Более поздние исследователи начали проявлять к папессе больше сочувствия. Не следует забывать, что по сравнению со многими средневековыми папами Иоанна вела себя достаточно скромно. В 1490 году Феликс Гамерлейн написал, что «рождение ребенка было отпущением грехов».
В издании «Mirabilia Urbis Romae», вышедшем в 1500 году, во время правления римского папы Александра VI Борджиа, выражалось аналогичное мнение:
И вот мы подходим к небольшой часовне между Колизеем и собором святого Климента; древняя часовня поставлена на том месте, где умерла женщина, ставшая папессой. Она была беременна, когда ангел небесный спросил у нее, предпочитает ли она исчезнуть навеки, или открыто взглянуть миру в лицо. Не желая потерять вечное блаженство, она согласилась пережить публичный позор.
Лишь поэт Петрарка, единственный из писателей периода Возрождения, отзывался о ней неодобрительно. Его возмущала мысль о том, что папский престол занимала женщина. Он утвержда-. ет, будто это святотатство привело к тому, что «в Брешии три дня и три ночи шел кровавый дождь. Во Франции появилась невероятная саранча с шестью крыльями и огромными зубами, пронеслась по воздуху, а потом утонула в море. Золотистые тела насекомых исторгались водой и портили воздух, так что много людей умерло» — образ полностью заимствован из «Книги откровений».
Несомненно, прошло какое-то время между пребыванием Иоанны на папском троне и первыми попытками описать ее правление, но из этого не следует, что все сводилось к легенде и вымыслу. В конце концов, письменные документы, рассказывающие о жизни Христа, появились более чем через сто лет после его смерти, но многие верят, что Христос является фигурой исторической.
Конечно, постепенно свидетельства обрастали все новыми и новыми деталями, в особенности после того, как за перо взялись Боккаччо и Петрарка — но само предположение, что существовала папесса, которую разоблачили после того, как она забеременела, не подвергалось сомнению в течение многих веков. Ее образ широко представлен в иконографии. Бюст папессы Иоанны можно было увидеть среди изображений других пап в Сиенском соборе, строительство которого завершилось в 1400 году. Однако в 1600 году, по приказу папы Климента VIII, его изъяли.
Иоанн Хасс закончил жизнь на костре — как еретик — после Констанцского собора в 1415 году, однако никто из собравшихся не стал ему возражать, когда он несколько раз с почтением упомянул «папессу Иоанну, английскую женщину, которую в миру звали Агнес».
В XVI веке писатель Марио Экикола из Эльвита утверждал, что Бог вознес папессу Иоанну на престол, чтобы продемонстрировать равенство между мужчинами и женщинами. Другие тоже увидели в том руку Божью. Они утверждали, будто папа мужчина чудесным образом превратился ‘в женщину, или что произошло чудо, и папа-мужчина родил ребенка.
На обсуждение различных гипотез ушло много столетий. Одна из самых банальных заключалось в том, что папесса Иоанна была гермафродитом. Предлагался и апокалиптический вариант: Иоанна — блудница вавилонская из «Книги откровений», а ее появление в Риме предвещало наступление Судного дня. В 1785 году вышла книга под названием «Настоящее папизма», в предисловии к которой была помещена гравюра — папесса Иоанна рожает ребенка в роскошной палатке в окружении своих прелатов. Ниже помещалось четверостишие:
Эту теорию можно с легкостью отбросить. Папесса Иоанна, если она вообще существовала, уже давно мертва, а мы так и не услышали последнего трубного гласа.
Самая знаменитая версия, переведенная на английский язык Лоуренсом Дарреллом, бесспорно принадлежит греческому классику XIX века Эммануэлю Ройдсу. В ней Иоанна проявляет свою святую сущность еще в колыбели, отказываясь брать грудь матери в дни поста.
После Реформации католические критики стали проявлять большую активность, но самым агрессивным оказался протестант Дэвид Бондель (1590–1655), который в 1647 и 1657 годах выпустил в Амстердаме несколько трактатов. Его главный аргумент заключался в том, что не осталось никаких документальных свидетельств современников, подтверждающих факт существования папессы, а кроме того, между другими папами нет пустых временных промежутков, в которые могла бы править Иоанна — ведь, начиная со второго века, даты смерти и смещения пап тщательно документированы. Тут можно лишь отметить, что Церковь всегда проявляла большую ловкость, когда дело доходило до сокрытия компрометирующих пап сведений.