В 1784 деятельность русских розенкрейцеров была приостановлена в связи с объявлением высшими орденскими начальниками «силаниума», то есть молчания (на масонском языке). Затем в конце 1786 через барона Шредера пришло первоначально устное предупреждение, а затем официальное сообщение о приостановке с начала 1787 деятельности орденских собраний в связи с распространением «пронырств иллюминатов». Однако это не исключало активного изучения масонами тех материалов, которые были уже получены от берлинских розенкрейцеров и, прежде всего «Теоретической степени Соломоновых наук».
Таким образом, на момент выхода объявления о силаниуме в отечественном масонстве сложилась следующая ситуация: во-первых, главные масонские системы, получившие распространение в России, в своем основании имели три степени – ученика, товарища и мастера. Иоанновское масонство было «массовой формой» мировоззрения русских братьев и именно оно составляло основу системы ценностных ориентации вольных каменщиков.
Во-вторых, существовала тесная взаимосвязь между обрядами и ритуалами в первых степенях масонства «первого Елагина союза», лож барона Рейхеля, «гагаринских лож» и братьев Новиковского кружка. При всем разнообразии масонских систем выделяется исходное внутреннее единство масонства в России.
В-третьих, шведская система во главе с Г. П. Гагариным и московские розенкрейцеры новиковского кружка занимают ведущее положение в масонском движении России, и именно материалы, связанные с их деятельностью, могут дать наиболее представительную и точную информацию о главной линии в религиозно-философских устремлениях отечественных масонов.
В 1792 Новиков, М. И. Багрянский, В. Я. Колокольников и М. И. Невзоров были арестованы, Трубецкой, Лопухин и другие высланы в свои имения.
С восшествием на престол Павла I масоны, находившиеся в опале, были прощены. Новиков, вышел из Шлиссельбургской крепости. Но в 1799 Павел запретил деятельность масонских лож. Это отдельная история. История Наполеона, Индийского похода, Мальты и мальтийских рыцарей. История попытки создания единого анти масонского фронта. Позднее, в первые годы правления Александра I, новый царь подтвердил данный указ. Но вольное каменщичество вопреки всему набирает силу, и либеральная политика того времени «сквозь пальцы» смотрит на вновь образованные ложи, а в дальнейшем стремится поставить масонские работы под свой контроль.
В январе 1800 открывается ложа «Умирающий Сфинкс» в Петербурге. В течение пяти первых лет существования она работала в глубокой тайне, затем, в 1803 году, в Москве стараниями розенкрейцеров учреждается тайная ложа «Нептун» под председательством сенатора П. И. Голенищева-Кутузова. Она названа так в память об одноименной ложе 18 века в Кронштадте, которая работала по шведской системе. Новая ложа имела уже другую направленность, хотя и сохранила прежнюю печать и название. Для ее «прикрытия» члены ложи «Нептун» организовали легальную ложу под названием «Гарпократа».
Капитул Феникса, известный масонской толпе в 18 веке под наименованием Великой национальной ложи, в 1810 стал называться Великой директориальной ложей Владимира к Порядку. Под ее властью находились три ложи, которые вели начало от учрежденной в 1773 году ложи «Пеликан», не прекращавшей своих работ, несмотря на различные запрещающие правительственные постановления. В 1805 она была переименована в ложу «Александра Благотворительности к Коронованному Пеликану». Затем в 1809 от нее была образована ложа в честь императрицы «Елизаветы к Добродетели» под председательством масона екатерининского времени А. С. Сергеева. Третья ложа – «Петра к Истине» – открыта в 1810, председательствующий мастер – Е. Е. Эллизен.
Следует отметить, что если в 18 веку основу шведской системы составляло прежде всего родовитое дворянство, то уже с начала 19 века она объединяет более широкие социальные слои российского общества.
К 1810 деятельность отечественных масонских лож различных направлений получила широкий общественный резонанс, и правительство через министра полиции А. Д. Балашова, который был членом ложи «Соединенные друзья» и посвящен в высшие степени, обратилось к масонским лидерам с распоряжением предоставить акты, законоположения и обрядники для ознакомления с их деятельностью. Среди масонов ходили слухи, что поводом к проверке явился донос Фесслера.
В 1811 правительство вернуло просмотренные акты масонских обрядов управляющему Великой директориальной ложи И. В. Беберу (одновременно он был префектом капитула Феникса) и не стало препятствовать распространению лож шведской системы. Правительственный комитет, в работе которого принимал участие М. М. Сперанский (к этому времени он уже был принят в масонское братство), обязал передавать в полицию ежемесячные отчеты о происходящих в ложах событиях.