Однако капитул Феникса не сдавал своих позиций. В 1816 «Великая Директориальная ложа Владимира к Порядку» была закрыта и заменена на новую Великую провинциальную ложу. Это уже был третий образ патриархальной шведской системы.
Правительственные круги согласились на существование в России двух великих управляющих лож: Великой провинциальной и Астреи. Между этими ложами было подписано соглашение о дружбе. Но стремление к построению универсальной системы масонства не угасло, и борьба между ложами за влияние среди масонов продолжалась.
Неожиданно для всех И. В. Бебер, который долгое время стоял во главе капитула Феникса и пользовался уважением у братьев высших степеней, вышел из Великой провинциальной ложи и примкнул к союзу Астреи. Это был, безусловно, сильный удар по патриархальной шведской системе масонства России. Так поступили и ряд других высших должностных лиц капитула Феникса.
Власть в капитуле перешла к графу М. Ю. Виельгорскому. Граф находился под большим влиянием мистиков-розенкрейцеров С. И. Гамалеи, А. Ф. Лабзина, И. А. Поздеева, Р. С. Степанова и нередко произносил в ложах речи, которые были сочинены этими старшими братьями. Духовная близость розенкрейцеров и лидеров высших степеней шведской системы стала уже традицией для масонского движения России.
Разногласия между представителями лож шведской системы были вызваны не только разрешением вопроса о статусе высших степеней, но и вопросами об истоках мистической практики и теории масонства. Для мистического учения вопрос о преемственности и сохранении мистического знания является существенным и важным. По этой причине реформа Е. Е. Эллизена поставила под сомнение прежде всего мистическую сторону масонского учения.
Поскольку союз Астреи официально провозгласил веротерпимость ко всем масонским системам, то этим воспользовались «братья высших степеней». Они предложили организовать при Астрее особый обрядовый капитул, который и ведал бы этими высшими степенями. В результате вновь возникла парадоксальная ситуация: союз, который по первоначальному замыслу был призван отвергать высшие степени, в реальности их охранял. Капитулу Феникса таким юридическим и политическим ходом удалось сохранить верность старым традициям. Весной 1822 после различных перипетий произошло объединение двух российских союзов. Первоначальное единство было восстановлено. Но ненадолго.
В александровскую эпоху иоанновское масонство сохраняло свое значение и служило массовой формой масонства, получившей распространение среди представителей различных масонских систем. Разногласия же касались прежде всего способа управления масонскими ложами. Но правительство было, безусловно, осведомлено даже о тех братьях, которые пытались вести свою работу «тайным» образом.
Внутренняя политика Александра I менялась. Это касалось и отношения к масонам. Первоначально, в 1821 году, были закрыты ложи в Польше. В декабре того же года по доносу одного из служащих остановлены работы ложи А. Ф. Лабзина. Тогда же был наложен запрет на распространение масонских песен и других сочинений подобного рода.
1 августа 1822 последовал высочайший рескрипт на имя графа В. П. Кочубея о закрытии всех лож России. Причиной это были занятия братьев «сокровенно предметами политическими». Многие из декабристов были членами различных масонских лож, организационная структура ранних декабристских организаций «Союза спасения» и «Ордена русских рыцарей» отчасти воспроизводила структуру лож. Будущие декабристы участвовали в работе лож, известных правительству и неизвестных.
21 апреля 1826 одним из первых рескриптов на имя министра внутренних дел Николай I подтвердил запрещение деятельности масонских лож. Однако масонские братья собирались тайно.
Совершенно очевидно, что масонское мировоззрение оказалось устойчивой формой сознания в русском обществе, если с момента его гражданского рождения насчитывается 90 лет. Но и после запрещения масонских лож в 1822 году их идеи не угасли, найдя свое продолжение в последующих десятилетиях 19-20 вв. Ничто так не говорит о укорененности масонства в русскую почву, как следование традициям и развитие этих традиций. Это является одной из причин выделения масонского философского мировоззрения как национального явления.
Во второй половине 19 века изобретатель П. Н. Яблочков во Франции создал ложу «Космос», в которую были приняты М. М. Ковалевский, Н. А. Котляревский, Е. В. Де-Роберти и другие. От ложи «Космос» были созданы отделения в России, но наиболее массовые формы возрождение лож приняло после Манифеста 17 октября 1917 года. При этом главными были два направления: последователи и сторонники Ковалевского придерживались мнения, что братья должны веровать в Бога, а сторонники Е. И. Кедрина придерживались принципа свободы вероисповедания. Первые добивались присоединения к «Великой ложе Франции», а вторые – к «Великому Востоку», их было большинство. В ноябре 1908 прошел Первый российский масонский конвент, на котором обе ветви масонства договорились о союзе и были сформированы руководящие органы в России: Верховный Совет и Совет 18-ти (для братьев высших капитулярных степеней). Среди членов лож было много представителей партий кадетов, эсеров и других партий либеральной ориентации, так или иначе ориентированных на свержение самодержавия. После разоблачения провокаторской деятельности Азефа, ряд масонов высших степеней (в т. ч. Кедрин) были обвинены в излишней болтливости, в 1910 новые руководители, А. М. Колюбакин и князь С. Д. Урусов, резко ограничили связи в «Великим Востоком Франции». В дальнейшем политизированные братья к 1915-16 гг. составили большинство среди членов лож. Ложа «Розы» состояла из депутатов Государственной думы, фактическое руководство масонскими ложами России осуществлялось секретарями Верховного совета, среди которых можно назвать таких, как в 1915-16 А. Ф. Керенский, с июня-июля 1916 А. Я. Гальперн. В состав членов «Розы» входили Е. П. Гегечкори, М. И. Скобелев, Н. С. Чхеидзе, И. Н. Ефремов, А. И. Коновалов. Встречаясь на собраниях, эти деятели, формально различной политической ориентации, обсуждали и согласовывали свои действия в Думе. Своя ложа объединяла журналистов либеральных и левых изданий. Перед Февральской революцией в состав ложи «Великий Восток» вошел и большевик И. И. Скворцов-Степанов. Ряд членов Временного правительства продолжал встречи в ложах и после прихода к власти, но такие видные политики как князь Г. Е. Львов, П. Н. Милюков, М. В. Родзянко были настроены антимасонски.