявилась княжеская воля.
Архиепископ Геннадий, однако, не думал сдаваться. Не имея успеха в Москве, он пришел к выводу, что нужно сокрушить учение караимской секты, обличив его в религиозной полемике. Тут-то и пригодился прибывший в Новгород Никола Бюлов. Немецкий ученый довольно скоро исполнил ту работу, ради которой приехал; при этом им был найден математический ключ, который давал возможность составления «вечной пасхалии»: выяснилось, что по истечении периода в 532 года числа Пасхи повторяются в том же порядке, в каком они шли в предыдущем периоде.