Азександр пошел навстречу жениху Лукреции и разрешил отпраздновать свадьбу без него — роль Альфонсо сыграл по доверенности его брат. По случаю третьего брака дочери Александр повелел отлить специальную медаль. На одной стороне была изображена сама Лукреция; на другой выбиты слова: «Целомудрие — самое ценное, что есть в красоте».
Лукреции пришлось оставить своих детей в Риме, поскольку ни один мужчина эпохи Возрождения не принял бы чужих детей. Чезаре настоял на том, чтобы путешествие в Феррару проходило через города Романьи, которые он покорил. А Александр перенес сроки великого поста, чтобы народ Феррары смог отпраздновать свадьбу его дочери.
Когда Лукреция приехала в Феррару, новый муж сразу повел ее в спальню. На следующее утро герцог Эрколе написал Александру: «Прошлую ночь наш сын, прославленный дон Альфонсо, и Лукреция провели вместе, и мы убеждены, что обе стороны остались друг другом довольны». Однако Альфонсо было далеко до Чезаре. Сестра Альфонсо сказала своему мужу: «Насколько я поняла, дон Альфонсо взял ее трижды».
Несмотря на то, что брак Лукреции казался вполне удачным, Чезаре не спускал глаз с любимой сестры. Когда она заболела, он остановил военную кампанию, чтобы ее навестить.
В августе 1503 года на обеде у кардинала, который впал в немилость, папа и Чезаре заболели. Чезаре поправился, а. Александр умер. Говорят, у них была малярия, но, скорее всего, они стали жертвами яда, который Чезаре приготовил для опального кардинала.
Из ядов Борджиа чаще всего пользовался мышьяком, а вот Александр предпочитал душить или избивать жертву до смерти. Говорят, из-за мышьяка в желудке у Александра началось страшное жжение, глаза налились кровью, а кожа пожелтела. Он часами лежал в постели, не в силах сделать даже глотка воды. Постепенно его лицо приобрело багровый оттенок, жир в животе стал жидким, началось кровотечение.
Доктора мало умели в те времена. Кровопускание и рвотное лишь ухудшали состояние больного. В конце концов, получив последнее причастие, Родриго Борджиа, папа Александр VI. умер.
Еще не поправившийся Чезаре приказал запечатать покои отца, чтобы жадные кардиналы не разграбили все его имущество. Тело папы положили на подмостки. Оно быстро почернело и почти сразу же начало разлагаться. Вскоре труп так раздулся, что в ширину стал почти такого же размера, что и в длину. Из открытого рта торчал распухший язык и вытекала жидкость. Венецианский посол описывал тело Александра, как «чудовищно уродливое и отвратительное, лишившееся даже намека на принадлежность к человеческому роду».
«То было мерзкое зрелище, — сказал Рафаэль Волтеррано, — страшный почерневший труп, чудовищно раздувшийся, источающий тошнотворный запах; губы и нос покрылись коричневой коркой, рот широко открыт, а язык, распухший от яда, достает до подбородка. В результате, никто не осмелился поцеловать его руку или ногу, как того требует обычай».
Пока капеллан обмывал тело перед похоронами, Чезаре лично наблюдал за своими слугами, выносившими все из покоев отца. Они забрали золотые и серебряные украшения, роскошные одеяния, ковры и люстры, даже сорвали кольца с распухших пальцев трупа.
К тому моменту, когда покои опустели, вонючая жидкость начала сочиться из всех отверстий трупа. Папским слугам пришлось зажимать носы, когда они переносили тело Александра. Боясь подхватить какую-нибудь зараау, они обвязали его ноги веревкой — ноги, которые так часто целовали принцы и красивые женщины. Раздувшееся тело не влезало в гроб, и капеллану Бушару пришлось приложить немало усилий, чтобы затолкать его внутрь. Затем он прикрыл останки старым ковром. Больше ничего в покоях папы люди Чезаре не оставили.
Духовенство не желало пропускать останки Александра в базилику. В подземной часовне разгорелась драка, но папским носильщикам удалось занести гроб внутрь. Однако не нашлось священника, который согласился бы провести мессу. Папа Юлий объявил, что молиться за проклятого является святотатством, поэтому любая служба будет осквернением церкви.
В день своих выборов Юлий II сказал:
«Я не стану жить в тех покоях, где обитал Борджиа. Он осквернил святую церковь, как никто до него. При помощи дьявола он узурпировал папский престол, и я запрещаю под страхом отлучения от церкви говорить или думать о нем. Его имя и деяния должны быть забыты навсегда. Их необходимо вычеркнуть из всех хроник и документов. Следы его правления нужно уничтожить, картины, на которых изображены Борджиа, завесить черным крепом. Все гробницы Борджиа следует вскрыть, а тела отослать туда, откуда они пришли — в Испанию».