За время своего правления великий князь Иван сумел привести под свою руку множество окрестных владений. Княжество усилилось настолько, что подданство Золотой Орде, слабевшей с каждым годом, стало слишком тяготить московского князя. Женитьба на греческой принцессе только усилила амбиции Ивана — при определенной игре политических курсов если не он сам, то его дети вполне могли претендовать на византийский престол, если бы удалось отвоевать Константинополь у турок. Супруга князя всячески подогревала эти настроения и настраивала мужа против татар, начав с того, что добилась удаления их дворов из Кремля, присоветовала каждый раз, когда надо было принимать ордынских послов, сказываться больным и уклоняться от участия в церемонии.
После целого ряда демонстративно пренебрежительных акций в отношении Орды и хана Ахмата конфликт перерос в военное противостояние, которое вылилось в знаменитое «стояние» на берегах Угры осенью 1480 года. До самых морозов два войска, разделенные рекой, стояли друг против друга, собирая союзников и метая ядра через реку. Так и не решившись на переправу, хан Ахмат приказал покинуть русские пределы без боя. Ордынское войско отступило к устьям Дона, где встало на зимовку, но в начале января 1479 года на ставку Ахмата напал ногайский хан Ибак, разбил ордынцев, собственноручно заколол Ахмата и захватил богатую добычу. Эти события привели к распаду Золотой Орды на несколько государств, ни одно из которых не могло тягаться военной мощью с Московским княжеством.
Иван, видя возможность «взять под свою руку» земли ближних и дальних соседей, вовсе не желал упускать такой шанс расширить владения, а у тех, кому это грозило, элементарно не хватало сил для противодействия его намерениям. Тогда же слишком многое изменилось в укладе жизни московских «верховников». По наущению княгини при дворе Ивана Васильевича завели этикет, во всем стараясь подражать византийским императорам, насколько это было возможно, а к этому еще не привыкли многие знатные москвичи. Прежде дела княжества обсуждались со «старшой дружиной» — знатными воинами-ветеранами, приглашались «думу думать» бояре, но с появлением в Москве Софьи от этих старых обычаев не осталось и следа, а важнейшие решения князь стал принимать, «держа совет в опочивальне». Верхушка общества негласно разделилась на недовольных «гречанкой» и ее сторонников, в число которых помимо приезжих иноземцев входили и русские, в большинстве своем служилые люди, не очень родовитые и богатые, которые рассчитывали с помощью Софьи Фоминичны «пойти наверх».
Для партии Софьи черные времена наступили зимой 1483 года, когда во время свадебных гуляний по случаю женитьбы наследника князя Иоанна Васильевича, его сына от первого брака княжича Ивана Ивановича Молодого на Елене, дочери молдавского и волшского господаря Стефана IV, после одного из пиров в Кремле захворал и умер татарский князь Карачук, наследник касимовского царевича Данияра, бывшего «в чести» у великого князя. Когда выяснилось, что придворный врач Ивана Васильевича, немецкий доктор Антон, на пиру «для смеху» подсыпал в кубок Карачука какого-то зелья, а когда тому стало худо, не смог спасти его, великий князь страшно разгневался! Смерть первой жены произвела на него очень сильное впечатление, а потому идиотская шуточка немца-доктора, обернувшаяся столь печальными последствиями, пробудила в князе сущего изверга. Изначально он распорядился выдать Антона на расправу касимовскому царевичу, но, узнав, что тот, взяв с доктора большой «окуп», отпустил его, распорядился схватить «шутника» снова и отвести его на двор Данияра, передав тому, что князь хочет смерти виновника. Видя, что спорить с князем не стоит, царевич велел своим людям прикончить лекаря — того вывели на москворецкий лед под мостом и там «зарезали как овцу».