Шведская система носила патриархально-иерархический характер, основывалась на принципах самовластия, несменяемости властей и строгом подчинении младших лож и братьев вышестоящим.
В соответствии с присланной в Россию инструкцией, действовавшей до запрещения всех вольнокаменщических работ в 1822 году, во главе вновь образованного союза стоял великий провинциальный мастер – для масонской толпы, а для избранных братьев указывалось, что звание великого провинциального мастера неразрывно со званием великого префекта капитула Феникса и должностью председателя Директории.
Директория управляла капитулом, в нее входили заслуживающие наивысшего доверия члены Капитула. Для масонской толпы она носила название Совета великой национальной ложи. Каждый член Директории имел также двойное название. Она держала под строгим контролем все работы, которые производились в подвластных ложах, ведала вопросами прихода-расхода денежных средств, принятия новых членов, другими словами, требовала и устанавливала «строгое подчинение». В состав ее могли входить лишь масоны, начиная с 7-й степени посвящения. Она подразделялась на две палаты: нижнюю – исполнительную – для масонов 7-8-й степеней посвящения, и верхнюю – законодательную – для масонов 9-й степени. В свою очередь Директория непосредственно подчинялась великому провинциальному мастеру IX провинции, т. е. герцогу Карлу Зюдерманландскому, и в конце каждого года должна была предоставлять ему общий отчет о проделанной работе и в любое время – о каких-либо знаменательных событиях. Однако после того как великим секретарем Великой национальной ложи был избран Иван Васильевич Бебер, который сразу же начал наводить порядок в масонском архиве, выяснилось, что, несмотря на обещания со стороны шведского Верховного капитула, русским братьям были присланы акты лишь до 7-й степени посвящения включительно.
Несмотря на успешное распространение шведской системы среди высших кругов русского общества, капитулу Феникса не удалось объединить под своим руководством все масонские ложи России. Более того, в самом ордене начались раздоры. Среди отечественных каменщиков возникло определенное недовольство первоначально принятой строгой зависимостью от герцога Карла Зюдерманландского, и русские масоны стыдились «покорения российского братства братству шведскому».
Екатерина II настороженно и подозрительно относилась к масонской деятельности. Она не желала распространения власти Швеции на родовое дворянство России, а также и усиления влияния масонов на цесаревича Павла.
Императрице стало известно, что шведские масоны прислали русским братьям достаточно крупную сумму денег, что вызвало ее негодование. В 1780 году в печати появилась сатира на масонов под названием «Тайна противонелепого общества», принадлежавшая бойкому перу самой иператрицы.
В Москве же, по далее от глаз сиятельной и Великой Екатерины, в конце 1780 года была организована «тайная и сиентифическая» масонская ложа «Гармония», в состав которой вошли князь Н. Н. Трубецкой, Н. И. Новиков, М. М. Херасков, И. П. Тургенев, А. М. Кутузов, И. Г. Шварц, князь А. А. Черкасский, князь П. Н. Энгалычев. «Тайный» характер ложи состоял в том, что о ее образовании не было известно не только непосвященным, называемым в масонских кругах профанами, но и многим масонам; термин «сиентифический» указывал на поиски данной ложей истинной «формы масонства». Ложа «Гармония» объединяла в своих рядах представителей различных масонских систем, стремившихся приобрести самостоятельность в решении вольнокаменщических вопросов. По этой причине ее называют в исследовательской литературе также «эклектической».
Ритуально-обрядовая сторона масонства не являлась обязательной для членов ложи «Гармония». Организация этой ложи явилась своеобразным прологом последующих просветительских преобразований московскими масонами. Она в определенной мере примирила представителей различных «масонских конфессий». Но не только. Значение деятельности ложи Гармонии состояло в том, что было положено начало теоретической разработке мировоззрения отечественных масонов, а вместе с этим и прокладывает свой путь русское масонство как национальное явление в общественной жизни России 18 столетия.