Надо отметить, что И. В. Бебер предоставил полиции лишь акты иоанновских степеней, а высшие степени шведского обряда остались не просмотрены. А. Ф. Лабзин поступил более радикально: он вообще не давал никаких актов своей ложи Умирающего Сфинкса.
К этому времени относится восстановление деятельности капитула Феникса с Директорией под названием Верховный Орденский Совет. Главой ордена был избран И. В. Бебер и получил звание «Викария Соломона, Мудрого из Мудрых», что соответствовало высшей степени в шведской системе. В Швеции это звание носил первоначально лишь Карл Зюдерманландский, а в дальнейшем монархи Швеции принимали высшую степень по наследству.
Просветительская же деятельность продолжается в традициях «новиковского» десятилетия, и в январе 1806 под его редакцией выходит первый номер журнала «Сионской вестник», который на сентябрьском номере был закрыт и возобновил свое существование лишь в 1817. Значение «Сионского вестника» в общественной жизни состояло в том, что была сделана первая попытка в создании религиозного периодического издания светским лицом. По существу, это был первый религиозно-философский журнал в прямом смысле этого слова. В круг его интересов входила публикация литературы, которая пользовалась несомненным интересом у розенкрейцеров не только «нового» поколения братьев, но, прежде всего, «старого» масонства екатерининской поры. В январе 1807 начал издавать свой ежемесячный журнал «Друг юношества».
Религиозно-нравственное просвещение составляло одну из целей розенкрейцеров. В 1809 в Москве и Петербурге уже активно велись работы не только в первых степенях иоанновского масонства, но и в «Теоретической степени Соломоновых наук».
В 1802 А. А. Жеребцов открыл в Петербурге ложу «Соединенные друзья», работавшую по французской системе и состоящую на первых порах из петербургской знати. Членами этой ложи были великий князь Константин Павлович, граф Станислав Костка Потоцкий (впоследствии министр исповеданий и народного просвещения в Царстве Польском), А. Х. Бенкендорф, с 1810 года – министр полиции Александр Дмитриевич Балашов, реформатор масонства Игнатий Аврелий Фесслер и др.
Комитет, назначенный правительством для просмотра актов и обрядников, указал на дух вольномыслия французской системы, который при соответствующих условиях может отчетливо проявиться, и задержал разрешение на масонские работы. В свою очередь А. А. Жеребцов заявил, что его ложа никаких отношений с французскими масонам не имеет. Однако решение комитета уже нельзя было отменить, и в 1812 петербургская французская ложа Соединенных друзей была вынуждена присоединиться к директориальной ложе шведского обряда «Владимира к Порядку», чтобы продолжить свои работы.
Эти три направления – розенкрейцерство, шведская и французская системы – выступали основными действующими лицами в масонской истории перед 1812 годом. Были и другие направления, но они не оказали существенного влияния на развитие масонского движения в России. Тем не менее, необходимо отметить, что французская система не оказала того устойчивого влияния на характер философского мировоззрения масонов, какое было у розенкрейцеров и у братьев шведской системы. Главенство и лидерство начиная с 80-х годов екатерининского времени принадлежало именно им.
Во время и после войны 1812 года в русском обществе обострились национально-патриотические чувства. Это не преминуло сказаться на характере масонской деятельности, и, прежде всего на том, что в организационном строении масонских лож занимала ведущую и определяющую роль, как тогда говорили, «русская партия». Естественно, что подобное отношение вызывало недовольство нерусских масонов. Знакомство в ходе войны с Западной Европой усилило внимание дворянских кругов к вопросам демократических реформ. Идеи либерализма и демократизма начали проникать и в масонские ложи, расшатывая патриархальные устои шведской системы и розенкрейцерства.
В июле 1814 мастер ложи «Петра к Истине» Егор Егорович Эллизен (так на русский манер назвали Иоганна Георгия Давида Эллизена) написал знаменитое в истории отечественного масонства письмо к великому мастеру директориальной ложи «Владимира к Порядку» В. И. Беберу. В нем он ставил под вопрос необходимость и целесообразность существования высших степеней и подчеркивал, что подлинное масонство связано с тремя степенями иоанновского масонства. Это письмо явилось формальным поводом к тому, чтобы поставить действительно назревшие проблемы в масонском движении России.